南水北调东线和中线工程一期工程的移民征地计划，涉及搬迁人口约44万人；在一期工程2014年结束之前，每年需搬迁的人口为10多万人。
美国托莱多大学荣誉退休教授冉伯恭表示，说服这么多人离开世代生活的家园是一大挑战： "三峡大坝迁移了100多万人，那个已经很困难了。三峡大坝的总预算几乎一半的钱是用来安置移民。当时中国的政治情形不一样，那时候老百姓对政府挑战的兴趣不高，政府说什么，政府说了算。现在虽然政府说了算。但是中国总的政治气氛比较松动。你看大家都知道每年上千上万的人在各地游行，总有人游行示威，甚至打砸地方政府。这种情形跟过去的整个气氛就不一样了。老百姓对政府服从性比较差了。再加上赔偿问题，赔偿财产问题和种种问题。我觉得钱还是一个次要的问题。中国现在为几十万人花钱，那是个次要的问题。主要是很多老百姓不跟政府合作。当然，最后还是会搬的，我的看法就是最后这些人虽然抵抗，虽然抗议，但还是会搬走。因为政府已经下了决心一定要南水北调。"
冉教授说，中国是一个总体上缺水的国家，抽引地下水不是长久之计，而"东水西调"构想的可行性尚有待进一步论证： "中国整个的构架确实是这个构架，我看还不只是北方地区，我想华中还有很多地方，大部分地区都有缺水。现在中国一直在做很多其他的事情，再说中国大量抽地下水。这个地下水也有限度的。有人说可以把海水淡化，再加上东水西掉，把海水淡化以后调到西边去怎么样呢？理论上说可以这样做，但成本太高。还有中国的地势问题，中国大家都知道是西方高，东方低，要送东水到西调，那不是那么简单。"
冉教授说，中国政府决定搞南水北调看来是对头的，但是工程极为浩大，尤其是西线工程将会十分艰难：
"北方缺水，这个问题是非解决不可。我想南水北调工程我认为是一个正确的一个政策。但是项目太大了。我想逐渐逐渐两条路线，最近的将来可以做成。但是西北边的工程困难更大。当然西北一样也需要，西北也更缺乏水。"
中山大学教授梁必骐表示，现在要解决北方缺水问题好像别无他策： "现在就是要解决北方的用水问题看来现在还是比较困难的问题。不是那么容易解决的。现想不出什么好办法来。"
不过，梁教授对南水北调工程带来的生态等问题深表关切： "实际上这个南水北调的问题呢，在50年代就已经提出来了。地理方面我知道很多我们一些老专家，比我还老的一些专家已经去世了。他们也参加过考察，参加考察的结果呢几乎是百分之百地不同意。搞生态的、搞地理的、搞环境的可能很多都在反对，因为它这个可能对生态的破坏肯定是比较厉害的。"
梁教授说，眼下南水北调尚且可行，但是如果有朝一日青藏高原水源枯竭，长江就无水可调了，而这个顾虑并不是杞人忧天： "现在这个问题我觉得不仅仅是移民的问题了。现在不都在讲嘛，喜马拉雅山现在冰雪融化，气候变暖，冰雪融化。它这个冰雪融化现在可能容易造成大封条。可能以后冰雪真的融化了，你不要说黄河了，以后长江的水也都成问题了。当然现在很多人都在谈，印度的恒河以后要干枯呀什么什么的。你长江的水也是从那边来的呀。这个也是个问题呀。我就不知道这些人有没有常常考虑这些问题。"
据法新社报道，中线工程原定于2010年向北京调水，现在推迟到2014年，主要是因为移民问题一时难以解决。
