后周宣帝、静帝请他出仕，后来隋文帝请他做国子博士，他都推辞不受。他常常对亲近的人说："再过五十年，当有圣人出现，那时候我才能帮他救济世人。"到唐太宗即位，下诏延请孙思邈，太宗见他仙风道骨，容颜甚少，感叹道："所以说，有道之人真是令人尊敬呀！像羡门、广成子这样的神仙原来世上竟是有的，怎么会是虚言呢？"要授他爵位，他坚决推辞不受，只愿修身养道，济助苍生。唐高宗请他做谏议大夫，也未被允。他隐于山林，亲自采制草药，为百姓治病不取分文，救助人不计其数。当时的名士宋之问、孟诜、卢照邻等都以待师长的礼数来尊敬他。
卢照邻曾向他学习修身之道、天文、医术等，是当时著名的"仙宗十友"之一。他向孙思邈请教："名医治病，它的道理如何呢？"孙思邈回答说："善于顺应天道规律的人，必然可以参政于人事；善于对人体了解透彻的人，也必须要以天的道理为依据。天候有四季，有五行，相互更替，犹似轮转。天道之气和顺而为雨；愤怒起来便化为风；凝结而成霜雾；张扬就是虹霓。人也相对应于四肢五脏，昼行夜寝，呼吸精气，吐故纳新。这就是人身的自然规律。阴阳之道，天人相应，天人相通，人身的阴阳与自然界并没什么差别。人身的阴阳失去常度时，身体表面会出现各种不正常的状态，根本原因却在形体内。天地也是如此，星辰偏离轨道飞行，日月的运行出现错乱，寒暑异常，江河干涸，都是因为偏离天道的规律。良医治病，用药疏导，用针剂拯救；圣人济世，用道德调和，用政事辅助，使一切归于天理正道。所以，人体可以调节，天地有可以消除的灾。上医医未病之病，中医医欲病之病，下医医已病之病。"他指出良医："要以济世救人为怀，不求功名利禄；行事果断，且用心要细；心智要圆活，行为要方正；不为利回，不为义疚。"
孙思邈把医德规范放在从医的首位，指出学医的动机要纯正，必须具备"人命至重"和"志存救济"的高尚医德。提出 "大医精诚"："凡大医治病，必当安神定志，无欲无求，先发大慈恻隐之心，誓愿普救含灵之苦。不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想。"他还写道："人命至重，有贵千金。一方济之，德逾于此"，因此把自己的著作均冠以"千金"二字。他本人也是以德修身，以身作则，他将常见的疾病药方，刻在石碑上，立在住所路旁，让人自己照方治疗，不取分文。
孙思邈善参天地与人质的同一性，提出做人要以修身、养德为第一要旨。他的学生向他请教修身养性之要，他回答说："天有盈虚，人有屯危，不自慎，不能济也。故养性必先知自慎也。慎以畏为本，故士无畏则简仁义，农无畏则堕稼穑，工无畏则慢规矩，商无畏则货不殖，子无畏则忘孝，父无畏则废慈，臣无畏则勋不立，君无畏则乱不治。是以太上畏道、畏天，其次畏物，其次畏人，其次畏身。"孙思邈认为做人要恪守天道，修德积善。广积善德、心地善良，福泽自然长久，必然身心健康、长寿；性既为善，内外百病皆不生。如果心性不善，即使吃灵丹妙药，也不得长寿；如果违背天理行事，什么药也无济于事。所以做人最重要的是修德。
唐代魏征等人受命编修齐、梁、周、隋等五代史，恐怕有遗漏，多次向孙思邈请教。他用口传授，就象亲眼所见一样，人们都感到很奇异。东台侍郎孙处约，曾经带着五个儿子孙侹、孙儆、孙俊、孙侑、孙佺去拜见孙思邈。孙思邈说："孙俊应当首先显贵；孙侑应当显达得较晚；孙侹的地位最高，灾祸出在执掌兵权上。"后来都象他说的一样应验了。太子詹事卢齐卿，小时候向孙思邈请教人伦的事情，孙思邈说："五十年后，你的官职可达一方诸侯之长，我的孙子会成为你的部下，你应当自律自重才是。"卢齐卿后来做了徐州刺史，孙思邈的孙子孙溥，果然是徐州萧县的县令。他当初对卢齐卿说这话的时候，孙溥尚未出生，而他已预先知道了孙溥的事情。孙思邈通晓古今，一生好道修道，善于推算天文历法，很多事先知先觉，在他身上发生了许多神奇的事情。
唐太宗赞孙思邈"凿开径路，名魁大医。羽翼三圣，调合四时。降龙伏虎，拯衰救危。巍巍堂堂，百代之师"，他的修炼故事和善行一直流传至今。其实无论在任何时候、任何环境中，遵循天理，坚守道德，都是人们应时时记取的。
