馳騁疆場，保國衛民的女中豪傑秦良玉。（網絡圖片）
到了萬曆四十八年，秦良玉的白桿兵已與後金軍隊打了幾場硬仗，大大挫傷了後金兵的銳氣。這時，明神宗駕崩，明光宗繼位，光宗在位僅一個月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝寶座。
前後幾個月時間，明廷頻繁易主。後金乘虛而進，攻占了瀋陽，其氣焰十分猖撅，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，為了搶回大明損失的國土，強渡渾河與後金兵激戰，無奈因寡不敵眾，秦邦屏戰死疆場，秦民屏身陷重圍。秦良玉聞訊後，親自率領百名白桿兵，渡河殺入重圍，拚死救出了弟弟，搶回了哥哥的屍體。其後，朝廷任命秦良玉為把守山海關的主將。
要塞山海關是東北通向內地的必經之路，後金軍屢次派重兵前來叩關挑戰，秦良玉都不為所激，只命部下加固防守，終使清兵無法得逞。一次，秦良玉的兒子馬祥麟帶兵巡關時，被敵軍的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向遠處的敵人射去，連發三箭，射死三個敵人，後金將領大為震懼，從此不敢輕易再來山海關挑釁了。
短短的時間內遭遇了兄亡子傷，秦良玉悲痛欲絕肝腸寸斷，於是上書皇帝，陳述了自家軍隊作戰及傷亡情況，明嘉宗深為感動，下詔賜予秦良玉二品官服，並封為誥命夫人，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封秦邦屏為都督僉事，授民屏都司金事之職，還重賞了白桿兵眾將士。
山海關戰事暫時平息了，於是秦良玉率部返回石柱。返回之時，正赴上永寧宣撫使奢崇明起兵叛亂，奢崇明的黨羽樊龍占據了重慶，聽說秦良玉帶兵回到了石柱，馬上派人攜金銀厚禮去與她聯絡，想請她共同舉兵；秦良玉大怒，當即斬了來使，火速發兵，溯江西上趕到重慶，出其不意地打敗了樊龍的部隊，攻占了重慶。緊接著，她又率兵直赴成都，徹底擊毀了叛軍勢力。朝廷聞報後，授秦良玉為都督僉事，並任命她為石柱總兵官。
當解除了成都之圍、秦良玉率領白桿兵騎馬進城時，成都的市民紛紛湧上街頭，扶老攜幼，爭睹女將軍的風采。這時秦良玉已是五十開外，幾十年的戎馬生涯，不但沒催她衰老，反而把她磨煉得愈加英姿颯爽。只見她端騎桃花馬上，面頰紅潤飽滿，兩眼炯炯有神，身姿挺拔，氣宇軒昂。成都民眾將她視為神明，紛紛在她走過的路上焚香跪拜，表達了對這位女救星的無限崇敬之情。
數年之後，貴州水西一帶再起事端，有一個叫安邦彥的匪首，在這裡自立為羅甸王，招兵買馬，很快占據了貴陽以西的千里之地。朝廷又詔命秦良玉率白桿軍人黔平亂，秦良玉雷厲風行，很快就消滅了安邦彥集團，但在這場戰爭中，秦良玉的弟弟秦民屏戰死了，秦良玉再一次遭受了痛失親人的打擊。
明天啟七年，明熹宗駕崩，熹宗之弟朱由檢繼承皇位，史稱明思宗，即崇禎皇帝。此時的後金，已經改國號為清。清兵趁朝廷改帝之機，由蒙古人作嚮導，從龍井關越過長城，直奔向通州，京師形勢十分急迫。明朝廷再次詔天下諸軍鎮邊勤王。秦良玉接旨後，帶領她的白桿兵，日夜兼程趕往京師，並拿出自己的全部家產作為軍餉，以補朝廷因連年應戰而造成的軍需不足。
狹路相逢勇者勝。秦良玉的白桿兵與清兵在京師外圍相遇，還沒來得及安營紮寨，就開始了全面進攻。年已55歲的秦良玉，手舞白桿長矛，好似瑞雪飛舞、梨花紛飄，鋒刃所過之處，清兵不是頭落地就是手腳分家。所有白桿兵將士，無不以一當十，如猛虎下山勇不可擋，打得清兵望風披靡落荒而逃。很快，秦良玉接連收復了濼州、永平，解救了京城之圍。
北京圍解之後，崇禎皇帝大加感慨，特意在北京平臺召見秦良玉，優詔褒美，賞賜彩幣羊酒，並誥封一品夫人，加封少保、掛鎮東將軍印。並賦詩四首以彰其功：
其一：學就西川八陣圖，鴛鴦袖裡握兵符。由來巾幗甘心受，何必將軍是丈夫。
其二：蜀錦征袍自裁成，桃花馬上請長纓。世間多少奇男子，誰肯沙場萬里行！
其三：露宿風餐誓不辭，飲將鮮血代胭脂。凱歌馬上清平曲，不是昭君出塞時。
其四：憑將箕帚掃胡虜。一派歡聲動地呼。試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖。
崇禎皇帝有生之年，享國日淺，遭逢多難，很少有閑情逸致吟詩作賦，除贈秦良玉詩外，僅有贈楊嗣昌的五絕詩傳世。如此之殊榮，足可見秦良玉之豐功偉績。
史載秦良玉率部進京後，「馭軍嚴，秋毫無犯」，「都人聞白桿兵至，聚觀者如堵，馬不能前。」如今北京宣武門一帶的四川營胡同，就是她北上勤王屯兵遺址（門上刻「蜀女界偉人秦少保駐兵遺址」十二大字）。
秦良玉不僅擅長帶兵打仗，而且十分注重軍需的生產。如今北京四川營胡同附近，還有十幾條「棉花胡同」，分頭條、上二條、下二條等名稱。這也與秦良玉有關。她在北京駐紮期間，曾令部下與女眷紡棉織布，故而附近的一些胡同就被後人呼之為「棉花胡同」。清代曾有人寫《四川營吊秦良玉駐兵遺址》一詩詠道：「金印夙傳三世將，繡旗爭認四川營。至今秋雨秋風夜，隱約鉦聲雜紡聲。」
又過了十來年，起義軍張獻忠進入四川一帶，年過花甲的秦良玉再次披掛上陣，風采不減當年。她率領白桿兵，連戰連捷，解除太平之圍，扼反將羅汝才於巫山，斬叛帥東山虎於譚家坪，使張獻忠的軍隊在川地吃盡了苦頭。然而，由於川地屢經兵災，府庫空乏，損耗的兵力和糧餉無法補充；而起義軍部隊勢力強大，潮水般湧進川蜀，在整個戰局上，官兵是無法取勝的。秦玉良萬般無奈，只有退保石柱一地。面對著潮水般的義軍，英勇善戰的秦良玉也只能哀嘆「大廈將傾，一木難支」。
這時京城已被李自成所率領的義軍攻破，明思宗自縊於煤山，大明皇朝在風雨飄搖中終於徹底倒塌，李自成入主京城，張獻忠則想牢牢控制住川蜀，以作為自己的據點。劉繼興考證，張獻忠東征西戰，幾乎囊括了全蜀，卻唯對石砫彈丸之地無可奈何。已68歲高齡的秦良玉，帶著她手下歷經百戰的白桿兵，不畏強暴，誓死抗拒。這時的石柱孤立無援，如同汪洋大海中的小舟，隨時有被吞沒的危險。秦良玉對自己的部眾說道：「吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱婦蒙國恩二十年，今不幸至此，其敢以餘年事逆賊哉！」並下令：「有從賊者，族無赦！」分兵鎮守四境。張獻忠對四川各地土司都成功招降，卻「獨無敢至石柱者」。一直到張獻忠敗亡，他的起義軍終沒能踏入石柱半步。
清順治五年（1647年）端陽節過後，75歲的秦良玉在一次檢閱過白桿兵後，剛剛邁下桃花馬，便「身傾，遂歿」，無可奈何花落去，結束了她馳騁疆場叱吒風雲的傳奇人生。
史載，當時四川久經戰亂，百姓十室九空，川東地方（石柱除外）僅剩數萬人，新建立的清朝廷最終不得不從湖廣大規模移民。而在秦良玉的保護下，石柱成為當時渝東人民遠離兵燹之苦的唯一樂土，附近豐都、忠縣、梁平、萬州等地民眾紛紛進入石柱避難，至清初戰亂初步結束，石柱人口不但沒有減少，還增加了近十萬人，與整個川東地區所剩人數形成天然對比。根據重慶有關部門對秦良玉所遺留下來的衣物等遺物測定，其身高約1米86左右。
後人寫過無數歌頌這位傳奇女傑的詩篇，而歌頌秦良玉最讓人感動的詩篇，當出自清末女英雄秋瑾。二人同為巾幗女兒身，英雄相惜，自然別有一番真味在詩中：
其一：古今爭傳女狀頭，誰說紅顏不封侯。馬家婦共沈家女，曾有威名振九州。
其二：執掌乾坤女土司，將軍才調絕塵姿。花刀帕首桃花馬，不愧名稱娘子師。
其三：莫重男兒薄女兒，平台詩句賜娥媚。吾驕得此添生色，始信英雄曾有此。
