两岸分裂的根源─两岸分裂的原因不是中共所宣传的台独
明居正认为造成两岸分裂的根本原因是意识形态。简单说就是共产主义与三民主义或共产主义与资本主义的差别。自中共49年夺取大陆政权后，两岸分别走上共产主义与三民主义的不同道路，所以使得两岸分裂的原因并不是中共现在所宣传的台独原因，而是双方对于如何使国家富强现代化所设想的道路不一样造成的。明白这个才能摆脱中共这么多年的宣传给大家制造出来的认识。
蓝绿之争要适可而止，蓝绿都有一个共同的敌人
同时对于台湾的蓝、绿之争，明居正提醒蓝、绿人士：游戏规则最重要。泛绿的朋友在觉得游戏规则对自己有利时不能将规则改变得对自己更有利，因为如果无人制衡，其所作所为很有可能变成过去的国民党。而且无论蓝、绿都有一个共同的敌人，因为有一个人，既不喜欢蓝也不喜欢绿，而且比你大很多倍，一直在等待蓝、绿互相厮杀，杀到不可开交时，它来拣现成的。
大陆朋友要珍惜台湾的民主
对于大陆方面，明居正表示：台湾经验是中国人或一支华人在中国人自己的土地上用了中国人自己的办法所建造出来的经验。经济上非常成功，政治上有很大的突破。若轻易的被用台独名义打掉，第一，民主的果实在中国会很难生长，第二，台湾人永远不会心服，强拧的瓜是不甜的，而且会大大推迟大陆将来民主化的可能性。所以从各个角度看，接受台湾的民主政治，接受台湾的民主经验，从中学到更多东西的话对大家都有好处。
独立意识在台湾不是主流
对于大家担心台湾内部台独人士是不是很多？明居正明确回答：不会。因为从民意分布和投票行为上分析，台独意识在台湾并不是主流而且在变动。在过去几年中在台湾明确赞成台独的比例大概在20%上下，而且这个数字是变量，不是定量。而使台独比例变动的因素包括：一，两岸发生非常大概模冲突、紧张时会变动，例如千岛湖事件，使台独比例由20%冲到37%--38%，但三个月后又回落到20%上下；95年─96年中共飞弹威胁时又使台独比例上升了38%--40%。后来回落后停在25%--28%，所以现在台独的比例可以说停留在25%。
明居正还特别提醒大陆人士，在八九六四事件时，台湾很多老百姓是哭着去支持大陆民运，在中正纪念堂的集会连续多天，当天安门广场前的连线电话打到中正纪念堂前时，掌声雷动。这说明在此情况下，台湾人的大中国意识的心态是高涨的，但当中共镇压流血时，许多人害怕，又退缩回去了。
当大陆政治、经济方面发生本质变化时，台独比例会大幅下降明居正教授通过在台大十几年的教书经验和亲身的民意调查得出结论，大陆如果发生本质变化的时候，在政治、经济等方面真正脱胎换骨的话，那么台独的比例会大幅下降。
为甚么今天台湾人要离开？
明居正教授表示，可能大陆的朋友们忽略了一点，为甚么在六四时有那么多不分省籍的人在中正纪念堂前为六四的群众和民运人士喝采，声援他们呢？因为在那一刹那，他们的中国情怀全部浮现，在台湾的人同样有大中国的梦想，同样想分享炎黄子孙的荣耀，当中国人在奥运会上夺得第一枚金牌的时候，有多少人在那里流眼泪，而且是不分省籍，那为甚么今天他们要离开？说句不好听的话，他们今天要离开与大家今天要离开中国有多大差异？我们追求的不是一个更好的生活吗？只是他们用了一种更政治的方法，更集体的方式来表达，这毕竟是一种选择，这种选择反映了他们对某种体系的喜好。
中共看错问题开错药方，继续玩弄民族主义
明居正教授认为“反分裂法”不但不能阻止分裂，而且可能刺激分裂。“反分裂法”让大家看到，中共不但没有从过去的错误中学到教训，它继续玩弄煽动民族主义，继续挑动群众斗群众，不同的是这次是隔海挑动，用的口号是“民族主义”，变得更加有力。这是一个很可怕的结论。中共如果没有看到问题所在，继续用这种手段解决问题的话，问题解决不了。但如果中共能够好好洗心革面，好好把自己改造成“共和党”、“民主党”，而不是共产党的话，中国很快会统一，何必向外去求？
退一步讲，如果中共今天还不能做到这一步，但会在经济、政治方面，虚心地向台湾学习，请台湾来教一教，帮一帮，如果真能实现的话，台湾还有多少人会台独？但你不放弃共产主义要别人和你统一，那谁会愿意？在此情形下，如果大陆还不能拿出更好的策略，还只是拿出“反分裂法”的话，马上看到的结果就是直接刺激台独，直接刺激两岸关系，而且会直接刺激到美国。
明居正还认为，在中国的民主及政治有许多不确定的情形下，不能怪有那么多台湾人现在不去选择统一。如果中共还是一味采取不断压迫，不断玩弄权术封杀台湾的手法，那么台独的思想就有可能形成主流，到那时台独就真正挡不住了。所以要阻止ǘ溃
