长期以来，这个简称为“中美合作所”的战时跨国军事情报合作机构，成了广为人们熟知的“美蒋罪行”的代名词。
其实，当时中美合作所并非是为“反共”、“反人民”而建立的法西斯集中营，而是在国际反法西斯统一战线中建立的跨国军事情报合作机构。
这种机构那时也并非只此一家。
最先是苏联驻华大使馆提议，由苏军总参谋部与中国国民政府军委会军令部协商，建立了中苏情报合作所。所长由中方的军令部第二厅厅长杨宣诚兼任，副所长中、苏各一人，中方为军令部第二厅副厅长、军统局主任秘书郑介民。由军统局具体操作，主要侦收和研究日军电讯密码。苏方提供了大批电讯器材。该所设于重庆城内来龙巷庆德里一号，另在南岸黄山上设有电讯侦测电台，南岸汪山上建有供苏方人员住宿的两幢宿舍。
成立不久，因苏德战争爆发，苏联无暇东顾而渐少过问。军统局也认为苏方提供的电讯器材不够先进而失去合作热情。该所建立约三年后撤销。
接着，在太平洋战争爆发前，在上海遭到日本人监视的英国驻华情报首脑门德内哥罗，由军统局辖下的游击武装忠义救国军借偷运日货之机将其藏在卡车中护送逃到重庆，他以英国大使馆商务参赞的名义提出与中国合组中英特种技术合作所，进行情报交流，英方并表示愿意援助武器装备和派专家帮助中国组建、训练一支敌后游击部队(太平洋战争爆发后又决定这支部队开赴东南亚战场配合英军作战)。
于是，军统局在1941年9月进行了研究，不久即在重庆近郊沙坪坝红槽房建立起了中英特种技术合作所，1942年1月又在沙坪坝小龙坎成立了军统局属下的别动军司令部，中英合作所主任及别动军司令均由前忠义救国军总指挥周伟龙担任。戴笠以军统局原混城队为基础，加上军统局人员，组成了别动军七个纵队。原拟开赴东南亚作战，因此第三纵队徐光英部已集结于桂南待命。
后来，军统局在援助及训练等问题上与英方意见严重分歧。
在1942年夏，流亡的法国戴高乐政府也曾派代表来中国，与军统局谈判建立中法特种技术合作所，主要是为了侦译法国维希傀儡政府的密电。但法方代表对所谈事项外行，军统局方面对这一流亡政府又不大看得上眼，最终未能谈妥。
真正合作成功的，是中国与美国联合建立的中美特种技术合作所。
据参加起草中美特种技术合作协定草案的军统局军事情报处少将处长鲍志鸿回忆，美国空军击落日本海军大将山本五十六的座机，就有中美合作所的军统局人员在电讯侦测和密码破译方面的功劳。
同时，中美合作所还建立起了若干为美国海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等，这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，都起了重要作用。战后美国海军部的一份报告甚至有这样的评价：中国方面通过中美合作所向美国提供的日本占领区军事及气象情报，“成为美国太平洋舰队和在中国沿海的美潜艇攻击敌海军的惟一情报来源”。
除去军事行动外，中美合作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。如收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志；印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方……
抗日战争胜利后，按照当初中美合作所成立时《协定》的规定，美方人员分批回国。1946年1月，中美合作所正式宣告结束，经军统局报蒋介石备案，中美合作所中的军统局人员回军统局报到，非军统局人员则发给三个月薪金资遣。
不过，因为中美合作所的中方负责人是在国民党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令竭力介入中国国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工，获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋反共” 的恶名。在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，也被算到了它的账上。特别是在1949年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被视为“中美合作所大屠杀”，使“中美合作所”声名狼藉，成为后来反美、反蒋(国民党)宣传中的一个重要靶子。许多人不再清楚它当初究竟是个什么机构，而只以为它是一个血腥恐怖的集中营了。
其实，中美合作所与白公馆、渣滓洞监狱并不是一回事。
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