注意饮水和饮食卫生是预防肠道传染病的关键。保护水源，特别是生活饮用水，免受污染。用漂白粉或漂白粉精片（净水片）消毒生活饮用水。注意饮食卫生。不喝生水，饭前便后洗手，不吃腐败变质或受潮霉变的食品，不吃死亡的禽畜，不用脏水漱口或洗瓜果蔬菜，碗筷应煮沸或用消毒剂消毒，刀、砧板、抹布也应严格消毒，生熟食品应该分开存放，水产品和海鲜食物要煮熟煮透再吃。注意环境卫生，消灭蚊蝇。不随地大小便，粪坑中加药杀蛆，动物尸体要深埋，有条件的可加放生石灰消毒，土层要夯实。要及时消除垃圾、污物、环境消毒、管理好粪便、垃圾。
虫媒传染病预防
预防流行性乙型脑炎、疟疾、黑热病等虫媒传染病，应采取灭蚊、防蚊和预防接种为主的综合措施。实行24h值班和疫情网络零报告制度，控制和管理传染源，家畜家禽圈棚要经常洒灭蚊药，病人要隔离。清扫卫生死角，疏通下水道，喷洒消毒杀虫药水，消除蚊虫孳生地，降低蚊虫密度，切断传播途径。做好个人防护，避免被蚊虫叮咬，夜间睡觉挂蚊帐，露宿或夜间野外劳动时，暴露的皮肤应涂抹防蚊油，或者使用驱蚊药。根据疫情监测动态，及时给易感人群接种乙脑疫苗，同时做好斯锑黑克、喷他脒、乙胺嘧啶、伯氨喹等紧缺药物的储备，一旦发生黑热病和疟疾方可有效治疗。
人畜共患病和自然疫源性疾病预防
要加强人间和畜间疫情监测，及时与畜牧兽医部门互通信息，以便有效处置首发疫情，严防鼠疫、流行性出血热、炭疽等疾病的发生或流行。（1）大力开展防鼠、灭鼠和杀虫、灭蚊为主的环境整治活动，降低蚊、虫、鼠等传播媒介的密度；（2）要管好家禽家畜，猪、狗、鸡应圈养，不让其粪便污染环境及水源，猪、鸡粪发酵后再施用，死禽死畜要消毒后深埋；（3）管好粪便厕所，禁止随地大小便，病人的粪尿要经石灰或漂白粉消毒后集中处理；（4）临时居所和救灾帐篷要搭建在地势较高、干燥向阳的地带，在周围挖防鼠沟，要保持一定的坡度，以利于排水和保持地面干燥。床铺应距离地面2尺以上，不要睡地铺，减少人与鼠、蚊等媒介的接触机会；四是要做好鼠疫疫苗、出血热疫苗和有关药物的储备，以便应急使用。
经接触和土壤传播的疾病预防
由于地震房屋倒塌，地面裂缝，山体坍塌，江河污染等原因，造成人员外伤，易引起破伤风、钩端螺旋体病和经土壤传播的疾病发生，对各种原因引起皮肤破损的人员必须及时注射破伤风抗毒素，对伤口进行清创缝合，给予有效的抗炎对症治疗，严重的送医院救治，教育广大群众破损的伤口不要与土壤直接接触。
食源性疾病预防
灾区不能吃的食品被水浸泡的食品，除了密封完好的罐头类食品外都不能食用；已死亡的畜禽、水产品；压在地下已腐烂的蔬菜、水果；来源不明的、无明确食品标志的食品；严重发霉（发霉率在30%以上）的大米、小麦、玉米、花生等；不能辨认的蘑菇及其他霉变食品；加工后常温下放置4h的熟食等。
要正确加工食品粮食和食品原料要在干燥、通风处保存，避免受到虫、鼠侵害和受潮发霉，必要时进行晒干；霉变较轻（发霉率低于30%）的粮食的处理，可采用风扇吹、清水或泥浆水飘浮等方法去除霉粒，然后反复用清水搓洗，或用5%石灰水浸泡霉变粮食24小时，使霉变率降到4%左右再食用。
搞好饮水安全工作选择合格的水源并加以保护。首选井水，水井应修井台、井栏、井盖及井周围30m内禁止设有厕所、猪圈以及其他可能污染地下水的设施，打水应备有专用的取水桶；其次选没有污染的山泉、小溪和上游水，并划定范围，严禁在此区域内排放粪便、倾倒污水垃圾等；最后，可根据情况选接自来水供水管线、打手压泵小口井等，集中式的饮用水水源取水点必须由专人管护。饮用水的处理与消毒：饮用水要经过澄清、过滤、消毒等处理后方可饮用。
