《辽沈战役研究》谈毛、林的关系，主要集中于两个问题：林彪出任东北局书记和战锦州。
林彪是如何执掌东北帅印的？
中共党的七大后，中央即决定派林彪去山东。一九四五年八月，抗日战争结束，毛泽东指派林彪为山东军区司令员。九月，赴任途中的林彪接到中央电令，要他去东北。林彪于是出关，任冀热辽军区司令员。十月三十一日，中央决定成立东北人民自治军，任命林彪为总司令。此时，我党赴东北的中央委员和候补委员达二十人，其中彭真、陈云、高岗、张闻天为中央政治局委员(林彪是中央委员)。东北局成立时，彭真为东北局书记，并任东北人民自治军第一政委。也就是说，在当时的东北，林彪是军事工作的第一把手，彭真则是党政工作的第一把手。一九四六年六月十六日，中共中央做出决定，以林彪为东北局书记、东北民主联军总司令兼政委，集所有正职于一身，彭真则退任东北局副书记、民主联军副政委。这无疑是一次非同寻常的人事变动。很多著作提到这个问题时，一般以“中共中央决定加强东北地区党的领导”一句话轻轻带过。李着以为这种解释未能服人，林彪的擢升另有原由。
首先，是毛泽东的信任。毛泽东对林彪的信任始于井冈山时期。当时内部斗争的核心是关于党的领导问题。毛泽东主张党管一切，实行党的绝对领导。而一些人认为这是家长制，是“书记专政”。就连朱德也认为前委管得太多、权力太集中。一时反对毛泽东的人占了上风，毛泽东不得不提出辞去前委书记的书面意见。当日，林彪就写信给毛泽东，明确地反对毛泽东离开前委，而且要求毛泽东以后应该有决心来纠正一些同志的错误思想。当时，林彪是惟一写信支持毛泽东的人，加之林彪在反围剿中表现突出，毛泽东对他的好印象就更加深刻。以致长征途中，林彪对多走路不满意，又写信给毛泽东，提出由彭德怀出任前线指挥时，毛泽东还以为林彪是受了彭德怀的鼓动。对于林彪经营东北，毛泽东表现出高度的信任，他曾明确地对罗瑞卿说：“受任于乱军之际，奉命于艰难之间。只有林彪去了才可以把东北的党、政、军、民各方面统一起来。”
其次，出于毛泽东统一指挥权的考虑。作为杰出的军事家，毛泽东对于战略的集中指挥一直高度重视，认为在战略层面上指挥权不协调、不集中是有害的。而当时东北局领导在如何建立根据地问题上恰恰不能形成一致意见，分歧的双方就是林彪和彭真。这种工作上的分歧是正常的现象，至于林彪在“文革”中以此诬陷彭真等人，那是后话。不过，在当时毛泽东看来，东北局一、二把手之间的不协调显然是一个大问题。他必须在彭真与林彪之间作出选择，结果天平倾向了林彪。根据一些人的研究，毛泽东在选用战略区首长时，有四个原则：其一，要有统领千军万马的指挥才能；其二，要有丰富的军事斗争经验；其三，在军队中应有很高的威望；其四，要立过赫赫战功。用这些标准来衡量，一九四六年在东北的林彪无疑是最佳人选。彭真长期从事白区工作，有丰富的对敌斗争经验，但在军事指挥实践上，却无法与林彪相比。
再次，就是林彪去东北后出色的工作实绩。“他对和战问题，一直不抱任何幻想，立足于打；在根据地建设问题上，与毛泽东的主张不谋而合；在作战方针和作战原则上，也符合东北我军的实际；在前线作战，且战且退，不放过在有利条件下歼灭和打击敌人。”(《辽沈战役研究》第104页)特别是放弃锦州决战和成功指挥四平撤退，更显示了他作为军事指挥员的过人之处。
锦州之战的历史真相
关于战锦州问题，人们了解的情况一般是这样：毛泽东要求林彪南下作战，攻打锦州一带，封死东北大门，而林彪则主张打长春，拖住东北敌人。攻打长春失利，林彪在毛泽东的督促下，南下攻打锦州，途中听说蒋介石在葫芦岛增兵，又产生动摇。由于罗荣桓的劝阻，加之毛泽东电令措辞严厉，方下最后决心，攻打锦州。林彪在蒙古草原折戟沉沙后，“战锦”问题理所当然地成了他一贯反对毛泽东的重要罪状。但锦州之战实为辽沈战役的关键一仗，决策过程中的曲折分合，使研究者也产生诸多分歧，一般读者则更感扑朔迷离。《辽沈战役研究》不避肯綮，操刀解牛，对“战锦”问题进行了详细的分析。
在辽沈战役形成的过程中，对于东北地区的战略构想，林彪与毛泽东是一致的，或者说，林彪是完全赞同毛泽东意见的。这个构想就是：“封闭蒋军在东北加以各个歼灭。”一九四八年初毛泽东曾电报林彪以此构想征求林及其他东北领导人的意见，林彪回电明确表示：“我们同意与亦认为将敌堵留在东北各个歼灭，并尽量吸引敌人出关增援，这对东北作战及对全局皆更有利，今后一切作战行动当以此为准。”但在如何堵住国民党军队撤出东北这个问题上，林彪与毛泽东有分歧。“毛泽东的构想是，东北我军的作战方向是向南，打义县至滦县一带，切断北宁路，关闭东北国民党军队的陆上退路”。“而林彪的想法是不必截断东北敌军的退路，不必关闭东北大门，只需抓住吉林、长春之敌，国民党东北军队也难下撤离东北的决心”。(《辽沈战役研究》第179－180页)也就是说，毛泽东是想用“卡脖子”的办法，林彪则是想用“拖尾巴”的办法。
这种分歧不能说明林彪对毛泽东是如何不服从，而只是体现了毛、林二人站在不同的角度对战略方针的认识。战场指挥员根据具体情况决定作战方法，从而得出一些与上级领导不同的结论，这是正常的现象。林彪去东北之后，也曾有两次违背毛泽东的意志：一次是一九四五年十一月，毛泽东要林彪在锦州地区与国民党军队决战，实现我军独占东北的意图。而林彪的意见则是放弃锦州，避免决战。第二次是一九四六年四月，毛泽东电令林彪死守四平，寸土必争，而林彪守到五月，即先斩后奏地放弃了四平。对于这两件事，毛泽东不仅未与计较，反而于一九四六年五月致电林彪：“前线一切军事政治指挥权，统属于你，不应分散。”表现了对林的高度信任。那么一九四八年的林彪再次与毛泽东出现分歧，不愿南下作战而执意打长春，有没有道理呢？“历史已经证明，长春之敌未被歼灭，确实是蒋介石难下撤离东北决心的原因之一，也是卫立煌拒绝执行蒋介石命令撤退沈阳主力于锦州的理由之一”。(《辽沈战役研究》第186页)
毛泽东同意了林彪攻打长春的想法。林遂于一九四八年五月下旬发动了攻打长春的战斗。攻城历时一昼夜，歼敌五千人，我军亦损失两千战士。过多的伤亡影响了东北我军纵、师指挥员的情绪。攻打长春遂告失利。
此后，就攻打长春问题西柏坡与东北有多次电文往来。毛泽东、朱德详细地询问了攻城情况，还向林彪、罗荣桓等人介绍了徐向前指挥临汾作战的经验。从毛、朱的意见看，他们是希望东北我军能够攻占长春的，也就是说，毛泽东同意林彪攻打长春之时，的确也希望能够通过林彪的战法完成辽沈战役。这一次，现实却未往林彪所预想的方向发展。
从逻辑上说，林彪认识到长春不好打之后，并不因此就会以为锦州好打。攻打长春失利后，他的初步打算是一方面对长春之敌进行长围久困，另一方面打来自沈阳的援敌。但卫立煌竟然未发一兵一卒救援长春。于是，情形成了这样：一方面攻不下长春，另一方面又无援可打，东北我军主力被牵制在长春地区，与长春守敌形成僵持局面。而这种局面正好符合蒋介石用一座孤城“箝制共军大批主力南下”的意图。
作为一个战场指挥员，林彪不会看不出这种局面于我军不利。犹豫至七月，林彪主持召开东北局会议，认为执行毛泽东关于南下作战的方针有利。林彪作战立场的转变，一则是为摆脱长春地区的僵持；另一个原因，就不能不说是毛泽东战略思想的强大影响，因为南下作战毕竟是毛泽东指示过的战法。这也就是说，即使林彪决定南下作战时，他对攻占锦州的战略认识，还是被动的。“林彪是否认识到了这种结果(指不能封闭东北敌军)的严重性呢？我的回答是，在试攻长春之前，林彪没有认识到，试攻长春之后，林彪也没有认识到；对长春长围久困后的一段时间内，林彪还是没有认识到。为什么这样回答呢？这就是林彪与毛泽东的差别，或者说是林彪所处的地位给他造成的局限性。”(《辽沈战役研究》第197页)
一九四八年七月二十日和二十二日，林、罗、刘电报毛泽东，决定南下作战。毛泽东回电予以肯定。至此，辽沈战役作战方针的实质问题在理论上已经解决了。值得一提的是，林彪在战锦州之前还曾于八月、十月两度犹豫，八月给中央的电文还对关内的兄弟部队提出了一些不适当的要求，此时毛泽东对南下作战问题已态度强硬，回电驳斥直用“很不对”、“甚为轻率”等语词，林彪因而警醒，承认了错误。十月的犹豫是因敌情变化，蒋介石在葫芦岛增兵。此次罗荣桓据理力争，主动说服林彪及时改变主意，从而将作战目标继续定在攻打锦州上。“历史也已证明，林彪这次犹豫、动摇，确实是一个不正确的举动，不过好在这犹豫、动摇没有造成后果，否则将会留下历史的遗憾。”(《辽沈战役研究》第218页)那么，在作战方针决定之后，林彪为何又产生动摇呢？首先，林彪对大城市攻坚战有一种潜在的恐惧心理，他曾于一潘钠吣晗募竞鸵痪潘陌四晡逶孪群笾富庸ゴ蛩钠健⒊ご海
