北京市高级人民法院经二审审理后查明，1996年1月至1999年12月期间，石巧玲利用担任中国医学科学院肿瘤医院住院处主任并负责出院结帐工作的职务便利，先后采取变造或伪造这家医院患者住院医疗预交款退款书1081张，并与北京市无业人员陈玉梅等人配合，假冒患者或患者家属，骗领医院退款，前后共侵吞公款人民币920余万元。案发后，陈玉梅退出赃款人民币24.17万元，追缴石巧玲所得赃款人民币15万元，其余赃款未能追回。
此外，1999年7月至12月期间，石巧玲还利用职务之便，以将医院住院预收款外存获取利息发奖金为名，采用收款不入帐、向医院财务处瞒报收款数额方式，截留公款人民币377.6万元后挪做他用。被单位发现后，追回人民币200万元，尚有177.6万余元她拒不说明去向。
法院终审认定，石巧玲伙同他人或单独贪污公款人民币1098万余元。其中，陈玉梅受石巧玲指使，帮助石巧玲骗领医院公款人民币384万余元。二人行为已分别构成贪污罪，且数额特别巨大，给国家和人民利益造成特别重大经济损失，依法均应惩处。石巧玲在共同犯罪中是主犯，陈玉梅是从犯。陈玉梅在归案后，能够认罪、悔罪，积极退出赃款，依法应当从轻处罚。
为此，北京市高级人民法院依法维持一审法院判决：以贪污罪判处石巧玲死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产；以贪污罪判处陈玉梅有期徒刑10年；继续追缴两人贪污赃款。
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