陈水扁总统上任后，以“即使动摇国本，也要办到底”的名言，追查尹案和拉法叶舰弊案。2000年7月1日宣布成立特别调查小组，由最高检察署检察长担任召集人。
为追查拉法叶舰弊案佣金流向，瑞士当局于2001年4月下令冻结汪传浦家族在瑞士银行开立的19个佣金帐户。后汪传浦提出上诉，瑞士联邦法院今年5月底判决扣押台湾通缉要犯汪传浦的46个帐户。
极具关键性的拉法叶舰弊案文件和9亿瑞郎(6亿9千万美元，新台币230亿元)疑似不法佣金，在瑞士冻结长达4年，其间，中共当局、拉法叶舰弊案法国牵涉人士都向瑞士施压或从中作梗。
瑞士考虑提供台湾国司法协助，解开拉法叶舰采购弊案之际，中共外交部曾要胁降低外交等级、中断两国贸易，逼迫瑞士行政机关拒绝给予台湾司法协助。中共官员还一度失态对瑞士官员咆哮，引起不少瑞士官员反感。
中共不断向瑞士施压，包括利用国家主席胡锦涛、国务院总理温家宝等人出访机会，不断警告瑞士不得将佣金归还台湾，中共驻瑞士大使馆人员更是三天两头对相关单位施压。
瑞士当局在台湾行政院长谢长廷签署不判处汪传浦死刑保证之下，今年11月8日正式将拉法叶舰军售弊案50件文件档案交给台湾、法国及列支敦斯登三国的司法检调机构，台湾调查拉舰弊案及海军上校尹清枫命案得到最关键资料与证据。
瑞士司法部同时指出，因拉舰案被冻结的9亿瑞郎将继续维持冻结，外国当局可在下一个步骤中，向瑞士申请释放这些资产。拉法叶舰弊案承办检察官曾要求台湾在12月下旬前，申请取回汪传浦被冻结在瑞士的资产。
至于法国方面，对拉法叶佣金案，则仍另案调查，政界和工业界多人是佣金受惠者。
瑞士将有关拉法叶舰军购佣金弊案调查资料，提供给台、法等国做为司法调查之用，让悬荡多年的军购弊案再现破案曙光，台湾法务部长施茂林11月25日表示，整个军购弊案轮廓早已查出，瑞士的资料重要性在于能将事实完整连结，是破案“最后一块拼图”。
24日陈水扁强调拉法叶案是有史以来最大弊案，有超过新台币150亿元的回扣，“国民党党政军很多人都跑不掉”，重申此案不管涉及的官有多大，肩上星有四颗、三颗，政府绝对办到底。
民进党中央26日举行记者会，表示掌握机密情资，拉法叶舰案佣金4.86亿美元，其中有3.66亿美元流向中共解放军。显示拉法叶佣金流向前中共总书记江泽民、前中国国务院总理朱镕基等8位中共领导人，国共合作贪污，腐化台湾
