1645年三月，久居满清做人质的昭显世子返回汉城，随行清使勒令朝鲜仁祖李家出城迎接"天使"到来。忠于明朝的朝鲜两班朝臣士大夫对此心生忌恨。五月二十一日，昭显世子虽被宫人在饵饼中下毒，暴毙于昌德宫中。李家心知肚明，但是讳言此事，怕多尔衮深究，向清朝上报" 世子病亡"。六月初七，被多尔衮释放的风林大君回到汉城。昭显世子在清廷为质近十年，历尽艰险，亲眼目睹了明亡清兴这段波澜壮阔的历史，积累了处理朝清关系的丰富经验。多尔衮对其去世"深为惊悼"，并对其暴毙颇感可疑，但是在朝鲜使臣众口一词的"确系病殪"的说辞下，也不得不信，1645年十一月十四日，清朝册封李湨为朝鲜世子。
送还质子，减少岁贡，本是清朝为缓和两国关系而为，但是经过1627年和1636年的两次战争，朝鲜对清朝产生了很深的民族仇恨。在朝鲜一方，明朝灭亡本是调整对清朝外交政策的良机，但是，反清分子利用朝鲜民族对满族的仇恨心理，推行名分主义的外交，延缓了两国关系的改善。
朝鲜李朝视清朝为犬羊夷狄，私下称清帝为"胡皇"，称清使为"虏使"。除对清朝的公文贺表之外，一切内部公文，包括王陵、宗庙、文庙祭享祝文，仍用崇祯年号。朝鲜的《仁祖庄穆大王实录》，在明亡前用崇祯年号，在明亡后用干支纪年和国王在位年号。在仁祖之后的历代朝鲜国王《实录》，只书千支纪年和国王在位纪年。至于私人著述，直到清末，仍有人书写崇祯年号，以至于竟然有"崇祯二百六十五年"的纪年。历代封建统治者和儒家最看重的"正朔'问题，朝鲜就是这样处理的。
当时朝鲜君臣认为："我朝三百年来，服事大明，其情其义，固不暇言。而神宗皇帝(明神宗万历皇帝朱翊钧)再造之恩自开辟以来，亦禾闻于载籍者。宣祖大王所谓义则君臣，恩犹父子，实是真诚痛切语也。"李朝孝宗则以光复大明天下为己任，倡议北伐。他对大臣说："群臣皆欲予勿治兵，而予固不听者，天时人事，不知何日是好机会来时。故欲养精兵十万，爱恤如子，皆为敢死之卒，然后待其有衅，出其不意，直抵关外，则中原义士豪杰，岂无响应者!"对大臣"万一蹉跎，有复亡之祸，则奈何"的担心，他说："以大志举大事，岂可保其万全也。大义则明，则复亡何愧，益有光举于天下万世也。且天意有在，子以为似无复亡之虞也。"
为了北伐，孝宗首先采取措施，扩军备战。驻汉城的都城御营厅军由7000人增加到 21000人。禁军由600名增加到1000名，全部改编为骑兵。御营厅增加了大炮攻坚部队，还计划将守卫汉城的训练都监军增加10000名，御营厅军增加20000名。由于财政困难，未能实现(韩国姜万吉《韩国近代史》)。
李朝君臣确信"胡人无百年之运"的儒家格言，将地震、彗星等自然灾害视为清朝灭亡的征兆，对南明政权、吴三桂和三藩分裂势力、台湾郑成功、准噶尔蒙古等反清势力寄予厚望，准备派使臣渡海联络，策划夹击清朝。台湾郑氏多次请日本联合出师伐清复明，朝鲜对曰郑联合乐观其成，甚至建议"假道朝鲜，出送援兵"(《仁祖大王实录》)。李湨的儿子显宗李棚(音"渊")和孙子肃宗李焯(音"吞")，对联日伐清之事也很积极。1650年，李溟向清廷奏报"日本近以密书示通事，情形可畏，请筑城训练为守御计"，企图以防御日本为由扩军备战。清朝警觉到朝、日、南明联手组成军事同盟的危险，于是派遣密使前往朝鲜核实情况。结果查明朝鲜与日本素租好，奏折不实，顺治皇帝下诏斥责朝鲜国王，罢其用事大臣。这就是朝鲜历史上有名的"六使诘责"事件。
由于朝鲜财政困难，军备薄弱，北伐大计难以实施。而且由于新兴的清朝连续有顺治、康熙两位励精图治的皇帝，不仅巩固了全国的统一，而且为中国社会经济文化的全面繁荣奠定了基础。朝鲜反清派期望的汉民族武装反抗、清朝统治土崩瓦解局面一直没有实现。1683年，清朝统一台湾，南明残存势力灭亡，影响中、朝、日关系的不确定因素消失，作为实际行动纲领的朝鲜北伐计划寿终正寝。朝鲜没有介入中国内战，也没有铤而走险联合日本跨过鸭绿江入侵辽沈，冒犯正处于全面上升和旺盛时期的新兴满洲军事强权。这是朝鲜的大幸，否则后果将不堪设想。
北伐虽没有成为事实，但是加重了朝鲜的财政负担，延缓了中朝关系改善的步伐。朝鲜的北伐论者不想肯定中国在清朝统治下的文化和经济先进性，以后还几乎全面封锁了对中国文化的引进。
明朝灭亡后，李朝王室一直进行各种追思活动，仁祖不忘宫中焚香望阙之礼。1704年甲申，明朝灭亡60周年，李朝肃宗自宜春门诣禁苑坛，以太牢祭祀崇祯皇帝。又命汉城府在后苑春塘台设"大报坛"，祭祀神宗皇帝。"大报"出于《礼记》郊特牲，是郊天之义，且兼有报德之意。1749年(乾隆十四年)又以明朝太祖、神宗、毅宗并享大报坛，并于三帝即位、忌辰日行望拜礼。这种祭祀活动每年进行，直到李朝末年。
朝鲜对清朝的鄙视仇恨和恪守藩属朝贡制度同时并存，且反清复明计划和北伐准备是在隐蔽状态下进行的，清朝政府知之甚少。由于以追求实利为标准的外交传统始终在朝鲜起作用，清政府又主动采取种种善意举措，1683年清朝统一台湾后，中朝关系终于进入了稳定发展的时期。
