中共卫生部称，目前中国内陆31个省区市已全部报告甲型H1N1流感确诊病例，甲流疫情呈现聚集性病例明显增加等特点。每日报告病例数呈上升趋势，近期还陆续出现了重症病例，面临的疫情防控形势不容乐观。
据北京大学内部人士透露，9月伊始秋季开学，该校一名学生被确诊患甲流，但校方严禁信息外泄，仅采取给全校学生量体温方式"预防控制"。学生因恐慌而抢购口罩等，导致北大金像药店的口罩及感冒药品脱销。
梁万年透露内地疫情表现出的特点是：
--本土病例数在确诊病例总数中所占的比例在持续增大，自8月以来，有35天全国当日新增本土病例数超过输入病例数。从8月24日到9月10日，本土病例新增了3696例，占同期确诊病例总数的94.8％。
--聚集性疫情增加明显增多。8月份以来共报告188起，学校和学生活动相关的疫情报告有179起，同时疫情开始由大城市向农村、县城蔓延。
--血清血调查表明，绝大多数人口都是易感人群，高危人群的基数大，广东、上海、浙江三省已先后出现了重症病例。
--流感患者中甲型H1N1流感病例的阳性标本比例在上升。全国流感监测网络显示：7月以前门诊流感病例中没有分离出甲型H1N1流感病例，7月后先后在20个省市发现了甲型H1N1流感阳性标本，比例持续上升。
根据世卫组织分析意见，全人群对甲流病毒均易感，随着北半球秋冬季的来临，甲流发生大规模流行的风险显著上升。为应对甲流疫情，卫生部发出通知，要求各地做好应对甲型H1N1流感大流行的医疗救治准备工作。
根据应对甲型H1N1流感大流行总体预案不同响应级别，医疗救治分为：轻症病例居家隔离治疗，需住院的病例在定点医院集中收治和重症病例在定点三级医院集中收治三种情况。
而进入秋冬季节，学校开学以及中国迎接国庆60周年的一系列大型活动，都使得中国防控甲型H1NI流感的形势严峻。
对于疫苗是否要立即进行大规模接种，中国工程院院士钟南山表示"持保留意见"，钟南山说，上世纪70年代美国猪流感期间，曾因仓促推广接种疫苗，导致800人呼吸麻痹，同时提醒，中国研制的甲流疫苗现在的适用人群不算广，在安全性方面要非常慎重。
但是中国卫生部部长陈竺在9月8日新闻发布会上表示，中国已经确定了甲型H1N1流感疫苗接种方案的原则，将对于流感易发生聚集性病例的五至十九岁年龄段学生、脆弱的人群、有基础性疾病的人群，以及公共服务人员和执行任务的军队、武装警察、公安干警等一线人员，和将在参加国庆游行的人员当中首先启动疫苗接种，而成为世界上第一个可以应用甲型H1N1流感疫苗的国家。对于适用人群不算广且在安全性方面上尚有疑虑情况下来对上述对象进行施打难保不将其置入另外一个风险之中，这样的世界第一令人担忧。
