左宗棠像。（網路圖片）
左宗棠對李鴻章簽訂《中法新約》完全不能理解。對當時主和的李鴻章作出以下批評：「對中國而言，十個法國將軍，也比不上一個李鴻章壞事」；「李鴻章誤盡蒼生，將落個千古罵名」。
李鴻章惱怒之餘，決定拿左宗棠的下屬開刀，指使親信潘鼎新、劉銘傳等攻擊「恪靖定邊軍」首領王德榜、並告臺灣道劉璈，彈劾誣告劉璈十八款，使他們失去兵權並喪命。
左宗棠上書朝廷為屬下鳴冤叫屈，但一個月後就於7月27日（陽曆9月5日）在福州病故，享年七十三歲，朝廷追贈太傅，謚號文襄。祀京師昭忠祠、賢良祠，並建專祠於湖南及立功諸省。
清末重臣左宗棠逝世於1885年。
關於他的死，一般史書都只說是病死，至於病死詳情，幾乎都未述及。而據左宗棠同時代人吳光耀《紀左恪靖侯軼事》記載，原來左宗棠是在中法戰爭期間，因憂憤時局過度而暴病嘔血辭世的，而且在臨終之前，還有一段生動的故事。
中法戰爭爆發後，左宗棠於1884年9月奉命前往福建督師，指揮閩海戰役。他一到防地，就日夜奔走各營地之間，加緊訓練作戰部隊。他每到一地，即高呼「娃子們快造飯，料理裹腳草鞋，跟我去打洋人！」諄諄不絕於口，很快使軍心大振，士氣劇增。
1885年農曆年來臨之際，很多將士都在準備過年，但是左宗棠卻下令說：「今日不准過年，要出隊！洋人一定會趁過年之機攻打廈門，所有將士都跟我去打仗，我親自充當前鋒！」這時左宗棠已是73歲老人。正月初一這天，福建總督楊昌浚和福州將軍穆圖善前來賀年，兩人見左宗棠要去打仗，連忙勸阻說：「洋人最怕中堂大人，自然不敢來，中堂大人還是不要去了。」左宗棠一聽，聲色俱厲地訓斥兩人說：「怕是打出來的！你們不去打，洋人怎麼會怕？」又說：「你們二人已是大官，你們不去，我去！」果然不出左宗棠所料，法軍真的趁過年之機，出動大隊兵船來攻廈門。但因左宗棠佈防及時，又親臨前線督戰，法軍在50海浬外偵知清軍有備，只得慌忙撤退。
中法戰爭最後以中國在中越邊境重創法國侵略軍而告終，豈料腐敗透頂的清政府卻以勝為敗，竟於1885年6月與法國簽訂了喪權辱國的和約，打了勝仗反而賠償戰敗者所謂「損失」。
和約簽訂後廷寄福州，左宗棠大失所望，氣得全身發抖，不能成讀。他一邊大罵「李鴻章不是個東西」，一邊仍然不停高呼「出隊！出隊！有了和約我還要打，從南邊打到北邊，看皇帝奈我何！」說罷渾身顫慄不止，突然口噴很多血塊，昏迷不省人事，幾天後就離開了人世，壯烈殉國。
