据悉，对"布达拉宫"曾经进行过好多次维修，其中，在上世纪八、九十年代进行所谓的"保护性修缮"中，不仅"保护性修缮"结果不尽人意，而且还丢失了许多文物；
以往摆满布达拉宫各个房间的古董"佛像"和"塘卡"，还有各种价值连城的"金银珠宝"，如今所剩无几。
现在人们看到的大多数是新换上的"佛像"、"塘卡"和"金银珠宝"。并且长期关闭布达拉宫的"白宫"（布达拉宫分为"白宫"和"红宫"两部分，即："白宫" 处理政务要事或办公场所；"红宫"即：佛事活动场所），只有共党高层领导和"亲信"准许入内进行秘密探查与"修缮保护"。对"白宫"进行几十年的"秘密修缮"后，又对"红宫"进行几十年的"秘密修缮" 。继而又在2000年到今年对布达拉宫进行大面积不间断地"维修"与"清理"；而这些所谓"维修保护人员"的身份、职业、人数以及上、下班时间，藏人一概不知。
在对"布达拉宫"的保护性修缮完成后，当局又在2009年7月26日出台《对大昭寺和小昭寺进行保护性修缮》的方案，不仅轰动了拉萨城，而且轰动了整个大藏区，很多藏民表示："如果当局只注重外观建设，不重视保护文物（包括需要广大藏人信得过的高僧活佛和国际组织日夜监守），如若再发生文物丢失或"以假换真"的现象，广大藏民不怕武力镇压，将毫不留情地对谁都不客气！希望高层领导，特别是藏人不要做历史的罪人！"
一位曾经在西藏自治区政治协商委员会工作的学者说："希望这次对‘拉萨大昭寺和小昭寺的保护性修缮'，做到公开和透明，让广大藏民放心，起到真正保护文物的作用，要高度谨防文物被盗、被换，以往这方面的教训还不够吗？"
另据历史资料和有关人士透露的消息：59年的"土改运动"和"文化大革命"运动中，西藏许多寺院被毁，"小昭寺"也曾遭不测，里面供奉的松赞干布之妻赤尊公主当年从尼泊尔带来的释迦牟尼像被拆，其上半身和其它许多文物被拉到北京中国博物馆。
一位曾经在西藏自治区民族事务委员会工作的活佛说："到80年代，我们到北京去，在第10世班禅大师的帮助下，把被拉到北京中国博物馆里的佛祖释迦牟尼像上半身请了回来。以往有人曾明目张胆地对西藏文化和文物进行毁灭、破坏，现在又假借‘保护性修缮'为幌子，妄图盗窃、以假换真和破坏西藏文物，我们要提高警惕，严阵以待，用实际行动甚至用生命来保护西藏文化和西藏文物，这样，才能对得起我们的列祖列宗，才能对得起西藏人民对我们的期望"。
西藏老一辈人大和政协代表的意见是一致的，他们认为：西藏的文物保护工作具有复杂性，做好文物保护工作任重而道远，已有上千年历史的"布达拉宫"和"大昭寺 "、"小昭寺"古建筑的修缮，既不能改变古特色原貌，又要达到牢固、防塌、防火、防虫、防漏水等等。"布达拉宫"和"大昭寺"在土改和文革中幸免被破坏，但后来"布达拉宫"里的许多文物被盗和流失，因此，当务之急是对"布达拉宫"里的文物进行保护的同时，做好对"大昭寺"和"小昭寺"文物的严加看管，特别对两寺中的两尊佛祖像进行重点看守、看管和保护。本地文物工作者要加强学习，提高工作水平，提高鉴别各种"真假"能力。
"布达拉宫"、"大昭寺"和"小昭寺"都是世界遗产，对于这些文物的保护措施方案和组织实施，应该有国际组织参与监督，确保修缮工程质量万无一失，更要确保文物保护工作的透明度、真实性和纯洁性。
