经初步估计，对两岸人民及企业而言，两岸实施"海空直通"，将可省下庞大的时间成本及航运成本，已有专家提出见解，认为每年至少可为台湾节省超过新台币500亿元。事实上，未来两岸"海空直通"，除可节省直接的运输成本，对台湾而言，更重要的，乃是其突破很可能被"边缘化"的经济战略意义。
兹以海运业为例，"不绕点"直航每航次可节省数万美元的成本，以目前每年台湾航商经第三地到中国大陆各港口的航次来看，一年约可省下新台币20亿元的成本，未来开放内陆港口，达成江海联运，对货柜航商以及散装航商都是"利多"。
但对一向扮演"中转"的香港而言，却会带来一些冲击，除海运业，以航空客运业为例，依香港国泰航空公司的资料分析，其每年利润将减少约新台币24亿元，乘客人数减少70万人次，而经香港到大陆或台湾的旅客会减少10%。
在两岸完成签订"大三通"协议后，已有不少香港的传媒报导表示对香港的前景感到忧虑，认为香港将无法继续扮演两岸"中介"的角色，今后难再从中获取"中介"的经济利益。甚至有某大报的社评提出警告，认为"大三通"将对香港经济出现更大的挑战，新的政经形势将推动两岸开展更密切的各项经贸合作领域（包括金融业在内），香港要避免被"边缘化"，就必须"从整应对"，切勿"慢三拍"。
笔者认为，这些警告是多余的顾虑，两岸"大三通"实施后，通过香港过境的游客及货物的确有所减少，但对香港的整体经济结构层面而言，其损失仍算是小量的额度，若从区域经济的"连动"发展来看，两岸"大三通"有利于扩大区域内的各项经贸能量，反而会令香港市场从中受惠、取得益处。兹举香港金融业为例，相对两岸市场而言，由于仍具区域竞争优势，反而可令业界发挥其更大的市场扩增效应。
香港一向是两岸的"中转"航运中心，对两岸三地的空运业而言，依据此次订立的《两岸空运直航协议》，最大的利基点在于将每周的固定包机，由目前的36航班扩大为108航班，同时开放航点由五个增加为21个，另外新增同意每月60航次的往返货运包机，亦有极大的机会改采"截弯取直"模式，不再绕道香港飞航情报区。
此举看来对香港航空业不利，且因正值当前全球航空业景气疲弱之际，此次两岸空运直航的新协议，无疑仅为两岸的航空业界注入一泉"活水"。对香港而言，其台港"黄金航线"运能，势必因两岸"大三通"而被取代，但仍有"转机"机会。例如台港两地政府可研拟未来两地"黄金航线"转型的配套措施，争取双方对等开放"第五航权"，譬如让台湾航空业者可经营经香港至欧洲的热门航线，如香港至伦敦；让香港航空业者可经营台北至北京、上海的热门航线。如此一来，台港联手成为双"中转"地，香港反而可再从中开创新的商机。
根据花旗银行的报告，两岸实施"海空直通"后，估计香港旅游业一年损失将达新台币100亿元，但这只占2008年香港GDP的0.2%旅游业收入，该报告认为，针对两岸"大三通"，港人实在不必"杞人忧天"，担心香港被"打沉"。
笔者认为，香港依然是台湾的主要海空交通枢纽，两岸"海空直通"将增加两岸三地的经贸"连动"，对香港反而有利，香港依然能维持及增强其国际化金融及商贸中心的独特地位。未来，更应融入两岸，并共同走向繁荣。
