据英国泰晤士报3日报导指出，虽然教宗本人相信是圣母玛莉亚显灵才使他逃过死劫，但有关此次刺杀未遂事件背后阴谋及主使者身份的谣言却一直流传至今，简直可和美国总统甘迺迪遇刺身亡一案所引发的阴谋论相抗衡。
身为近五百年来首位非意大利籍教宗，若望保禄二世前半生曾先后遭到纳粹及共党政府的双重极权统治，而教宗在就任后于一九七九年首度返回祖国波兰时，也毫不掩饰他对团结工联的支持。教宗后来果然被视为鼓励东欧的反共气氛，导致柏林围墙在一九八九年倒塌，而苏联帝国也在一九九一年，也就是教宗遇刺十年后正式瓦解。
外界因而怀疑，假如教宗遇刺身亡，东欧共产政府还会在十年内就陆续倒台吗？苏联国安局（ＫＧＢ )是否因为担心教宗的影响力而指使阿格卡行刺？
当时负责调查教宗遇刺案的意大利司法调查小组以及美国中央情报局，后来都未能做出具体结论。阿格卡本人在法庭作证时先是声称与同伙共谋犯案，后来又撤回此说。阿格卡接着又指称，苏联国安局及其他东欧国家秘勤组织曾资助过他，到了一九八二年，他却又转而指控三名保加利亚人参与刺杀计划，并声称拿到一百二十万美元的酬劳。但这三名保加利亚人后来被判决无罪，阿格卡也再度撤回供词。
这二十五年来，阿格卡从未透露更多案情细节，也使这起刺杀案内情更启人疑窦。根据最近公布的前东德秘密警察档案显示，阿格卡在行刺教宗的四年前，曾在国际恐怖份子“胡狼卡洛斯”所主持的游击队训练营接受训练。
原籍委内瑞拉的卡洛斯曾在西欧多次犯案，根据解密档案显示，卡洛斯曾成立了一个名叫Separat的组织，阿格卡就是接受该组织训练。根据曾研究这份档案的意大利国会小组成员指出，档案中显示阿格卡曾接受东德及保加利亚人指导，这又更增加了苏联国安局可能涉案的可能性，因为Separat的确曾听命于苏联及东德秘密警察指挥。
阿格卡在接受武器和爆裂物训练后，一九七九年首次执行谋杀任务，杀害了土耳其一家报社的总编辑，阿格卡被捕后被判死刑，但他却在入狱半年后逃狱成功。
保加利亚政府上周也承诺会交给意大利国会另一批东德秘密警察档案，可望披露更多有关苏联国安局、保国与东德秘密警察之间有关教宗遇刺案计划、执行与结果的互动。
据意大利国会调查小组主席古赞提表示，这些文件证实刺杀令是来自莫斯科，保加利亚当局曾涉及刺杀犯行，东德秘密警察则负责在案发后混淆视听。
