一九九九年江泽民在发动迫害法轮功时，手中握有军权，虽然军队在表面上没有放一枪一炮，看似没有参与迫害，但军队却给江泽民一意孤行的迫害起了客观上武装护航的作用，在迫害法轮功中起的作用非常显著，而且因为中共对军队的严密控制和军队本身的特殊性而不为人知，其中主要的一部份就是以总后勤部为首的活摘法轮功学员器官谋利事件。
江泽民扶植了中共军队腐败
江泽民抓军权的重要一环就是分封嫡系，把军中高层换成江系人马。一九九四年，江泽民一口气册封了十九名上将。而他的标准就是对其个人的效忠，只要口口声声“ 拥护江核心”，就官运亨通；如若不提拥护江核心，照样下台。曹双明是上将军衔，任新职空军司令才两年，因为他嘴上不讲拥护江核心，又发了牢骚，一九九五年年初，江泽民解了他的职。而同样发牢骚的隋文举，只因他乖巧，经常念叨江核心，所以，获得江泽民欢心。九六年一月下旬，一天，江泽民高兴，对旁边人说：今天，我们来封它几位上将，高兴高兴，怎么样？左右附炎趋势，答覆当然是再好不过。二炮政委隋永举，就是在这一天，从中将爬上了上将。
升官和发财紧密相连，随着江泽民当政期间，中国国内整体腐败程度的加深，随着江泽民对他们的极度纵容，军队经商变成了毁国焚军。公安部有一位副部长叫李纪周，走私涉款一千多亿。若同军队经商（主要是走私）一比，李纪周连一条小虫都不如。朱镕基曾在会上讲，光是九八年上半年军队开枪、开炮，打死海关缉私人员、公安、武警、司法干部四百五十多人，打伤两千二百多人。解放军走私，可以让军方气象台和军用通讯为走私服务，解放军走私，可以冒用总理签字，随便可以盖上军委副主席的印章。
一九九八年十一月中旬，中央军委、中央军纪委在北京西山召开了军委生活会议，江泽民、朱镕基、张万年、迟浩田、张震等，都讲了话。据迟浩田讲，从九四年以来，军队所办经济实体的资本、收入，有百分之八十被高、中级干部私人挪走。
从一九九八年到一九九九年二月，中国人民解放军各军、兵种，各大军区，各省军区内部之间，为私吞几百万、几千万、几亿、几十亿、逾百亿元人民币，发生了大小逾百场战争。如遵义会议所在地的驻军，与贵州省军区，为争夺二百六十万元，在驻军大楼发生枪战，伤亡九十多人，死五十二名；东北，辽宁锦西驻军与二炮部队合营经商，移交前，锦西驻军先下手为强，私吞五十万，二炮部队气急，出动该部队所有将士，将驻军大楼包围七十多个小时。
沈阳军区司令员、二炮司令员，都乘直升飞机赶赴现场，抑制了一场火并。在这期间，被杀者中官阶最大的，是十三军副军长崔国栋少将。崔国栋于一九九八年十一月二十八日，坐飞机去西昌，向西昌军分区后勤部宋副部长索要二千万。被当场击毙。
海军副司令员王守业在一九九七年至二零零一年五年中，在总后勤部任副部长兼基建营房部部长期间，滥权贪污、挪用公款高达一亿六千万元，一审判处死缓。王守业是目前军方已公布涉及赃款数额最高、职务最高的将军（军衔中将）。
军队因利益而介入活摘器官
随着中共军事建制的不断调整，所有的军事部门都归入了总参谋部、总政治部、总后勤部和总装备部。总后勤部是在军队中管钱管物的，就是军队中最直接接触利益的部门。军队医院直接归总后勤部管辖，军队的医疗改革自然也是他们琢磨如何发财的重要阵地。早在一九八九年，军队医院就开始不愿意接收军人住院，医院为了利益必须算出需收多少地方病人（非军人病员），才能赚够医院要求的数额，之后才考虑接收军队病员的人数。
迫害开始后，中共把法轮功定为头号敌人，从一九九九年到二零零六年五月份，中共中央军委开过六次“处理涉外宗教问题”专门性会议，主要就是针对法轮功。以中共军队后勤部为首的军队系统层层开动，开始按照军委主席江泽民的意愿活摘器官，达到其“肉体上消灭”的迫害目的，而贩卖器官这种一本万利的买卖又成了一条被江泽民默许而鼓励的军队生财之路。
将法轮功学员作为活摘器官供体的命令直接来自军委主席，总后勤部则利用军队系统和国家资源，将到北京上访而不报姓名的法轮功学员和各地被非法拘捕的法轮功学员验血编号，输入电脑系统，利用军车、军航、专用警备部队和各地军事设施和战备工程作为集中营，统一关押，统一管理，成为国家级的活体器官库。总后勤部统一分配集中营，分管调度、运输、交接、警卫和核算，在进行器官移植的过程中，如果器官移植失败，被移植器官人员的资料和尸体必须在七十二小时内全部销毁。整体的资料和尸体，甚至是活人焚毁必须经军事监管人员认可。军事监管人员有权逮捕，关押，强制处决任何泄露消息的医生、警察、武警、科研人员等。军事监管人员由中央军委授权相关军事人员或军事机构执行。
总后勤部通过各级渠道将供体调配到军方医院和部份地方医院，其运营模式是向医院提供一个供体直接收取现金（外汇）的血腥交易，医院付帐给总后勤部后自负盈亏。军方高层通过总后勤部直接牟利，器官的利润不入军队预算，而其活摘器官的层层系统却是靠军费维持，因此来自活摘器官的金钱是没有成本的纯利润。军队移植是大头，卖给地方的器官只是额外牟利，目的是把地方医院作为向海外揽客的橱窗和广告，否则只有中国军方做移植手术对世界将难以掩盖。
全军器官移植中心主任石炳毅认为2005年就进行了近万例肾移植、近 4000例肝移植，2006年达到历史最高峰，这一年就有2万例。而1999年全国仅有4000多例肾移植，肝移植数字近乎于0。中国医科大学第一附属医院的国际移植（中国）网络支援中心的费用表中开价是肾移植6万多美元（约合40多万人民币），肝移植10万美元（约合70万人民币），肺和心脏器官更贵，要15万美元以上。而按照业内器官价格占总费用的50%和石炳毅提出的缩水数字估算，仅2005年来自活摘法轮功学员器官给军队带来的纯利为近5.6亿美元，近45亿人民币。而实际的活摘器官数字，即在中国军事设施和军队医院所进行的地下非公开的器官移植数量要比公开的要多几倍。
从1999 年起，仅活摘法轮功学员器官带来的纯利润已经可以达到了中共军队一年军费预算的规模了，其中还没有计算从药品、手术费、护理费、住院费和其它来源的营利。中国与世界上实际上已经形成了巨大的器官交易网，中国是国际活体器官交易的中心，几乎在2000年以后一直占世界活体器官移植总数的85%以上，该数据是军委上报资料的一部份，几个人因此升为将军，原因就是该领域的所谓“成绩”，其中一人就是总后勤部政委孙大发。
现任总后勤部政委孙大发
紧跟迫害法轮功者成为总后勤部主管
现任中国人民解放军总后勤部部长廖锡龙，出身平民，成名于中越战争中收复者阴山一役，因战功被邓小平任命为副军长，之后历任陆军第十一军军长，成都军区副司令员，1995年到2002年11月任成都军区司令员、党委副书记。而1999年12月，江泽民又通过中越陆地边界协议把者阴山重新交还给了越南政府。廖锡龙生性凶悍狡诈，有战争才能而又特善拍马逢迎，因此官路亨通，从一个普通士兵升到了大军区司令员。
现任总后勤部部长廖锡龙
1999 年4月25日之后，妒忌心极重而又心胸狭窄的江泽民决心置法轮功于死地而后快，但中共政治局常委会上，七人中除江一人外，其它六人都反对镇压。于是江背后耍阴谋，强迫其他人表态同意镇压法轮功。于是江找到了时任成都军区司令员、党委副书记的廖锡龙，要廖助它一臂之力镇压法轮功。廖口头常说的一句话就是：“ 北京怎么说，我们就怎么做。”廖当然知道，江找到了自己办事，这绝对是一个往上爬的好机会，一定要抓住这难得的机遇。于是廖锡龙就伙同成都军区情报处秘密编造假情报，给恶党中央报告说，成都军区情报处从法轮功的邮箱里获取了法轮功搞政治、要推翻共产党的邮件。江泽民拿着这个报告如获至宝，便要挟政治局常委其他人员，逼着全体政治局常委表态同意镇压法轮功。
廖锡龙不仅是江泽民迫害法轮功暴力机器的驱动器，而且是中共恶党迫害法轮功的急先锋。 99年7月20日之后，廖锡龙命令成都军区各大部及有关单位，“严密掌握敌情”，每天24小时严密监控法轮功学员，并大事非法抓捕法轮功学员，有的被长期关押，有的被逼迫退役，有的被开除，强迫学员转化。廖锡龙由于执行江泽民迫害法轮功的邪恶政策不遗余力，很受江的赏识，便在2002年被江提升为恶党中央军委委员、解放军总后勤部部长，2003年再次成为国家中央军事委员会委员。
提升廖锡龙为总后勤部部长，不但是个权钱丰厚的肥缺，而且目的是利用廖锡龙的才干和揣摩上意的服从加上对法轮功的仇视，让其主管活摘器官的运作，把活摘器官产业化、军事化，当作一场战争来指挥。廖锡龙的智谋和狡诈，从中越战争一个细节中可见一斑。组织科长在战前准备了二百口棺材，而廖锡龙坚持只要一百口。战后他露底说：“我们人民解放军的任何一个师、团，都可以把者阴山从越军手里拿下来，问题是看谁的伤亡小、消耗小。”为何他如此重视伤亡呢？因为时任军事科学院院长宋时轮在越南前线强调珍惜战士的生命，所以廖想尽一切办法减少伤亡，为的是揣摩上意，投其所好。
所谓上行下效，廖锡龙对金钱的态度，从其手下的死就可以看出来，其属下成都军区的第十三集团军，是四川地区有名的倒爷，军中发生过多起贪污腐败的丑闻。十三军副军长崔国栋少将于一九九八年十一月二十八日，坐飞机去西昌，向西昌军分区后勤部宋副部长索要二千万，被当场击毙。
后勤部政委是掩盖真相的主力
值得一提的是，中共军队政委在活摘器官事件中扮演了发言人和救火队员的角色，主管业务（活摘）的是部长，政委负责对外宣传和消声。
现任总后勤部政委孙大发，1999年1月后任沈阳军区政治部主任；2001年被江泽民提升为中将，2003年8月后任南京军区政治部主任。2005年1月任南京军区副政委、纪委书记，2005年7月任总后勤部政委，官运又连升两级。孙大发刚上任，便面对苏家屯集中营曝光事件，他因在沈阳军区主管活摘器官，被推到了中共救火的前台，他向全国各地方相关军事机构转发了在北京秘密结束的一个会议精神，要求“针对特别军事监管管理区（即集中营）问题的资讯大量外泄” 问题，“进一步封闭法轮功的资讯管道，强化保密体系，并重申对泄密行为的严厉处罚。”
移植学会医疗事务主管和世界卫生组织顾问 Francis L. Delmonico医生访华时，负责接待的不止有卫生部长陈竺和副部长黄洁夫，军方人物就占了一半（包括军队301医院的政委文德功。图见：http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/119424217 /HTMLSTART. 左起301医院Chen Ziao Ling，Francis L. Delmonico 医生，Jeremy Chapman医生，中共卫生部长陈竺，副部长黄洁夫，301医院政委文德功）。一直到今天，中国移植界一直不被国际移植界接纳，就是因为器官来源不透明。据Delmonico医生的说法，中方官员有“非常强烈的愿望”让他们的移植人员被国际移植界所接纳。而他的回应则是，“中国移植的透明非常重要，需要提供证据，证明来自囚犯的器官有书面、非强制性的资源捐献，而且要证明移植手术只限于在被许可的移植中心和有执照的外科医生，我们需要他们履行自己承诺的证据。”
301医院政委文德功不是移植医生，与卫生部也没有任何瓜葛，他的出现，正是因为中共需要军方人员应对移植界对中国军队系统大量器官移植的出处的质疑。那么文德功只是最大的军队医院政委，又怎么能代表军方呢？因为在他担任301政委前，曾经是总后勤部政治部副主任，对活摘器官的流程和如何应对西方人当然是得心应手。
由中共总后勤部主导的活摘法轮功学员的器官，其相关信息是作为军事机密对待。中共总参谋部利用其情报系统，全力阻挡真相向世界传递。中共军队及其总后勤部正是活体摘除法轮功学员器官的核心机构和证据的重要来源，围绕这两者的更多证据正在曝光的过程之中。
