在塔利班(Taliban，或译为神学士)政权垮台之前，控制了阿富汗90%以上的领土，而在塔利班掌权的几年之间，阿富汗是各国恐怖份子聚集的大本营，包括北美、欧洲、非洲、中东、中亚、南亚和东南亚的回教激进派团体，都以阿富汗做为训练基地，和发动恐怖攻击的根据地。其中最主要的，就是涉及多起恐怖案件的奥萨玛宾拉登(Osama bin Laden)，他从1996年起以客居的身份住在阿富汗，来指挥旗下的基地(al-Qaeda)恐怖组织发动攻击。
车臣共和国 (Chechen, Chechenya)
自1991年宣布脱离俄罗斯联邦以来，车臣三度(1994、1996、1998)遭到俄军大规模入侵，而车臣人也在各地以爆破的方式攻击俄国人。俄方宣称，这个以回教徒占多数的自治共和国，和宾拉登集团挂钩，并派人到阿富汗接受恐怖训练。在911事件之前，西方国家一直批评俄罗斯镇压车臣，但911之后，西方国家态度完全改变，俄罗斯在车臣问题上也更为强硬。
印度 (India)
最主要的恐怖活动是喀什米尔地区的哈拉喀特圣战士(Harakat ul-Mujahiden)所发动，而印度政府也采取若干措施打击恐怖份子。另一方面，印度除了签署国际反恐怖公约，也和美国合作，成立跨国的反恐怖工作小组。
巴基斯坦 (Pakistan)
虽然巴基斯坦政府在911事件之后，公开表态支持美国，美国政府正式指控包庇恐怖份子的国家，也不包括巴基斯坦。但是美方各种官方报告指出，活跃于喀什米尔地区的哈拉喀特圣战士(Harakat ul-Mujahiden)组织，是巴基斯坦在幕后支持，该组织也在巴基斯坦境内募集资金、征召新人。
另外，塔利班政权和原本以阿富汗为根据地的基地(al-Qaeda)组织，也在巴基斯坦有不少的支持者。巴基斯坦境内有不少的回教学校--madrasas，实际上是恐怖组织吸收、培养新人的场所。
巴基斯坦军方内部有不少同情塔利班和奥萨玛宾拉登的人，对于总统穆夏拉夫(Pervez Musharraf )支持美国对阿富汗的军事行动极为不满，正伺机推翻穆夏拉夫，也形成政局不稳的因素。
中东地区 (Middle East)
埃及 (Egypt)
埃及的情况和巴基斯坦相当类似。执政当局支持美国、亲西方，但境内回教激进派团体相当活跃。埃及是现代回教基本教义派--回教兄弟会(Muslim Brotherhood) --的发源地，目前也是回教圣战组织(al-Jihad)的根据地。回教圣战组织其中一个派系并加入奥萨玛宾拉登(Osama bin Laden)的“世界伊斯兰阵线”，其领导人札瓦西利也成为宾拉登重要的幕僚。
以色列、约旦河西岸及加萨走廊
(Israel, West Bank and Gaza Strip)
自以色列建国以来，以巴勒斯坦人为主的恐怖活动就不断发生。(有关巴勒斯坦相关的恐怖组织，以及巴勒斯坦问题，请参阅‘恐怖组织简介’、‘巴勒斯坦问题’)。而激进的犹太人组织也颦频攻击巴勒斯坦人，而温和派、主张和巴勒斯坦和谈的犹太人也会遭到攻击。
约旦 (Jordan)
前后两任国王--胡笙与阿布都拉--都持亲西方立场，并积极镇压境内的极端份子。约旦允许巴勒斯坦回教圣战组织(Palestine Islamic Jihad)等团体在境内有限度的活动，但保持密切的监视。至于哈玛斯成员，则是只能住在约旦，而不能有任何活动。
黎巴嫩 (Lebanon)
黎巴嫩政府虽然也采取若干反恐怖措施，但政府无力管理包括贝卡山谷、贝鲁特南郊、巴勒斯坦难民营、黎巴嫩南部等地区，境内的黑市也有大量枪械和爆裂物流通，让黎巴嫩成为恐怖份子的温床。恐怖团体以巴勒斯坦极端份子为主。
沙特阿拉伯 (Saudi Arabia)
沙乌地不仅公开谴责911恐怖行动，也立刻和塔利班断绝外交关系。而早在1994年，沙乌地就取消了奥萨玛宾拉登(Osama bin Laden)的国籍。不过，沙国身为回教的发祥地，也是古代正统回教的源头，向来以回教世界盟主自居，因此在谴责恐怖主义，并与美国保持军事合作之余，沙乌地在美国攻打塔利班时，未准许美军使用境内基地，另一个顾虑也是避免国内民众反弹。
叶门 (Yemen)
叶门和黎巴嫩很类似，政府采取了若干反恐怖措施，但是执法不力，一些偏远地区成为恐怖团体窝藏的地方。包括哈玛斯、巴勒斯坦回教圣战组织、埃及的回教圣战组织、阿尔及利亚的武装伊斯兰团等，都在叶门设有分支机构。
伊朗 (Iran，支持恐怖主义国家)
虽然伊朗已经由象征改革派的卡塔米当选总统，但多数机构，如革命卫队、情报及安全部等，仍由激进派掌权，这些机构成为支持恐怖份子的主要力量。受伊朗支持的包括哈玛斯、巴勒斯坦回教圣战组织、真主党、巴勒斯坦人民解放阵线总司令部，以及土耳其的库德工人党。
伊拉克 (Iraq，支持恐怖主义国家)
受伊拉克包庇的恐怖组织，包括巴勒斯坦的阿布尼达尔组织(Abu Nidal organization)和伊朗的圣战士组织Mujahedin-e Khalq Organization (MEK or MKO)。
利比亚 (Libya，支持恐怖主义国家)
利比亚领导人格达费(Qadhafi)声称该国已采取反恐怖的立场，驱逐阿布尼达尔组织成员，承认巴勒斯坦自治政府是巴人唯一合法代表。更重要的是，利比亚在1999年，交出涉及1988洛克比环航爆炸案的2名嫌犯。不过，利比亚政府并没有完全配合联合国决议，包括适度赔尝、断绝支持恐怖团体等等。而利比亚据说也一直和巴勒斯坦回教圣战组织(PIJ)和巴勒斯坦人民解放阵线总司令部(PFLP-GC)保持关系。
叙利亚 (Syria，支持恐怖主义国家)
巴勒斯坦人民解放阵线总司令部(PFLP-GC)、巴勒斯坦回教圣战组织(PIJ)的总部，都设在叙利亚首都大马士革。哈玛斯也在叙利亚有分支机构。不过近来叙利亚的政策有改弦更张的迹象，首先是劝说受包庇的恐怖团体，设法放弃暴力斗争路线，并配合国际监督黎巴嫩南部和以色列北部的平民不受恐怖攻击。而在911事件后，叙利亚也发出谴责声明。
非洲 (Africa)
苏丹 (Sudan，支持恐怖主义国家)
各主要恐怖组织，包括基地(al-Qaeda)、真主党(Hizballah)、回教圣战组织(al-Jihad)、巴勒斯坦回教圣战组织(PIJ)、哈玛斯(HAMAS)、阿布尼达尔(Abu Nidal)，都以苏丹为重要的根据地之一。联合国虽一再要求苏丹断绝与这些组织的关系，但苏丹政府相应不理。
东亚 (Eastern Asia)
日本 (Japan)
在发生东京地下铁沙林毒气案(1995年3月)之后，日本政府除了将奥姆真理教的成员逮捕、判刑，也采取了一连串加强执法的措施。包括立法授权政府将奥姆真理教的财产充公，用来赔偿沙林毒气案的受害人。日本政府也考虑将奥姆真理教定为非法组织。至于另一个主要的恐怖团体--日本赤军，日本政府也设法从黎巴嫩和泰国将赤军成员引渡回日本。
菲律宾 (Philippine)
主要的恐怖团体分为两种，一种是主张共产主义、反美的新人民军，另一种是回教极端份子，如阿布萨雅夫(Abu Sayyaf Group，ASG)。新人民军和菲律宾共产党原本和政府展开谈判，但因不满政府和美国签署军事演习合作协议，停止谈判。阿布萨雅夫持续在菲律宾南部从事绑架、勒索等活动，并与菲国军警冲突。另一个回教分离主义团体主义团体--莫洛回教解放阵线(Moro Islamic Liberation Front，MILF)，也是和政府打打谈谈。莫洛阵线和阿布萨雅夫都和奥萨玛宾拉登有来往。
北朝鲜 (Korea, North，支持恐怖主义国家)
1970年劫持日航班机到北朝鲜的日本赤军份子，目前还是受到北朝鲜的包庇。北朝鲜也持续供应武器给各国的恐怖团体。至于北朝鲜本身，也有兵力庞大的特战部队和特务，分别对韩国、日本、中国进行间谍工作，包括刺杀企图投诚的北朝鲜人，绑架韩国人或日本人到北朝鲜。详细资料请参阅“北朝鲜特战部队”。
拉丁美洲 (Latin America)
古巴 (Cuba，支持恐怖主义国家)
西班牙的“巴斯克祖国与自由运动 (Basque Fatherland and Liberty，ETA)”成员，受古巴庇护已有数年之久。此外，哥伦比亚两支左派游击队“哥伦比亚革命军(Revolutionary Armed Forces of Colombia，FARC)”和“民族解放军(National Liberation Army，ELN)”，都在古巴有常设办事处。
哥伦比亚 (Colombia)
两支左派游击队“哥伦比亚革命军(Revolutionary Armed Forces of Colombia，FARC)”和“民族解放军(National Liberation Army，ELN)”，多年来拥兵自重，主要以贩毒和绑架勒赎等手段来筹措财源。哥伦比亚军方在1999年设立了第1支反恐怖特战营。不过，政府还是希望以和平谈判来解决。
秘鲁 (Peru)
在日裔的藤森总统(Fujimori)下台前，秘鲁政府打击恐怖主义已经有相当不错的成绩。包括“光明之路(Sendero Luminoso，Shining Path，SL)”和“吐裴阿玛鲁革命运动(Tupae Amaru Revolutionary Movement，MRTA)”，都在秘鲁政府的强力镇压之下，几乎销声匿迹。
东欧 (Eastern Erope)
科索夫 (Kosovo)
名义上仍是南斯拉夫联邦当中塞尔维亚共和国所属的自治区，但在1999年上半年的科索夫战争后，塞尔维亚人部队在1999年6月撤离，由美、英、德、义、法等北大西洋公约组织国家派遣科索夫维和部队(Kosovo Peace-Keeping Force，KFOR)维持秩序。
反抗塞尔维亚人统治而主张独立的，是占科索夫人口90%的阿尔巴尼亚裔回教徒，其武装组织称为“科索夫解放军”，在战争后一部份由北约部队缴械，一部份流窜进入邻国马其顿(1991年脱离南斯拉夫而独立)，并在2001年和马其顿政府军爆发战斗。据传这批回教部队受到奥萨玛宾拉登的支持。
波士尼亚-赫塞哥维纳
(Bosnia and Herzegovina)
和科索夫的情况类似，也是基督徒(信奉东正教的塞尔维亚人)和回教徒(波士尼亚人)之间的对抗。该地区目前也有国际维和部队进驻，而当初反抗塞尔维亚人统治的回教部队中，有不少是来自外国的阿拉伯人，包括受宾拉登支持者在内。
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