据国民党公布的数字，马英九在此次选举中得票数为37.5056万票，占得票率的出72.4%，王金平得票为14.3268万票，占得票率的27.6%。在选举之后出现了这么一幕：马英九特别到王的竞选总部致意，刚要离开的王金平甚至不愿意摇下车窗看马英九一眼；对一向作风圆滑的王金平来说，这是难见的失礼举动，不过这也反映选后国民党确有分裂的隐忧。
有一种分析认为，马英九选前本计划打一场“低调选战”，结果却在最后一刻“告急”，让王金平输得十分难看；经过这一役，王马要衷诚合作变得十分困难，所以马英九不应“赢太多”。
在政治上面，确实没有绝对的对错；但马英九“赢太多”的论调，却确实显得有点奇怪，而提出这种论调的人连民主政治的基本概念也搞错了。
台湾总统陈水扁两次选举都以些微票数胜出，他并没有“赢太多”，但这没有让他得到更多的支持。相反，因为他的支持度偏低，其认受性也遭削弱。民主的认受性来自选民，国民党这次普选，就是要体现党内民主，马英九赢愈多，他的认受性和权威只会愈强。
当然，抱“马英九赢太多”论调的人，可能会认为：国民党内跟本没有民主；“百年老店”多年来的权力交替，都是通过黑箱作业促成。马英九这次开罪了国民党内影响力甚大的王金平，日后马英九要操作党务，随时会被架空。
上述的观点，似乎也有一点道理，不过，更加厉害的是，支持“马英九赢太多”论调的人，认为马英九要在即将举行的国民党中常委选举中“释放善意”，让连战派系，王金平派系的人更多参与党的权力核心。似乎，这才是“马英九赢太多”论调提出的真正原因。
必须指出，这次选举突显了一个更为深层的问题，就是国民党的官员跟其支持者作出了不同的选择。马英九就是以一句“民心不死，改革有望”打动了基层党员。国民党现时面对的选项是：继续和基层民意脱节，还是决心改革内部，以真正的改革来取得民众的支持。但是，认为马英九“赢太多”，主张连王马共治的人，他们是真正的改革支持者吗？
在政治操作上，有人相信“与人为善”，也有人相信“政治实力”。假如马英九真的“释放善意”，让王金平进一步巩固其影响力，则马英九被架空的机会只会更大，要改革也会更难。
必须指出，马英九要改革国民党内部腐败情况的时间并不多。现时还有约两年多的时间才到2008年台湾总统选举，如果现在不立即开始改革，到大选期近，要改革则更难。
可以预计，支持王金平或某些反对改革的人，一定会继续出一些难题考验马英九。中常委选举是马的第一次测验，之后还有年底的县市长选举；到时国民党如表现欠佳，一定有人会藉机发难，却将之铲除而后快。
马英九要如何整合泛蓝内部，确实是一大考验，但他整合的同时不得不注意这次基层选民已发出强力的改革呼声，如果马英九选择拥抱旧文化，他也会成为被改革的对象。
