《南方週末》的公開抗爭告一段落，但社會公眾的抗議活動仍在繼續。體制內抗爭的策略和意義引發爭議。
《南方週末》事件引發社會抗議怒潮之後，當事編輯記者集體消聲。知情人士對德國之聲透露，網路傳言新任廣東省委提出主編辭職等解決方案基本屬實。該報採編人員擔心事件誇大化造成的不可控制的風險，不再拋頭露面。但是，社會公眾要求言論自由與憲政民主的呼聲，並未就此停息。
據路透社1月9日報導，南周事件升溫為社會公眾抗議活動之後，廣東省委書記胡春華親自介入處理，政府相關部門與《南方週末》編輯達成了協議，現任主編黃燦辭職，不對宣布罷工抗議的記者秋後算帳，對內容審查也恢復到此前的狀態。《南方週末》週四則會如期出刊。知情人士對德國之聲透露說，此消息基本屬實，但採編內部也有遺憾。遭到公眾強烈抗議的宣傳部長庹震是否調換工作，並沒有確定的決定。
中共宣傳部門對媒體的控制方式，通常是出版前予以方向指導和發布具體事件的禁令，出版後進行審查和評價，分別予以表揚、批評或懲罰。採編過程中，宣傳部一般不會直接審讀和修改每一篇文章，但也有例外。庹震自就任廣東省委宣傳部長之後，將此例外轉化為常規，從而引發了此次抗爭事件。
1月9日晚，《南方週末》評論編輯戴志勇發出微博說：「回家了。好久沒上班到這麼晚。」時事評論人莫之許分析說，「從戴志勇微博來看，正常出刊可期，如此則黃燦未遭該（改）換，甚至連社論都可能繼續送（他們）審。」
抗議新聞審查的公眾活動仍在繼續
此次事件引發的公眾聲援與抗議，截至1月9日並沒有停息。1月7日，人民日報下屬《環球時報》發表評論《南方週末「致讀者」實在令人深思》，為廣東省委宣傳部及中共新聞審查辯護。當日，全國各地主要媒體都接到宣傳部通知，要求轉載該文章。一些媒體拒絕轉載，但是第二天再次收到強硬要求。1月9日凌晨，北京《新京報》採編團隊對命令進行了激烈的抵制，傳聞其社長戴自更對前往督辦的北京市委宣傳部領導提出口頭辭職，再一次成為微博話題。多名《新京報》編輯記者的微博賬號被禁言，但是聲援《新京報》的聲音仍在網路傳播。
1月9日，香港大專新聞教育界發表聲明，聲援《南方週末》和《新京報 》。聲明說，兩宗事件進一步顯示內地新聞審查機制和長官意志的醜陋，手法粗暴拙劣 ,挑戰新聞界和知識份子底線，要求內地有關部門，公平、公開及公正調查《 南方週末 》事件，逐步撤銷現行新聞審查制度 。
臺灣及香港知名媒體人、作家和學者梁文道、陳冠中、錢永祥等發起，兩岸三地及全球華人近300人簽署聲明，支持中國大陸新聞工作者反對言論控制的抗爭，呼籲華人世界對中國大陸的政治社會變革投以更多關注，並期待華人各界與政府（尤其是臺灣政府）更積極主動地促使中共當局保障公民的基本權利。
同一天還有香港記者協會、臺灣新聞記者協會及澳門傳媒工作者協會發表聯合聲明，要求內地政府以《南方週末》事件為鑒，逐步廢除報刊審查制度，落實中國憲法定明的言論和出版自由。
南周事件引發的公眾事件還能持續多久？
內地公民到廣州市廣州大道南方報業大樓前進行抗議的活動當日仍在繼續。同時也有一些將《南方週末》稱為「漢奸媒體」的「毛左」人士前往聲援宣傳部門對媒體的監管。
當局對參與抗議活動部分社會人士予以打壓。知名維權律師滕彪1月9日透露，「因去現場聲援南方週末的廣州作家野渡，微博賬號被刪除，帶回家被上崗，昨天下午3點到晚上10點更被以‘非法集會罪’傳喚到廣州市海珠區素社派出所共7個小時，期間海珠區國保和派出所警察進行了侮辱性的強制脫光衣服搜查。現在仍被限製出行自由。」另有消息稱，多個網民聲援南周後遭警方談話，杭州民主人士聲毛慶祥援後被指涉嫌「煽動顛覆」被帶走，另有一人被抄家。
體制內抗爭與獨立精神
隨著南方週末可能恢復正常出刊，人們也在開始思考此次抗議的意義。民主活動人士張大軍認為，「如果南周、新京事件今天（1月9日）還沒有搞定，可能會衝擊中共剛形成的三巨頭體制。宮廷政治翻手為雲覆手為雨，深不可測，胡錫進、庹震甚至胡春華都可能是犧牲品，當然也可能是獲利者。」
時評人賈葭則認為，「任何體制內的抗爭，到最後的表述都會變成‘留得青山在，不怕沒柴燒’的類犬儒話語。這不是嘲諷，這的確就是他們的策略。 因為總擔心有什麼可以失去，就無法徹底地抗爭，直到再也沒有什麼可以失去的時候。離開體制的力量，體制內改革派就沒有自己的力量了。人必須獨立建立自己的力量，不依賴外界的力量，在自己的廢墟上站立起來。」
