中國教育部網站和北京大學官網公告，據中共中央、國務院的任免決定，周其鳳卸任，新北大校長由原北大副校長王恩哥擔任。網路上一片歡呼告別「笑長」，評論人士則指「無獨立，無大學。」
3月22日，中國教育部網站和北京大學官網同時公告，3月22日中共中央組織部副部長潘立剛在北大宣布了中共中央、國務院的任免決定：」王恩哥擔任北京大學校長(副部長級)。因年齡原因，66歲的周其鳳不再擔任北京大學校長職務。王恩哥是中科院院士、北大物理系教授，此前擔任北大常務副校長」；其後」新華視點」、」京華時報」等媒體予以證實，卸任後的周其鳳仍將任教於北大化學院。
據學者雷頤發布微博消息，「在官方公布任免決定之前，周其鳳卸任消息已經傳至北大，全校教師一片歡騰，共賀周的離任。不知確否，但民意盡顯，有關部門該有所反省吧」；新浪網友「E-magazine」發出一張早年間胡適與蔣介石交談與周其鳳在李克強訪問北大時周其鳳的笑臉照片：「看看過去北大原校長胡適在軍閥蔣介石面前氣定神閑，再看看現在的北大笑長周其鳳今天在新科領導面前的諂媚奉承。中國大學已死，他不愧為一個時代的犬儒」；多位微博網友表示：「王恩哥成為北大新掌門人不是新聞，周其鳳卸任才是焦點」，目前新浪微博上關於周其鳳卸任的評論達到100多萬條。
周其鳳上世紀60年代畢業於北大化學系，於2008年11月14日起擔任北京大學黨委常委、校長。2011年10月周其鳳填詞創作音樂作品《化學是你、化學是我》，被稱為中國新「神曲」；2011年11月，周其鳳在重慶與薄熙來會面，並和重慶市政府簽署《重慶市人民政府與北京大學戰略合作協議》；2011年12月24日，周其鳳在長沙一中做演講時，指責美國高等教育「一塌糊塗」；2012年1月，時任國務院副總理的李克強及其他中共領導人訪問北大，周其鳳在李克強身側露出滿是笑容的臉。其後中國知名漫畫家鄺飈就此創作「北大笑長雕塑」漫畫，批評學者對權勢的逢迎。
與這些負面爭議聲音相對應的是，曾畢業於北大的學生「童煥」表示，外界其實對周其鳳有很多誤解，周其鳳本人在任期間也做改善教師待遇和學生生活條件的事情。周其鳳在卸任之際也表示尚有五個夢想未能實現，包括把北大建設成世界一流大學；讓每個學生在校期間得到一次出國交流機會；讓北大成為全國人民的北大；讓「沙灘紅樓」回歸北大；北大教育基金達到100億元的規模等。
胡適當年與蔣介石談笑風生
「走紅的校長身上沒有以前學者的自由、堅守原則精神」
清華大學社會學者李楯接受了德國之聲的採訪，他的親屬梅貽琦曾是清華史上任期最長的校長。清華人尊稱「永遠的校長」。李楯回顧梅貽琦不但學術上立人，更堅守獨立的政治原則，他堅拒當時的執政黨國民黨政府到校抓捕師生。李楯向德國之聲表示，作為大學校長最重要的職責是「創造一種制度性的自由空間」。但從民國時期、到上世紀八十年代時的大學中，短暫復甦很快即被扼殺的獨立、自由精神到目前已經成為「稀缺品質」：「民國時代的學者人品是現代的人沒法比的，包括胡適，蔣夢麟等人，他們當時對蔣介石政府是有批評的；當年的學者不會是一種非常激進的、衝突的方式，但他們會非常堅守原則。這是現在我們這些走紅的被教育部任命的校長們身上根本不可能有的精神。」
因此李楯認為周其鳳作為政府指定的大學校長，往往會成為某種指令的傳達者，民間對他經歷的事情進行誇大或調侃，其實也表達了對黨管大學這個現實的不滿和抗議：「他成為笑柄，一點也不奇怪，這些年大學成為笑柄的事情太多了。」
上世紀80年代末，中國大學也曾復甦自由精神
「不獨立，無大學」
中國知名財經媒體人羅昌平也對周其鳳卸任一事發出評論：「北大‘笑長'下課了！他留下一連串印象深刻的笑臉，儘管存在誇大或誤解，但無疑是對教育官僚的莫大譏諷，並給維護品牌的北大守道者以‘體制性羞辱'。不獨立，無大學。」
網際網路人士、創新工場CEO李開復和中國獨立作家李承鵬都直接指任中央任命大學校長的制度，李承鵬表示：「由組織部派人擔任大學校長，我認為這是個病句，又不是任命中央黨校校長。你見過美國民主黨任命哈佛校長嗎」；李開復則向網友介紹美國甄選大學校長的制度和標準等。
李楯也對目前「黨管大學」表示無奈：「教育的基本問題就是要獨立，但是我們所有的大學都是行政機關的附屬物，這種情況越來越糟，我們的大學不是獨立的，且這種制度的腐蝕力非常強，包括貪腐、墮落在大學中都會表現出來。影響到在校的教授，也影響到在學校學習的學生，它能把絕大多數人都培養成機會主義者。」
