中国人的放生行为已流传久远，被认为是一件可以消除业障、增加功德之事，然而不当放生行为将造成动物死亡、不肖商人牟取暴利甚至成为外来种入侵之途径。据圣严师傅表示，放生讲求随缘，刻意的买进动物进行放生活动，根本就不是佛教徒所应为之事。然而现今大型的放生活动不但是刻意安排，为了供应放生之需求，商人事先大量捕捉动物，这其中便混杂了商业买卖的牟利行为，背离传统放生是拯救生命的想法。
有关于商业买卖介入放生行为的报导已有很多，在这里也不再重述，我们要讨论的是，因为放生而造成外来种入侵、食物链遭破坏、杂交种产生、基因库之流失等等的问题。
中研院多位学者曾严重提出警告，台湾外来种生物入侵的问题，其严重程度已必须被当作生物战来应对。而“台湾动物社会研究会”与“高雄市教师会生态教育中心”针对全台2,544个宗教团体所进行的调查研究显示，台湾每年放生的各种动物超过2亿只，种类包括鸟类、鱼类、虾蟹类、爬虫类、两栖类，甚至还有昆虫类的蟋蟀、棘皮动物海胆、环节动物蚯蚓、软体动物章鱼，以及哺乳动物牛、梅花鹿、水鹿、兔子，禽鸟类鸡、鸭、鹅、孔雀、鸵鸟，乃至灵长类的猴子，放生地点则遍布全台包括山林、河川溪流、湖泊、海岸、沿海、港边、水库、高尔夫球场、公园，甚至远及中国。由这些数据资料可知台湾放生行为之浮滥。
除了这种大型的放生行为之外，个人的放生行为也是造成外来种入侵的原因之一，最普遍的如家中豢养的宠物失去主人的宠爱之后便随意弃置、野放的行为。
许多人喜欢饲养鸟类，原因不外乎具有鲜艳的羽毛，如金刚鹦鹉，具有好听的鸣声，如画眉鸟，或是具有学习人声的本事如八哥、九官鸟，因而使商人从外地引进，或从台湾山林间捕捉，以满足市场需求，这种行为不但造成原生地鸟类族群之减少，饲主的弃养或逃脱使这些鸟类可能与台湾原生鸟类杂交，严重影响原生鸟类遗传结构的完整性。台北植物园中，每天清晨、傍晚在园中棕榈树上皆可见凤头鹦鹉群聚，由于体型较大，对绿绣眼、珠颈斑鸠、树鹊等原生鸟类造成生存空间及觅食压力，亦可能间接导致族群减少。
又如水族饲养热潮，在饲主一头热之后，往往将其随意放生于公园水池、溪流、池塘，导致越来越多观赏鱼成为水域外来种。琵琶鱼原产于南美，喜欢生活在溪流底层，并以沉积在底层的有机物为食，水族馆业者以其“清道夫”生活方式引进以净化水族箱，后因成体体型过大而被弃养。因琵琶鱼会摄食附着在底层的物质，很多原生鱼类的卵也因此被吃，而影响了原生鱼类的族群成长，目前野外分布常见于中、西、南部的河川。巴西龟原产于美国东南部各州及墨西哥境内，最初由业者引进宠物市场，但经弃养及野放后，因适应力好而成功在各种栖地，如河流、水沟、沼泽、湖泊或池塘等存活下来，它们会吃台湾原生斑龟、食蛇龟的蛋，对原生龟类的生存产生很大的威胁。其他如大肚鱼、吴郭鱼、泰国鳢、高身鲗等外来鱼类造成鱼类族群生态失衡、传染疾病、种间杂交、原生鱼类基因流失等，成为台湾溪流近年来最严重的生态灾害。水域生物外来种入侵之种类还有福寿螺、河壳菜蛤、美国螯虾、牛蛙、亚洲锦蛙、鳄龟甚至鳄鱼等，这些都是水族宠物或养殖鱼类放生的结果。
除了鸟类与水族，爬虫类也是许多人喜欢饲养的宠物，例如绿鬣蜥，原产于墨西哥北部、中美洲和南美洲等地，幼时通体鲜绿、活泼可爱让人爱不释手，但长成后体长达200公分，让不了解的饲主大惊失色，或因新鲜感消失、或因食量大又不易照顾，于是将其放生山林，造成其不适环境而死亡，严重者伤害人类。
错误的放生地点也是危害之一，例如原产台湾西部溪流粗首鱲与台湾马口鱼，原本不存在台湾东部溪流，却由于垂钓者引入放生，由于缺乏天敌族群繁衍迅速，已压迫东部特有的菊池氏细鲗的生存空间。虽然粗首鱲与台湾马口鱼是台湾原生鱼类，但相对于东部溪流得原生鱼类而言却属外来种，这种在台湾本土溪流间引入该条溪流并未分布的台湾原生种鱼类称之为“内地入侵种”。
放生原本是一件善事，却因为不当的放生行为导致动物的死亡及外来种入侵等事件的发生，是一件令人遗憾又难以弥补之事。呼吁宗教界人士应该自我省思，行善修道不应该建立于伤害生命的基础上；也建议政府应该正视此一行为，对不当之放生加以规范管理，也对动物之引进严加把关；个人饲养宠物则应该有正确的认识与选择，并不是稀有或珍贵、高价的宠物才能表现你的不同，而一旦饲养，就要将其视为家人，付出关心与照顾，而不是一时的热情后，即不负责任地抛弃，如此忽略生命之行为，与畜生何异！
