艇和6艘S级小型潜艇。而日本海军起码有60艘主力潜艇，其中有46艘I级大型潜艇和14艘RO级中型潜艇。从数量上看，美军潜艇明显处于劣势，而且，由于美军潜艇装备的鱼雷技术性能差，其在质量上也不占优。
接到命令后，1941年12月11日，太平洋舰队的“鮈鱼”号潜艇离开珍珠港，率先进入战斗巡航状态。“绿鳕”号和“潜水者”号也在几天后出发，并于1942年1月初到达日本附近海域。
1月底，一直在耐心等待机会的“鮈鱼”号盯上了日军的I-173号潜艇，并趁其不备用3枚鱼雷将其击沉。这算是个开门红。而此时，亚洲舰队则正饱受日本轰炸机群的密集轰炸。迫不得已，将领麦克阿瑟命令驻守菲律宾的大多数水面舰艇撤退到爪哇，只留潜艇部队在海军上校威尔克斯的指挥下驻守甲米地基地。威尔克斯在环绕吕宋岛防御警戒线部署了28艘潜艇，但并未对日军入侵菲律宾造成多大威胁。这些潜艇对日军战舰、运输兵船、货船发动了31次攻击，发射鱼雷66 枚，却仅击沉了3艘货船。1941年圣诞节时，即将弹尽粮绝的亚洲舰队潜艇无奈向爪哇岛的苏腊巴亚港口退却。
苦消耗扭转劣势
稍作休整后，1941年初，亚洲舰队潜艇再次出动，承担起建立从苏门答腊经爪哇延伸到帝汶岛的岛屿连线上的“马来屏障”的任务。在此行动中，它们击沉了8艘日军舰船，其中包括1艘驱逐舰，但己方也损失了3艘潜艇。这一行动收效甚微，没能有效减缓日本的进攻。而随着盟军联合舰队在爪哇海战中失利，苏腊巴亚港也岌岌可危。亚洲舰队潜艇只好移师澳大利亚的弗里曼特尔。
5月，海军少将洛克伍德接替威尔克斯上任后，把这支潜艇部队编入了西南太平洋舰队潜艇部队。而随着太平洋战线不断拉长，日本海军越来越力不从心。太平洋战场上的战略主动权逐渐被美军控制。8月10日上午，陈旧的美军S-44小型潜艇发现日军重型巡洋舰编队后，冒险攻击，竟导致日军“加古”号重型巡洋舰因锅炉爆炸而沉没。此举极大地鼓舞了美军的士气。经过一年的苦苦消耗作战，到1943年，美军潜艇部队的实力大为增强，不但潜艇数量增加了66艘，而且随着“马克”-18新型电动鱼雷的研制成功，美军潜艇的装备质量也大大提升。此后，美军潜艇便逐渐扭转了战争初期的不利局面，开始对日军发动袭击。
1943年，美军潜艇共进行了1000余次袭击，发射了4000枚鱼雷，击沉300艘日军舰船，共计180万吨。由于日本当年只建造了80万吨新船，这样一来，日本的船舶吨位总数便减少了100万吨。
出奇兵各自为战
1944年初，美国在太平洋部署了123艘潜艇，基本占据了战场主动。不甘失败的日本海军拼死发起反击行动。这种以卵击石的疯狂举动正中美军下怀，也成就了美军潜艇部队的威名。洛克伍德根据日舰活动规律，果断打破潜艇作战惯例，下令各潜艇可以相对独立作战，允许先向敌舰攻击后再向他报告。这一灵活战术很快取得了成效。
5月31日，在塞班岛附近海域游弋的美军“银鱼”号潜艇发现了一支日军护航船队，遂向正在附近巡逻的绰号“布莱尔(专题，图库)爆破队”的美军“狼群”报告。当“银鱼”号和“布莱尔爆破队”会合时，又有两支日军护航船队出现。美军大喜过望，随即发起攻击。6月1日凌晨，“大青花鱼”号击中了日军第一支护航船队的一艘货船。而“鲨鱼”号则在6月2日和6月4日各击沉一艘敌船。6月5日，“鲨鱼”号又击沉了两艘舰艇。6月5日夜里，“大青花鱼”号又击沉了两艘敌舰。这些打击使前来增援的日军损失过半。
6月初，负责运送英国特工谍报组的美国“鲻鱼”号潜艇在其航行过程中，顺手击沉了日军3艘驱逐舰，还至少重创了2艘，创造了一项非凡的记录。6月10 日上午，正在巡逻的“鲻鱼”号又发现了日军宇垣将军的战列舰编队出港赶赴菲律宾海，马上利用无线电将敌舰队活动情况报告了盟军指挥部。盟军决定集中大量潜艇，给予其毁灭性打击。在菲律宾海附近海域，“大青花鱼”号潜艇发现日本的“大凤”号航母后，随即果断攻击，将其击沉。在“大凤”号倾覆3个小时后，悄无声息的“棘鳍”号又向日军“翔鹤”号航母发射了3枚鱼雷，并将它送入了海底。11月，被日军视为“宝贝”的“金刚”号战列舰被美军潜艇击沉。仅仅一周后，处女航仅仅进行了17个小时的日军“信浓”号航母也被美军“射手鱼”号潜艇击沉，创造了一个最短命航母的世界记录。
断“粮草”促敌灭亡
俗话说，“兵马未动，粮草先行”，尤其在海战中，运输供应是否畅通直接关系到战争胜负。在太平洋战场的较量中，美军不断出动潜艇攻击日军的运输货船，逐渐切断了日军的“粮草”供应，在很大程度上加速了日寇的灭亡进程。
在1942年春季以前，日本的船只都是单独航行不需要护航。但是珍珠港事件后，由于美军下令潜艇可以无限制攻击敌军的任何舰船，日本被迫建立起护航船队，而且规模不断扩大。
美军采用“狼群”战术攻击敌运输船只，被击沉的日军舰船与日俱增。更让日军想不到的是，美军成功破译了专供日本商船使用的代号“玛鲁”的密码。日本航运指挥官用这种密码指挥船队，请示前进路线、目的地和每日中午的位置。这种无比重要的情报来源经过太平洋潜艇司令部分别传到了潜艇指挥官的手中，极大地提高了发现和击沉日军船队的准确性。在美军潜艇的沉重打击下，日本与南方资源区的联系逐渐被完全切断了。1945年，9艘美军潜艇又成功渗透进入日本海，先后击沉了日军I-122号潜艇和28艘商船，总吨位达到5.5万吨。
据统计，在整个二战期间，美军潜艇共击沉日军1113艘50吨以上的商船，另外还有65艘估计也被击沉，总吨位超过532万吨。
