蔡元培是真正的學界泰鬥，受到舉世景仰是名至實歸，魯迅始終尊敬這位同鄉前輩。從51歲出任北大校長到61歲最後卸任，蔡元培在任一共10年，但實際上在校時間不足5年，期間他曾七辭北大校長而未獲准。
我們先看看這張辭職表：
第一次辭北大校長職：1917年7月3日；第二次辭北大校長職：1918年5月21日；第三次辭北大校長職：1919年5月8日；第四次辭北大校長職：1919年12月31日；第五次辭北大校長職：1922年10月19日；第六次辭北大校長職：1923年1月17日；第七次辭北大校長職：1926年7月8日。
七次辭職，各有原因。
第一次辭職是因為張勛擁宣統廢帝復辟，蔡元培離京到了天津，提出辭去北大校長一職。不過復辟鬧劇只玩了12天就完蛋了。他於當月23日回北大。
第二次辭職是因為北大學生要到北洋政府請願，反對中日一個軍事協定，蔡元培勸說不成，當天請求辭職。
第三次辭職是在五四運動期間，學生遊行到天安門，北洋政府抓了許多北大學生。蔡元培奔走要求釋放，等5月7日學生一放出來，他就公開通電，引咎辭職，實際上他也是以辭職表示和北洋政府的不合作。結果因為政府一再挽留，包括總統徐世昌在內，他辭職不成。
第四次辭職是在1919年12月31日，北京教職員因為不信任教育部，全體停止職務，蔡元培作為校長當然要辭職。
第五次辭職原因有點例外，因為北大學生發生講義風潮，對講義收費不滿而鬧事。蔡元培憤怒了，甚至對學生說：「我是從手槍炸彈中歷練出來的，你們如有槍炸彈，盡不妨拿出來對付我。」蔣夢麟記得他還說，「我和你們決鬥」。這次風潮由胡適調停解決。
第六次辭職是因為曾經在北大任教、當時擔任財政總長的羅文干被冤枉逮捕，本來司法機關查無證據將羅放了。不料教育總長彭允彞竟然在國務院會議上提案將羅再抓起來。蔡元培瞭解羅的人格和清白，為了抗議行政干預司法，不與違背法治、腐敗無恥的北洋政府同流合污，他向總統和教育部提出辭職，並公開在《北京大學日刊》發表辭職聲明。還寫了一篇《關於不合作宣言》的文章，發表在上海《申報》。直到這年6月23日，在杭州西湖邊「平湖秋月」的大楊樹下，蔡元培還要和胡適商定三個稿子，分別是給北京各校教職員聯席會議、北大教職員和北大學生會的公開信，繼續他和軍閥政府的不合作。蔡元培的這次辭職社會反響很大，輿論強烈，彭允彞也因此下臺。總統黎元洪出面挽留，他辭職不成，但不再到校，由蔣夢麟代理。奇怪的是北洋政府始終沒有免他的職。
1926年6月28日，也就是三年半以後，蔡元培從歐洲回國，第七次提出辭職，仍沒有獲准，但他沒有再回到北大。加上北大師生和北京九個學校的懇切挽留，又沒有辭成。一直到了1927年7月軍閥張作霖取消北大改為京師大學校，他的校長名義才被取消。
從1916年12月以來，10年間，北洋政府的總統換了5次，還有臨時執政1人、攝政2人，內閣總理換了30次，而蔡元培一直是北大校長。
蔡元培為什麼一次又一次地辭去北大校長的職務？除了上面說到的具體原因，還有一個答案就在他自己寫的《關於不合作宣言》這篇文章裡。他開篇引用了《易經》的話，「小人知進而不知退」。他不是小人，是君子，所以他知「退」。他想起1919年春天華北歐美同學會在清華開會，有人發言說，現在政府哪個部門能離得開留學生，如果留學生都辭職，政府當得起嗎？他提出在黑暗惡劣的時局面前知識份子要懂得進退，退有時候比不進重要，所以提出「不合作」三個字。為了表示自己的不合作，他一次次辭職，一方面是以告退的形式維護自己的人格自尊，一方面是抗議和示範。
前北大文科學長陳獨秀對蔡元培的不合作主義不以為然，認為是消極的表示。胡適的看法則相反，認為不合作也是積極的。
