据报导，日本外务省一位官员证实李登辉的旅游签证在12月21日上午已经发放。日本早前决定给李登辉发放签证时，引起了北京的强烈抗议。中国驻日大使王毅称中方无法接受日方的这一举动，并要求日方重新考虑发放签证。中国民间54人组成“爱国者联盟”致日本大使馆门前示威，焚烧了日本首相小泉纯一郎的画像。
日本官员称，“给李登辉发放签证并不意味着日本政府和台湾政府有所往来，因此我们认为，这不是那种会带来负面影响的举动。”李登辉作为一个“平民”在12月到日本旅游，日本认为没有违反日本政府与台湾不得有官方接触的政策。可是北京方面却认为允许李登辉赴日“旅游”，会为台独势力“煽动梦想”。这和三年前李赴日接受心脏治疗时，中国方面提出强烈抗议的理由一样。
据日本媒体报道，李登辉及其家人预计于12月27日抵达日本名古屋市，12月 31日离开。英国广播公司评价这一时间对中日双方来讲“非常尴尬”。因为迫近年关，按照常规，日本首相小泉纯一郎是否参拜靖国神社该有消息传出。“神社” 加上“签证”，无疑在中日交往的头顶上笼罩乌云。中新网的消息称，中国再次就参拜靖国神社问题发出强烈抗议。日本共同社报导称，参拜靖国神社是小泉的“政治信念”，因此小泉不会轻易作出退让。
日本官房长官细田博之在12月20日的记者招待会上，谈到中国就日本向台湾前总统李登辉发放签证以及参拜靖国神社表示强烈抗议时，曾强调：“日中友好的基本路线并没有改变”。更早些时候，小泉首相与中国国家主席胡锦涛在亚太经合会议上会晤，对参拜一事争执不下，据外电透露，双方的谈话还涉及到了中国潜艇进入日本领海的事件，结果本应进行半个小时的会晤进行了将近一个小时。
日本首相小泉纯一郎近年来坚持每年以官方身份参拜供奉甲级战犯的靖国神社，招致中国近三年来拒绝邀请小泉首相访问中国。中国认为，参拜之举无助于缓解中国民众对二战中日军暴行的仇恨。而小泉在亚太峰会上则回答，参拜靖国神社目的只是向那些“被迫违背自身意愿而丧失生命的人表示哀悼”。近日小泉对参拜没有作过任何表示，以致日本多位政府高官开始怀疑中国的压力是否会让∪
