日本人对宗教的宽容是因为他们本质上属于多宗教信仰的民族。早在绳文时代，日本就存在万物有灵的泛神信仰。后来随着社会的发展，虽然逐渐出现了神道、佛教等主流宗教，但是日本民间仍然习惯供奉许多神灵，如八幡神、天神、山神、鬼子母、富士神、稻荷神、产神、子安神等不一而足。所以，日本又有“八百万神灵之国”的雅号。
由于神灵太多，日本人的祭祀活动也很频繁。日本媒体几乎每个星期都会报道不同地区日本人的祭祀仪式。虽然神灵不同，祭祀仪式规模也多种多样，但大体上都是以某种方式把神灵迎接到人间，以食品供奉，以歌舞等欢庆祝贺，最后燃火送神。日本的神道教实际上是在上述众多民间宗教中逐渐发展起来的，该教以天照大神为最高神。
但是和其他宗教不同的是，神道教没有系统的教义、教团章程和传教仪式，所以该教实际上是日本多神教的综合体，其自身还包含宫廷神道、神社神道和教派神道等流派。日本明治维新之后，统治者为利用神道加强皇室权利，1868年勒令神佛分离，宣布宫廷神道教为国教，实施政教合一制度，天皇由此成为日本统治者控制国民、对外侵略的工具。
但是，二次大战以后日本被迫进行民族改革，实施政教分离，天皇也被迫通过发表《人间宣言》放弃在神道教中的地位，神道教组织也由国家机构变为民间组织。时至今日，日本国民仍然普遍信仰神道教，据统计，日本各地有神社等设施18万多个，信徒超过1亿人，在日本宗教界中居于首位。
拥有1亿2千万人口的日本有1亿神道教信徒，这并不意味着佛教信徒不到2千万。事实上，在日本信奉佛教的人同样接近1亿，和神道教旗鼓相当。这意味着很多日本人是脚踩两只船，穿梭于神佛之间。日本人信佛者如此之众是因为佛教具有很长的历史渊源。
在公元6世纪，佛教由印度经过中国、朝鲜半岛传入日本。7世纪初圣德太子下诏大兴佛法，佛教开始广为传播，但同时出现佛教势力过大，戒律混乱等弊端。公元8世纪，中国鉴真大师东渡日本，推行受戒等佛教制度，极大的推动了日本佛教的发展。佛教在广泛传播过程中，还和日本固有的神道教相互渗透逐渐日本化、世俗化，以接近于国民的生活方式。比如现在日本影响很大的日莲宗教派，放宽了传统佛教对修行“超度”的严格要求，表示只要相信阿弥陀佛的教导，念一次佛号就可以往生极乐；在戒律方面也打开方便之门，不仅不戒酒荤而且允许教徒结婚生子传宗接代。回顾历史，可以说佛教是在日本文化走向繁荣飞跃的关键时期传入的，因此长期以来对日本人的道德、审美意识以及各种艺术都产生了深刻影响。
现在日本有寺院77，000多所，形成270个教团。和中国佛教不同的是，日本佛教虽以出世为教旨，但积极参与社会。如日本佛教界的莲教宗的创价学会就在日本政坛有着重要影响，不少日本僧人还是中日友好关系的推动者，他们经常来到中国参加法事，为两国的和平友好祈福。
与神道教、佛教相比，基督教传入日本较晚，对日本文化的影响也相对小一些。在公元16世纪，西方的基督教开始传入日本，一度得到日本统治者的许可，实力和影响迅速扩大。到17世纪初，全国天主教徒已增加到75万人，并对当时神道教和佛教等主流宗教构成挑战，一些下层教民打着上帝的旗帜发动反对封建领主的暴动。于是，日本统治者开始对基督教采取严禁措施，制定“踏绘”制度，通过让国民践踏耶稣“圣像”来判别搜捕教徒，甚至采取火刑等酷刑惩罚信教者。直到明治维新时期，日本才解除对基督教的禁令。但在日本宗教界，基督教一直处于从属地位。二战以后在盟军的占领和支持下，一度得到较大发展，教徒目前已达到150多万，但是其规模和影响远远无法和神道教及佛教相比。
由于日本人在宗教问题上的宽容性，结果就出现一个奇妙的统计学现象。如果按照每个国民所信奉宗教进行分类统计后求和，就会发现日本各类教徒总数超过日本人口的2.8倍，这意味着每个日本人平均要信奉2.8种宗教。
日本人的婚礼多在神社操办，但在寺院和教堂举行的也不在少数，更为有趣的是约有2%的日本人先在神社举行婚礼后，再依次到寺院、教堂举行婚礼，这样三大教谁都不“得罪”，可以同时得到佛祖、基督和神的“共同保佑”，礼数可谓周到之至。至于丧礼，在日本同样分为佛教式、神道式、基督教式，选择哪一种宗教仪式，全靠举办者便宜行事。
当今不少日本家庭既有佛坛又有神龛；很多日本人既到神社祭拜，又参加寺院的佛事活动，而且不影响过圣诞节。记得曾经有个中国学者看到一位日本小姐拜神又礼佛的情景后，好奇地询问为什么神道和佛教两种不同的宗教你同时都相信呢？结果得到的回答是：“因为他们都是神，不管什么样的神，相信他总是有好处的。”可以说，这位小姐的回答颇具代表性，生动反映了日本人在宗教问题上的现实主义态度。
但是神道教也好、佛教也罢，在当代日本人心中的神学意义越来越淡薄，而“伦理和仪式的味道”越来越浓厚。人们和宗教的“主仆”关系正在发生根本性的变化。人们不再像古人那样受宗教的约束驾驭，屈从于“神”的教义规范，而只是遵守其和社会道德伦理相符合的一些说教，或在生活精神产生某种需要的时候，去自由选择“拜望”一下某个宗教中的“神”，求它一个“帮助”而已。因此，前面提到的两亿多教徒只是因为形式上参与过某种宗教活动而被统计在册，实际上据调查骨子里不信任何宗教的日本人已占到国民总数的60%，青少年中实际上缺乏宗教观念的已达到80%。由此可见，在现代日本社会，宗教实际上已被多数国民视为满足精神需要的工具。
但是进入20世纪90年代以后，日本社会曾掀起一股宗教热潮，主要表现为新兴宗教如雨后春笋大量出现。这些新兴宗教有的是附会重新解释神道教或佛教教义而创立的；有些是从外国传入或新创立的。他们的共同特点就是组织严密，充分利用广播、电视、电脑网络等现代媒体宣传造势，利用日本泡沫经济破裂后出现的不景气、政治腐败、社会道德沦丧、人情淡漠、环境污染等社会问题激起人们的心理共鸣，然后再利用一些现代科学没有证实的神秘现象和偶发事件作为教义证据，通过渲染教主超自然神秘力量，甚至采用现代公关手段拉拢控制教徒。由于日本政府、法律对宗教的“宽容”和社会基础的存在，上世纪90年代日本新兴宗教数量最高时达到2000多个，信徒超过1000万人。新兴宗教的大量出现，难免泥沙俱下，鱼目混珠，一些邪教趁机发展，危害社会，并使日本人一度付出血的代价。
