1949 年10月，中共元老王震率兵进军新疆。新疆成为中华人民共和国的一个省，1955年撤销省建制，改为新疆维吾尔自治区。50年代、60年代新疆同其它省份自治区一样，经济发展落后，社会贫困。在新疆地区生活的汉人同当地的维吾尔人间的关系较为平等，社会矛盾也相对较少。
日本研究"东突"问题的专家，曾撰写过《在中国遭迫害的维吾尔人》（中国を追われたウイグル人----亡命者が語る政治弾圧）等调查报告的水谷尚子表示，中国经济实施改革开放政策之后，特别是西部大开发之后，由于汉人同维吾尔人之间出现了巨大的经济获益不平等现象，两个民族之间的矛盾逐渐开始激化。水谷认为："他们（维吾尔人）首先需要的是平等，经济上的平等。西部蕴藏并得到开发的大量石油、气田、矿产等等没有在新疆使用，而是被运到沿海地区。"
民族问题上如何保持平衡也很重要
水谷尚子强调说，维吾尔人从人种、语言文化、民族特性等诸多方面都同汉人完全不同。对维吾尔人采取强制压迫政策也无法赢得他们对汉族文化的认同。在谈到不少汉人同样对中国的少数民族政策表示不满，认为少数民族人口在升学、生育等问题上都享有优惠政策时，水谷表示，这些政策并不能算优惠，"这是应该的。比如说日本的高考，外国人的日语和日本人的水平还是有差距，所以当然对外国人有所照顾，给他们提供上大学的机会。所以我觉得不是优惠，对同一个国家的人来说这就是应该得到考虑的事。"
另外根据中国官方统计机构公布的数字，1949年中华人民共和国建国之初，新疆地区维吾尔人口的比例为76%。改革开放之后随着大量汉人移民的增加，维吾尔人口在新疆地区的比例下降至46%。与此同时汉人比例却从1949年时的6%升至40%。中国当局还在新疆地区拆除了喀什葛尔老城等历史悠久且具有重要象征意义的传统文化建筑。这一系列问题让维吾尔人深感民族存亡的危机，同时也激起了民族间的对立情绪。
水谷尚子还分析说，最近几年在中国汉人同维吾尔人之间的民族矛盾升温也和中共的政治策略有关。她解释说，在江泽民执政时期政府在民间进行反日宣传教育，正是要通过制造假象敌的方式转移民间对中国内部矛盾的注意力，同时也为老百姓排解对政府对社会的不满提供一条新而无害的途径。胡锦涛接任一把手职务之后，维吾尔等少数民族就变成了新的假象敌人。
新疆发生抗议中国少数民族政策的示威活动的时候，中国政府往往采取暴力镇压的方式。水谷尚子表示，如果中国当局的政策不改，像乌鲁木齐骚乱这样大规模的社会事件在5年、10年后还会再发生。她说，现在维吾尔人需要有更多同情他们的命运理解他们的要求的汉人朋友。只有这样才能解决问题。
