造成水位大幅下降的主要原因是青海湖补给水源径流量的减少，气候干旱，蒸发量过大、周边生态环境的恶化对于水位下降也有重要影响。近几年来，青海湖主要补给河流布哈河上游多次出现断流，还有一些小河已经干涸，补给量大为减少。同时由于土地沙化和草原退化，再加上岸边种植的油菜在收获后地表裸露，造成青海湖周边保水能力下降，这些对青海湖水位的下降造成了重要影响。
据了解，自1959年开始，青海湖水位年平均下降10厘米，近年来，青海湖生态环境的恶化加快了这一速度。
资料显示，在近20年间，青海湖水位下降了近3米，同时湖面面积也在不断缩小。由于水位下降等原因，闻名海内外的鸟岛七十年代初还是一个湖中孤岛，现在已成为与陆地联结的半岛，岛内的一些生物因失去生活场所而不断死亡。水位的下降使青海湖湖水含盐量也逐渐增高，这对于湖内独有的名贵经济鱼类湟鱼（学名裸鲤）的生存也造成了一定的威胁。
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