马英九承诺，担任党主席将以党辅政
台湾总统马英九在10月17日的国民党十八次全会上宣誓就任党主席，他在就职讲话上表示珍惜国共平台，将继续推动与对岸交流。
中共中央委员会对马英九拍发贺电，表示期望国共两党继续在九二共识与反台独的既有政治基础上，落实两岸和平发展共同愿景。
在任内两度以党主席身份与中共总书记胡锦涛会面的吴伯雄，卸下党主席职务后将与连战一样出任国民党荣誉主席。
马英九在就职讲话上说，连战在2005年与胡锦涛发表的"连胡五项共同愿景"对两岸关系发展具有正面积极作用，并建议党代表大会继续列入国民党政纲。
国共在搭起对话平台后两党的领导人已多次会面，但马英九与胡锦涛未来是否会用党领导人身份会面，以及其何时会面对话，目前都不清楚。
马英九称国共平台在过去几年发挥了重要的辅助功能，并且说国民党未来在两岸的教育与文化交流上，可以扮演更积极的角色。
国民党过去在台湾长期的威权时期，同时担任党主席与总统职务者都是以党领政，但马英九称该作法已走入历史，他将以党辅政。
党内问题
国民党在台湾历次的选举中经常传出贿选以及与黑金挂勾问题，以本届立法院来说已有三名国民党立委因贿选而被法院判定当选无效，而上周国民党的中常委改选，也传出一些参选人涉及贿选。
马英九说国民党对此将深切检讨确实改进，他同时也说国民党的地方派系有其历史背景，是民主政治的自然产物。
他称不应该因为少数派系不良作风，而抹黑所有派系，并说将鼓励地方派系在民主机制下良性竞争，成为台湾建设性的草根力量。
对于国民党的党产问题，续任党主席的马英九则说他将在年底前提出党产处理最终方案，未来国民党竞选经费将以募款为主，不再经营任何营利事业。
国民党在党国一体时代取得的党产，一直受到在野的民进党批评破坏公平竞争的民主机制，民进党并怀疑国民党未真实说明其规模与处理状况。
在马英九上任党主席前夕，民进党公布一份民调说，过半受访民众不相信马英九出任党主席后有能力处理党产问题。
针锋相对
民进党的该份民调中还显示，无论是在执政表现不佳，黑金与贿选，以及摆脱地方派系包袱等问题上，过半受访者都不认为马英九出任党主席后会有所改善。
民进党主席蔡英文在马英九就职后，对其喊话应该将国民党党产归公处理，未来选举应杜绝贿选买票，并要求国民党让人民有真正公投的权利。
对于与在野党的关系，马英九在他的就职讲话上说彼此并非仇敌，他并称如今朝野同在一条船上，应该为台湾利益携手合作。
不过两位国民党荣誉主席连战与吴伯雄，都不忘利用十八全会上的讲话，对民进党提出尖锐的批评。
吴伯雄说，如果国民党去年在立法院与总统选举输了，台湾骇人听闻的弊案还会被掩盖，台湾继续烂下去，两岸也许已引爆冲突点，面临兵戒相见。
连战则说过去几年国民党历经艰辛，他称当时的民进党用尽一切不当的手段与资源，全力打击中国国民党的复兴。
他并称民进党执政八年对台湾造成了失落、空荡及浪费。
