台湾高检署就国民党总统参选人马英九的特别费案，向最高法院提起上诉，其主要理由是法官的判决违背法令，并且前后矛盾。
高检署说，特别费争议并没有因马英九获判无罪而停止，原审判决对特别费性质认定有许多违背法令情事，为使社会争议降至最低，有必要由终审法院厘清争点，统一法律见解。
马英九在台北市长任内的特别费案，此前在台北地方法院一审以及高等法院二审宣判都获判无罪，其主要理由是将特别费视为对行政首长的实质补贴。
法院的判决虽避免了台湾的一场政治风暴，但其把原应用于公务的特别费，视为首长个人私款的判决，却引起了检方质疑。
此前台北地方法院在判决书中，引用中国历史上宋朝的"公使钱"，陈述特别费沿革，也引起质疑不应以封建时代制度，来解释现代事务。
马控告检方
马英九对于遭上诉表示，上诉与否是检方的权利，他予以尊重。
马英九在一审获判无罪后曾表示，这场官司是虚耗并且应停止继续上诉，而在二审获判无罪后他则进一步控告起诉他的检察官。
他除了控告起诉他的检察官"伪造文书"外，并且控告侦办民进党总统参选人谢长廷的另两名检察官"滥权不追诉"。
由于这三名检察官都在检办政界人士的高检署特侦组，马英九对他们的提告，被其对手质疑是想要干扰目前还在侦办中的其它案件。
民进党此前向司法机关检举，马英九在台北市长以及国民党主席任内涉及九件弊案，而这些案件目前正由特侦组调查侦办中。
检方目前为止尚未宣布是否对这些案件起诉，但即使在近日起诉，依台湾司法审判时程来看，法院不可能在总统选举前作出宣判，因此不会影响到马英九的参选资格。
马英九特别费案的三审判决，也被广泛认为不可能在总统选前作出判决，不过也有台湾媒体指出，若法院以急件审理，也不排除在选前会有结果。
社会看法分歧
许多台湾蓝绿高层政界人士，都被卷入特别费的司法案件中，包括了第一夫人吴淑珍以及副总统吕秀莲的案件也都在法院审理中。
总统陈水扁虽然因司法豁免权而未被起诉，但他于今年五月卸任后还是可能因国务机要费案被法院审判。
在蓝绿激烈对抗的台湾社会，这些案件是否有罪，随着阵营的不同而有不同看法，司法机关在这些案件中，无法起到定纷止争的效果。
被起诉的一方往往宣称司法受到政治干预或有特定立场，而若司法起诉其对手阵营，则宣称这是司法独立或良心的表现。
台湾的司法机关在国民党一党专政时期，曾经是政府统治工具之一，近年来虽已脱离过去的角色，但随着这些高度政治性案件，使得司法与政治的关系，在台湾再度受到不同看法的检验。
泛蓝方面质疑司法仍像过去一样政治的控制，泛绿方面则质疑这些过去听命国民党的司法人员，在民主化后心态上并未调整中立。
