她的出访引起了北京方面的愤怒反应。中国外交部发言人章启月说，中国强烈反对台湾政界人物在海外参加旨在分裂的活动。
吕秀莲在凡蒂冈会晤了凡蒂冈外交部长红衣大主教土兰。
BBC中文部记者自平电话采访了吕秀莲：
问：凡蒂冈与中国大陆和台湾的关系一直相当微妙。有消息说，罗马教廷有可能抛弃台湾，而与中国大陆建交。您在与罗马教廷外长的会谈中，是否谈到了这一问题？
我们觉得两岸领导人不应该怒目相向。我甚至觉得我们都可以互相以甜言蜜语，促成两岸的和平共存之道.
台湾副总统吕秀莲
"教廷与中华民国维持良好的邦交关系，教廷对于在台湾的言论自由，宗教自由，信仰自由，特别是天主教教徒们在台湾可以自由活动，表示非常满意。台湾与教廷追求的和平与爱的理想是一致的。没有理由教廷会抛弃和牺牲台湾的利益。当然教廷也很关切在中国大陆非常多的天主教徒，他们的宗教信仰和自由没有受到应有的尊重。有些人甚至随时面临被迫害。就这一点来讲，台湾政府，台湾人民，包括我本人，也表示高度的关切。人权立国是陈总统和我的一个基本信念。我们也衷心希望教廷与中华人民共和国的关系能有建设性的改善。我们也衷心希望大陆人民的言论和宗教信仰自由能早日获得保障。"
问：分析人士说，教廷与台湾断交只不过是个时间问题，您如何看？
"我不这样认为。因为如果教廷要保护大陆的天主教徒而牺牲了台湾的天主教徒，我想这违反了天主教教义。我认为教廷可以以平行的方式善待两边的天主教徒，善待两边的政府。"
问：您是说双重承认？
"我不愿用这样的政治语言，因为我想教庭本身是一个宗教的联合国。在神权的领域里有一些更高超的思维和价值观。"
问：曾有一些欧洲国家因为大陆的阻挠，而拒绝了台湾官员的签证。这次台湾方面直到您临行前才宣布，您获得了匈牙利的签证。这是不是顾忌到大陆方面的反应呢？
"我想也不尽然。这个消息在一个多星期前在伦敦也就曝光了。但是我们也是觉得非常珍惜和尊重地主国匈牙利的善意，我觉得不必要引来过早和过多的困扰。我们非常感谢匈牙利政府。"
问：您这次出访引起了北京方面的愤怒反应，中国外交部发言人说中国强烈反对台湾政界人物在海外参加"旨在分裂"的活动。您对此如何回应？
"北京讲这样的话已经不是第一次了。北京的蛮横无理，这样的噪音，对台湾人民来讲只有更加的反感。我想我们都迈向21世纪，都是世界经贸组织的一员，我们应该以理性看待问题，没有一个人有权利来剥夺别人的权利。我有旅行的自由，就像北京的领导人也有旅行的自由。应该互相尊重。"
问：外界有报道说，您和陈水扁总统在两岸政策上存在较大的分歧。您主张强硬对北京，陈水扁总统则频频向大陆伸出橄榄枝。实际情况是不是这样呢？
"应该不是这样讲。因为陈总统他站在第一线，他所用的语言当然是比较周严，比较温婉。我个人一向的主张非常清楚。事实上，我绝对与陈总统一样对中国非常的善意，而且诚意。我一直提倡的是柔性的外交。所以我们觉得两岸领导人不应该怒目相向。我甚至觉得我们都可以互相以甜言蜜语，促成两岸的和平共存之道。"
