一、立重典，动酷刑，对贪官污吏进行严厉打击
朱元璋除了建立严密的官吏考核和监督制度外，特别重视利用重典打击贪官污吏。明初，朱元璋出于休养生息的需要，颁行了量刑较轻的洪武七年律。不久，朝廷内的政治、经济斗争日趋激化，相继发生“空印案”、“胡党案”和“郭桓案”；农民的反抗斗争也不时发生。朱元璋认为这是乱世重现，便决定实行重典政策。他下令对“奸顽刁诈、贪赃之徒”实行法外加刑。并亲自汇集一批法外加刑的案例，加上一些峻令和自己的训话，陆续编成并颁发《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》和《大诰武臣》。它是《大明律》的补充，也是“法外之法”。洪武二十年，朱元璋又下令修订《大明律》，加重了对谋反，强盗、官吏犯赃等直接危害皇朝行为的惩处力度。洪武二十六年，蓝玉党案结束后，朱元璋感到自己的统治比较稳固，逐步减轻刑罚。二十九年，他接受皇太孙朱允汶的建议，修改“畸重者七十三条”。他对皇太孙说：“吾治乱世，刑不得不重，汝治平世，刑自当轻，所谓刑罚世轻世重也。”
朱元璋对贪官污吏惩处十分严厉。《大明律》规定：“受财枉法者，一贯以下杖七十，每五贯加一等，至八十贯绞；受财不枉法者，一贯以下杖六十，每五贯加一等，至一百二十贯杖一百，流三千里；监守自盗仓库钱、粮、物，不分首从，并赃论罪，在右小臂上刺‘盗官钱（粮、物）’三个字，一贯以下杖八十，至四十贯斩。”朱元璋对监察官员贪污受赃的处刑更重：凡风宪官吏受财及于所按治去处求索、借贷人财物，若卖买多取价利，乃受馈送之类，各加其余官吏罪二等；并规定：“官吏宿娼，罪亚杀人一等，虽遇赦，终身弗叙。”
明初刑罚的残酷程度，超过了以往的任何朝代。《唐律》已废止了古代墨、劓、非、宫、大辟五刑，而代之以笞、杖、徒、流、死（斩、绞）五刑。《大明律》除规定以上后五种刑罚外，还动用了残酷的凌迟、黥刺、挑膝盖、剁指、刖足、非、劓、阉割、锡蛇游、刷洗、枭令、称竿、抽肠、剥皮等酷刑，并经常使用连坐族诛之刑，诛连三族、九族。由于惩处过于严酷，从洪武元年到十九年，竟然没有一位官员做到任期期满的，往往未及终考就遭到贬黜或被杀头。因杀官太多，以至有些地方衙门无人办公，朱元璋不得不实行“戴死罪、徒流还职”的办法，叫判刑后的犯罪官吏，带着镣铐回到公堂办公。
二、加强教育，弘扬清正，倡导廉政
朱元璋登基不久就下令设专人，每天五更时在谯楼上吹起号角，高声唱道：“为君难，为臣又难，难也难；创业难，守成更难，难也难；保家难，保身又难，难也难！”朱元璋为了严束功臣，特令工部制造申诫公侯铁榜，对功臣各种不法行为逐项地规定处罚法律。洪武十八年前后，朱元璋将自己编写的四本诰书印成册，发给每位官员，让他们学习，从中接受教育。洪武二十五年，朱元璋编写《醒贪简要录》，亲自在奉天门向百官宣读，并颁布中外。每次诛杀重大贪污犯，朱元璋命令刑部将其罪行印发至各县衙门，广为张贴，还命令官员都到刑场观斩，以受教育。
他经常表扬和越级提拔清介自持、忠勤不贪的官员，以树立典型。陶后仲在福建任按察使时，治赃吏数十人，尽除宿弊，抚恤军民，朱元璋下令表彰他。某官向河南按察司佥事王平行贿，王平将他抓起来送审。朱元璋得知后，嘉奖了他，提拔他任都察院左佥都御史。对于善始善终的循吏清官，朱元璋给予厚赏，并为他们修建府第；他们寿终时，亲自写祭文，以彰其德；还将廉吏、清官的事迹列入《彰善榜》和《圣政记》之中。正因为朱元璋倡廉惩贪，明朝初期涌现出一批像陶安、陶后仲、郑士元、方克勤那样的清官，使得明初的政治清明，一度深得民众的拥护。
三、从严律己，罚不避亲，正己以正百官
朱元璋抓反腐败，首先从自身抓起。击败陈友谅后，其宫内有张镂金床，有人劝朱元璋享用。朱元璋将镂金床砸毁，说此床与昏君孟昶的七宝溺器一样，用则丧志。他以陈友谅父子穷奢极欲终取败亡为例，告戒臣僚：“既富岂可骄乎？既贵岂可侈乎？骄侈之心，虽富贵岂能保乎？处富贵者正当抑奢侈，弘俭约。戒嗜欲以餍众心，犹恐不足以慰民心，况穷天下之技巧以取一己之奉乎？其致亡也宜矣。然此亦足以示戒，覆车之辙，不可蹈也。”立朝之后，朱元璋就宣布，宫中不再设女乐。他令儒士将古代无道昏君的劣迹编辑成书，供他阅读，以便“知其丧乱之由，以为之戒耳。”每逢地方遇特大灾害，朱元璋与皇家的人都吃一餐麦饭和野菜，以表与民同甘共苦。
朱元璋亲自审讯处置了许多重大的贪污案件，不仅杀曾立过大功的贪官，就连自己的亲属也杀。朱元璋的亲侄儿朱文正立有显赫战功，官拜大都督，在镇守江西期间，贪声色，骄侈荒淫，朱元璋先将其免职，后又将他杀掉。晋王因将出土文物占为己有，大修别墅宫殿，大选美女以供娱乐，朱元璋将他逮到京城，要将他斩首，因皇太子跪泣求情而赦免。驸马都尉欧阳伦收受贿赂，偷运私茶到边境贩卖，他的部下凌辱地方官吏。朱元璋得知后，下令将欧阳伦处死。但是，朱元璋在处置贪官污吏时，往往不遵守《大明律》的规定，受自己情感好恶影响，经常出现轻罪重判，无罪枉判的现象。有的案犯本应处死，但有人求情，正遇朱元璋心情较好，也就屈法从轻处置。
洪武一朝，是中国封建王朝对贪污贿赂打击最激烈、杀戮贪官污吏最多的时期。朱元璋在惩治贪官污吏上，尽管存在着严重的偏差和惨痛的教训。但是，也收到了较大的成效，起到了“整肃一代的作用。”在严刑酷法面前，大多数官员还是重足而立，不敢恣肆妄为。“郡县之官虽居穷山绝塞之地，去京师万余里外，皆悚心震胆，如神明临其庭，不敢少肆。或有毫发出法度，悖礼仪，朝按而暮罪之”。经过长期的严酷斗争，一大批腐败的官员遭到惩处和打击，官场风气逐渐发生变化，明初吏治日趋清明。《明史》的《循吏传》说：“一时守令畏法。洁己爱民，以当上指，吏治涣然丕变矣。下逮仁、宣，抚循休息，民人安乐，吏治澄清者百余年。”这种评价可能过高，但明初的吏治比起元末确是清明得多。著名清官海瑞说：“我太祖视民如伤，执《周书》‘如保赤子’之义，毫发侵渔者加惨刑。数十年民得安生乐业，千载一时之盛也。”
