进化论的假说由达尔文在19世纪提出，达尔文自己也觉得它有许多疑点。科学家也发现达尔文的很多认识其实漏洞百出，但出于多种原因，进化论这一观点迄今仍在科学界普遍倡导。
许多科学家质疑进化论，从进化论讲的共同祖先到自然选择。比如，象眼睛这样复杂的结构，有一点发育不完全就会失效，怎么可能是从由简单到复杂一点点进化的呢？
美国西雅图的Discovery Institute则认为达尔文的进化论统治科学界早就应该打破了。
宗教界一直对进化论持质疑态度。继圣经中记载的“诺亚方舟”证据被发现后，路透社于2005年1月28日报道义大利都灵耶稣裹尸布的真实性进一步被科学家们所证实。
近年来越来越多的生物学及考古学的新发现与进化论不符。
(一) 科学家们由鸟类大脑质疑进化论
据近日媒体报道，29名神经科学专家认为鸟类大脑的发达程度与哺乳动物类似，从而提出许多现有关于鸟类与哺乳动物的理论已经过时。这些科学家将此发现发表在2005年2月号的《神经科学综述》(Nature Reviews Neuroscience) 上。
该研究由美国国家卫生院(NIH)和美国国家自然科学基金(NSF)赞助。报道中说，科学家们发现鸽子能区分不同种类的油画作品；乌鸦能制作有用的工具，还能将此技能传授给其它的鸟；而鹦鹉不仅能够学习人类的词汇，而且还能把它用来与人沟通。
这些科学家们在论文中写道，人们原来以为鸟类大脑比哺乳动物大脑原始。这种认识已有100年的历史。“这些不正确的、以进化论为基点的用于描述哺乳动物大脑的理论在整个20世纪广泛使用。这严重影响了科学新发现的交流与发展。”
报道中说，目前的命名方法是由19世纪Ludwig Edinger提出的。该理论认为生物是由“低等”生物到“高等”生物进化的。因此，在对待鸟类大脑与哺乳动物大脑上，它存在着完全不同的称呼。
该论文的第一作者是美国杜克大学的神经学家Erich Jarvis。他表示，这项研究否认了大脑是分阶段进化的这一观点。而鸟类大脑中一向被称为“原始”的区域实际上具备着复杂的、和哺乳动物大脑类似的处理功能。
(二) 细胞结构的新发现与进化论相悖
2003年6月19日 BBC 发表了一篇文章题为“古老生物挑战细胞进化论”─科学家首次在原核细胞体内发现了只有真核细胞才具备的细胞器。这一发现与进化论相悖。
美国伊利诺宜大学Roberto Docampo教授在细菌体内发现的这个自由移动的细胞器与他在单细胞真核生物体内发现的细胞器基本一致。该细胞器能调节细菌酸的含量。按照进化论的解释：结构虻サ脑
