但是，事件真相并非如此。多年来一直研究此事的俄军事历史学家科列斯尼科夫教授查阅了许多内部文献，走访了许多当事人，调查发现了整个事件的真相。他得出的结论是：“可以准确地说，这是北约蓄谋已久、精心准备的一次情报侦察行动。我们和美国人早已知道这是一架间谍飞机。事实上，这是一次战斗，死亡的人不是官方公布的269名乘客，而是29名美国间谍。”
1983年9月7日，苏联政府发表声明证实苏军歼击机拦截了波音飞机：“苏联飞行员在制止入侵飞机时无法判断这是一架民航飞机，在深夜，在能见度较差的情况下飞行的飞机没有打开导航灯，而且不回答问询信号。”
这架波音747是在9月1日凌晨进入苏联领空的，此前经常有类似情况发生，最后都得到了和平解决：入侵飞机在做出“迷路”的答复后立即在苏联空军歼击机护送下离开苏联领空。但是，这架波音飞机不仅没有飞离苏联领空，对苏军警告不理不睬，而且立即进行一系列复杂的机动，远离苏联防空区，飞到了部署有洲际导弹的苏联绝密核潜艇基地上空。
长期以来，军事专家无论如何也不明白，苏军为什么没在波音飞机飞近绝密设施前将其击落或武力迫降到苏联机场。
时任苏联远东军区司令的特列季亚克大将(后升任苏联防空军司令)日前终于透露了这一秘密。他说：“我是一名身经百战的老将军了，已经什么都不怕了。 20多年过去了，苏联不存在了，秘密也就不存在了。我觉得是到了说出事实真相的时候了。第一，从波音飞机进入我们领空的第一分钟开始，我们就掌握了其乘员与北约情报基地和特工机关所有谈话情况。我们本可多次摧毁这架飞机，但没有做，因为它如果在堪察加上空爆炸，可能会带来不可弥补的损失，可能会引爆潜艇上的核弹药或其他设施，其爆炸强度将超过日本广岛核爆炸；第二，如果我们把波音飞机迫降在我们军事机场，那里部署有装备核武器的战略轰炸机，美国人可能会直接近距离地引爆自己的飞机。”
苏联对坠机的调查证明，这种爆炸是完全可能的。波音飞机被苏军歼击机击中后，又飞行了17公里，才在中立水域上空爆炸坠毁。爆破专家确认，飞机坠毁是由机舱内部威力约4吨的爆炸物引起的，苏军发射的导弹没有这么大的威力。
特列季亚克大将说：“专家迅速认定，飞机上确实有爆炸物。坠机现场没有找到任何大的碎片，原因是爆炸威力较大，这些爆炸物是防范苏军迫降时用的。乘员有摇控装置，可以在苏联机场引爆飞机。从安克雷奇起飞时，飞机耽搁了40分钟，使到达苏联领空的时间与美国侦察卫星经过堪察加上空的时间一致。这是一架间谍飞机，而且沿从未飞行过的航线飞行，附近有两个防空导弹营，飞机正好在其飞过，保证自己不会被击落。”
当时，直接参与此次行动的苏军航空师长科尔努科夫少将(1998-2000年升任俄空军总司令)和副团长、歼击机飞行员奥西波维奇中校透露了击落波音飞机的内幕。通常情况下，没有国防部长的命令，师长或飞行员无权击落入侵飞机。不过，此次情况特殊，局势非常明显，科尔努科夫少将事先没有得到俄军总参谋长和西伯利亚军区司令的批准，自行做主，下令击落敌机。
奥西波夫说：“我最初想迫降波音747，发了要求其降落的飞行信号，甚至警告性地开火射击，但波音飞机没有任何反应，之后突然抛下油箱，实施机动，远离歼击机。我当时尽一切所能，追上飞机，它已开始飞离苏联边境。科尔努科夫少将命令我将其击落，他在师指挥所里监视所有行动。我发射的第2发导弹命中了目标，但我要说的是，我只是击伤了飞机，并没有击落它，我是看着它远去的。”
科尔努科夫说：“我们没有违犯法律，没有越权，全部严格按照命令、条令和法律行事。现在，我还有一些问题：为什么装备了最现代化导航设备的波音747 飞机不能判断自己已严重偏离航线，不及时修正？为什么乘员不回答问询，却借助机载和地面设备进行私人谈话？为什么对奥西波夫飞行员的迫降信号和射击没有任何反应？为什么曾为总统服务过数年的有经验的机长忽视最基本的规则？为什么美日地面控制站没有采取任何措施避免粗暴入侵苏联领空？为什么飞机入境后不与苏联方面接触报告其飞机情况？”
特列季亚克说：“飞机坠毁后，苏联领导装作什么都没发生一样，军方则在坠机水域积极打捞碎片和乘员尸体。我们决定利用舰艇为美国人制造一个假坠机地点，他们上钩了，舰艇和直升机开始迅速赶往那个方向。大家最关心的是飞机上到底有多少人，不是说有269名乘客吗？现在，我可以绝对地说不了，事实上，机上只有29人。机载特种电子设备也泄露了波音飞机乘员从18人增加到29人的情况。确实，是打捞出了269名乘客的行李，但这都是美国故意安排的，以此制造269人死亡的假象，这些乘客可能根本没在安克雷奇登机。”
