据报道，陈水扁在这次会议上针对美国大选以后的台美中关系和因应之道、如何开启协商、推动互惠互利的两岸往来、为避免两岸军事冲突、维护台海和平、如何研议"海峡行为准则"等议题进行了讨论。
据台湾和香港传媒报道，陈水扁在这次会议上再度重申说，台湾民进党政府的"四不一没有"与"重启两岸对话"的政策方向，在未来的三年多内不会有任何改变。
陈水扁表示，"在此两个不变的基础之上，政府各部门应该积极研议重启对话、降低紧张、合作发展的两岸阳光政策。" 他还强调说，在他的新的总统任期之内，两岸关系不会改变，他将努力推动两岸行为准则，划定军事缓冲区，将邀请在野共同筹组两岸发展委员会，积极促进两岸稳定。
据报道，陈水扁在这次会议上作了所谓的"十点裁示"。以下是这"十点裁示"的主要内容：
一、台海的稳定以及和平现状的维持，一直是国际社会共同关切的议题，其中美国扮演着至为重要的角色。台湾感谢美国一贯坚持"台湾关系法"及对台"六项保证"之承诺，未来双方更应在价值同盟与既有的基础上，继续积极合作以维护亚太地区的和平与稳定。认清时势，集中力量，善用资源，谋求国家最大利益，应积极研议推动国际台湾之友社的可行性，争取国际社会对台湾的认识与支持。
二、未来的两年，应该被视为海峡两岸重启对话、共同谋求长期稳定与和平发展的"关键机遇期"。双方的政府及领导人，都应该掌握时机、运用智慧，为长远的发展打开良性的"机会之窗"，为人民的生活谋求平安幸福的基础。尽管对岸由于诸多因素无法立即回应台湾的善意和诚意，但台湾的决心和耐心不会因此改变。
三、我们充分认知，北京当局坚持"一个中国"原则的立场，但是也要呼吁对岸正视中华民国存在的事实，以及二千三百万台湾人民追求当家作主的坚定民主信念。如果两岸都能彼此相互谅解、相互包容，我们就能透过和平对话、理性协商来解决歧见、消除对立。"九二香港会谈"就是体现这样的精神。
四、在"九二香港会谈"的基础上，政府应积极规划、推动包括三通在内的两岸经贸、文化往来。现阶段可以台港航线协商模式，立即与对岸就双向、对飞、不中停第三地等问题协商货运包机及春节包机的营运，为两岸直航开启契机。
五、为了落实"深耕台湾、布局全球"的经济战略 ，政府应借镜国内外民间企业全球营运的经验，规划大型国公营事业赴海外地区设置全球据点或从事投资；并积极引进海外资金与全球人才来台投资或设置据点，加速台湾产业的国际化，有效因应经济全球化发展新局。
六、为缓和台海军事的对峙，及推动军事事务的改革，除加速建立量少质精的国军部队、提升自我防卫能力之外，国防部已完成规划，从明年七月一日起，将义务役的役期缩短为一年六个月，如果募兵顺利，公元二千零八年义务役役期将缩短为一年，并且达到裁军十万人的目标。
七、基于人道理由以及国际规范，我们认为核子武器、生物武器、化学武器等大规模杀伤性武器都应禁止在台海使用。台湾愿意公开承诺，绝不发展此类大规模毁灭性武器，也要郑重呼吁中国公开宣示放弃发展及使用大规模毁灭性武器。
八、为避免误判或擦枪走火，我们建议两岸应共同 商讨划定军事缓冲区。双方机、舰非必要不得进入该区域，若必须进入则应事先知会。
九、鉴于国际上军事对峙地区如南北韩、印巴之间均有沟通机制，建议两岸可以参照一九七二年美苏"海上事件协定"以及一九九八年美中"军事海上谘商协定"的作法，建立台海军事安全谘商机制，逐渐形成"海峡行为准则"。
十、台海的稳定应超越朝野党派及个人利益之上，两岸关系的和平发展更是全民殷切的期待。唯有台湾内部团结、政局稳定，才能为两岸关系的开展创造最有利的条件。
