中国官方控制的爱国教会未经教宗批准，擅自于四月三十日在云南省昆明市举行祝圣马英林神父为昆明教区主教礼仪，及五月三日在安徽省芜湖市举行祝圣刘新红神父为主教礼仪。
梵蒂冈的声明称，教宗本笃十六世强烈要求中国当局尊重天主教教会的自由和自主。声明说，教廷是可以做出主教任命决定的唯一的机构。中国共产党一九四九年在中国大陆掌权之后，北京政府切断了跟梵蒂冈的关系，并且成立了政府批准的独立于梵蒂冈的天主教爱国会，自行任命主教。
北京政府表示，梵蒂冈坚持对中国主教的任命权是中国内部事务不可容忍的干涉。中共外交部则说册封过程“完全依照民主方式， 梵蒂冈指摘 ，实在 毫无道理”。
北京政府和梵蒂冈的这种相持不下的关系使中国大陆的天主教教徒和神职人员处于一种为难的困境，也导致上百万的天主教教徒拒绝承认官方教会的权威，转而组成独立于政府的地下教会，这些地下教会忠于梵蒂冈教廷，而不是忠于北京政府。据报导，中国官方教会内部许多主教明确反对未经教皇批准而任命主教的做法，很多人拒绝出席典礼仪式。
香港教区枢机主教陈日君表示，中国当局的主教封圣显然是非法的、强迫性的。他说，那些参加封圣典礼的人显然是在共产党当局的威胁下行事。
西方一些观察家们认为，宗教信仰自由在无神论的国度是很难行得通的，中共和梵蒂冈之间的关系正好诠释了这种分析与说法。中共天主教爱国会官办教堂也有耶稣 、 圣母 ， 无数的主教 、 神父， 但处处都埋伏秘密警察 。 教皇若望保禄二世归天 ， 中共教堂禁止举行追思弥撒 ； 教皇本笃十六世册封陈日君为枢机主教 ，中共天主教主教团副主席房兴 耀更严词抨击 ： “陈日君思想非常落后 ， 不利中梵建立正常关系 。 ”
此种分析，从中共对西藏喇嘛几十年来的一贯立场上也可见一斑。一九五九年， 西藏达赖喇嘛根据传统 ， 选出六岁的确吉尼玛为十一世班禅喇 嘛； 但达赖流亡国外 ，不奉中共号令 ， 于是中共拘捕确吉尼玛 ， 另选确吉杰布继任班禅 ， 务求新班禅和已故的十世班禅一 样唯命是从 。 中共班禅可以娶妻育儿 ， 可以食酒肉。
据林克伦的特稿说，中共方面表示，达赖喇嘛若明确表示完全放弃争取西藏“独立”，将考虑让他访问中国。对此西藏流亡政府外交部长洛桑宁扎在回应时也明白指出，“无论是达赖本人，还是西藏流亡政府已多次表明，不要求西藏从中国分裂出去；我们不明白为什么中国政府还不能相信我们的动机”。
宗教自由和自主信仰始终是困扰北京和各种宗教与信仰之间悬而未决的问题。美国国际宗教自由委员会本月3日发表2006年度报告，批评中国等11个国家的宗教政策。而北京方面近日又曝，总后勤部负责人向全国各地方相关军事机构转发了在北京秘密结束的“中央军委处理涉外宗教问题会议”的有关精神。在这次会议中，首次宣布将对部份不受政府控制的基督教、天主教、伊斯兰教、东正教等“顽固不化”的教徒实行与法轮功同等对待，并宣布严厉打击涉外宗教团体，多次解散仍顽固组织并进行活动，同时不服从管理的将根据相关规定严厉制裁。
西方观察家认为，无论是梵中建交还是达赖能够顺利回国，在中共看来，最大的关健是对方不应干涉它的内务为前提的。这种不容改变的观点才是导致中共政府迟迟不能与对方顺利互交的原因，如此算来，梵中建交也好，喇嘛达赖的回国与“中间道路”也好，在中共强硬的态度面前，都是一个令人渺茫的未知数了.
