1938年秋，毛泽东要与江青结婚，延安议论纷纷，许多老同志有意见。原在北方局做秘密工作的王世英，当时正在中央党校学习，写了一封信给中央，说江青在上海桃色新闻很多，毛主席同她结婚不合适。信上签名的人一大串。根据地也有打电报、写信来的，比如，项英就曾电报中央极力反对。这些意见都集中到张闻天那里。中央的几位领导同志也向张反映，希望他出面做做工作。张闻天觉得为难：结婚是个人私事，别人不便干预；毛泽东的个性又极强，认准了事很难回头。但大家的意见确实很有道理，党的领导人的婚姻也不能等闲视之。考虑再三，张闻天综合大家的意见，以个人名义给毛泽东写了一封信。信写得比较婉转，大意是：你同贺子珍合不来，离婚，大家没有意见，再结婚也是应该的，但是否同江青结合，望你考虑。因江青在上海是演员，影响较大。这样做，对党对你，都不大好。
毛泽东读罢勃然大怒，当场把信撕了，说：“我明天就结婚，谁管得着！”第二天就在供销社摆酒席两桌，张闻天自然不在宾客之列。
影响两人关系的另一件事，就是对马列学院的评价。自六届六中全会后，张闻天尽量推掉“总书记”的工作，把主要精力放在宣传部和马列学院。延安马列学院是中国共产党的第一所攻读马列主义的比较正规的学校，是延安的最高学府。自学院创办之日起，张闻天就兼任院长，直到1941年7月改组，前后有3年多的时间。为了办好这所学校，张闻天倾注了大量的心血，并始终充满眷恋之情。1976年6月底，他在病逝前夕曾对外甥说：“我一生没有为党的事业做出多大的贡献，但有一点可以自慰的，在马列学院时为党培养了一批好干部。”
然而，毛泽东对马列学院并不满意。1941年5月，他作《改造我们的学习》的报告，其中有一段就可能与马列学院有关系：“在学校的教育中，在在职干部的教育中，教哲学的不引导学生研究中国革命的逻辑，教经济学的不引导学生研究中国经济的特点，教政治学的不引导学生研究中国革命的策略，教军事学的不引导学生研究适合中国特点的战略和战术，诸如此类，其结果，谬种流传，误人不浅。在延安学了，到富县就不能应用。经济学教授不能解释边币和法币，当然学生也不能解释。十七八岁的娃娃，教他们啃《资本论》、《反杜林论》。”(最后一句在公开出版的《毛选》中删去了)
在另一场合，毛泽东甚至公开指责：“马列学院是教条主义的大本营。”
对于毛泽东的批评，张闻天感到很委屈。他后来写道：当时我有点苦闷，有时也发点牢骚，说毛主席似乎“不公正”，看人有点“偏”。一个人在一件工作上，他看中意了，就只看见他好的方面，另一个什么地方不满意了，就什么都是坏的。中央决议通过的，照着做了又来驳斥，因此事情不好办。同时我精神也准备着，大工作做不了，就做小工作也可以。别的同志有时提议，要我找毛主席当面谈谈，我有时想不谈也就算了，我为人如何，以后证明，我何必急于人家了解！
不过，张闻天后来还是“下决心找毛泽东同志当面谈了”。第一次，是在1941年六七月，“我到枣园找毛泽东同志谈了一次话，他谈得很温和，似乎还不愿意批评我。”第二次，毛约了康生、陈云、任弼时一起同张闻天谈。毛泽东严厉地批评了张闻天，说张一事不懂，偏要人家依，不依则打；还说张不顾大局，无自我批评精神；还给了张闻天几个字的评语。
是张闻天有选择机会的时候，他总是选择远离毛泽东的地方
1941年9月至10月，中央政治局召开扩大会议，讨论党史上特别是土地革命战争时期的路线问题，拉开了中央领导层整风运动的帷幕。毛泽东在第一天的会上作了主题报告。他明确指出：“过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线和苏维埃运动后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨。”这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。
听了毛泽东的报告后，张闻天第一个作检讨。他说：我是最主要的负责者之一，应当承认错误，特别在宣传错误政策上我应负更多的责任。发言中，张闻天还提出“补课”的问题，他说：过去国际把我们一批没有做过实际工作的干部，提到中央机关来，给党的事业带来很大损失。过去没有做过实际工作，现在还要补课。过去我们对苏维埃后期的错误没有清算，这是欠的老账，现在必须偿还。张闻天说话算数，不仅是口头表示，而是有实际行动。从1942年1月起，他主动要求去农村调查，在陕北神府、绥德、米脂和晋西北的兴县等地的几十个村庄调查了将近一年半，直到1943年5月才回到延安。
“书可焚烧，书可禁读，但禁不住写书人的思想的波涛”
张闻天动过手术病愈出院了。他这时虽然仍保留着政治局候补委员的名义，但工作已经停止了。为党的巩固和发展，为新中国的涎生和成长奋斗了将近40年的张闻天，如今被抛在一边，这是多么悲凉和痛苦！他对妻子说：“我不能闲着，我要工作，大的工作干不了，就做小的工作。”1960年元旦，大病未愈的张闻天就给毛泽东写信，婉转地表达了要求工作的愿望，以后又几次写信给毛，但都没有下文。
张闻天无奈，找总书记邓小平。邓说：“研究国际问题吧，那是你的本行，你熟悉。”这正合张的心意。
张闻天又去征求刘少奇的意见。刘说：“国际问题，外交战线，你还是暂时回避的好。还是搞经济吧。”
张闻天领会所谓“里通外国”的谣喙尚未澄清，刘少奇让他避嫌是出于关心。搞经济他也乐意，就按刘的意见找当时的经委主任李富春。李同张在东北局财经委员会曾一道当过陈云的副手，听张闻天一讲，非常欢迎，说我们这儿正需要你这样懂得经济理论的人，欢迎你来。但过了不久，张闻天接到李的来信，信中表示歉意，流露出经请示未获同意，无可奈何的意思。
是谁不同意李的信中未说。其实这是无需点破的事情。
1960年11月，中组部副部长找张闻天谈话，告诉他，中央决定让他到经济研究所当特约研究员。张闻天心里清楚，“特约”研究员并不是让他研究什么，只不过是安排个地方领工资、有个单位过组织生活而已。然而，他并不在意，回来高兴地告诉妻子：“只要有事做，就行。”
不久，张闻天到经济研究所报到，并把“特约”研究员真的当回事来做。他不因受打击、被排斥而丝毫减轻对党的事业的责任感，依然孜孜不倦地研究社会主义经济问题，写了许多读书笔记，每写一篇就送到杨尚昆处，再打印出来分送给中央领导同志。1962年2月，毛泽东又收到张闻天的这种成文的“笔记”后，曾给刘少奇、邓小平写了一封短信，说“此人是个动摇分子，累犯错误。他说的是否可信，值得研究。”
8月，张闻天又向毛泽东转交了一份《关于集市贸易等问题的一些意见》，这是他到江苏、上海、浙江、湖南调查研究两个多月以后写成的。报告提出了进一步开放集市贸易，拓展流通渠道、调整工农业产品比价等政策建议。
报告送交中央之前，他还郑重地给毛泽东写了一封信。本来在他提出写调查报告时，刘英心里就犯嘀咕：庐山会议挨了一顿批判，如今才事隔两年，又要提建议，难道还不汲取教训？这时，报告马上就要送上去，她不得不出来劝阻：“是否就不要送了，你的意见人家不会采纳，弄不好又要引祸烧身。”
张闻天坚持要送上去。果然不出刘英的预料。报告送上去不到两个月，八届十中全会就召开了，重点批判“单干风”、“翻案风”、“黑暗风”，并决定对“彭黄张周反党集团”进一步审查。张闻天的这篇报告也变成了新的罪证。接着，1965年经济研究所进行“社教”运动，这篇报告又成为新的批判对象，说它是反映了没落阶级的要求，甚至说是又一次向党进攻，性质之严重超过了庐山会议上的发言。
1966年6月，“文化大革命”的狂飙席卷全国，张闻天受到软禁与批斗。
1969年10月，张闻天被逐出“北京”，“发配”到广东的肇庆。
林彪事件的发生，引起张闻天极大的震动，促使他把经过深思熟虑的观点形诸笔墨。此肘的张闻天，没有恢复组织生活，没有人身自由，可是他仍然乐观而自信，在黑暗中看到光明，在逆境中看到希望，沉下心来，写了将近10万字的理论文章，深刻地总结从“大跃进”到“文化大革命”这一段历史曲折的经验教训，批判种种“左”倾错误观点，探讨在中国建设社会主义的规律。张闻天毫不怀疑自己掌握着真理，他对外甥讲：“书可焚烧，书可禁读，但禁不住写书人的思想的波涛。不是吗，我过去写的读书笔记，被掠夺一空，今天我又重写了一大沓！”
