世界上许多国家，在战争爆发之初便开始广泛征募青年入伍，并将他们直接编入作战部队，充当普通战斗员。而国民政府在知识青年从军问题上，大致是为了配合形势需要，实行一种非常规性的临时措施，因此除1944年为赴印缅作战组织青年远征军外，并未对知识青年实行大规模的从军动员。由于这种政策，西南联大不同时期的从军运动，也呈现出若干不同特点。
长沙临时大学的从军运动，完全建立在自发基础上，学校虽然给予积极支持，并成立了“国防工作介绍委员会”，但这个委员会的工作，不是动员学生从军，更没有进行过从军的组织工作。满腔热情的学生们，完全是在全国抗战的热潮中，主动投奔到抗战第一线。这一点已为人熟知，勿庸赘述。
为支援美国援华空军和入缅作战时期的两次从军运动，与长沙临时大学时期的从军运动有所不同。不同之处，在于这次从军运动起初由政府当局号召，并要求学校动员学生入伍。后来，动员改为行政命令，并且是强制性的，还给西南联大分配了从军名额。从学生方面讲，一些人从个人发展角度考虑，对这次从军不如此前那么积极，工学院、经济系内部还产生过激烈的争论。[60]
这次征调的对象主要是1944级，而西南联大1944级是很特别的一个，他们入校时，正赶上日军侵入缅甸，云南形势严峻，教育部下令西南联大再次迁往安全地带，于是这批学生第一年是在学校设在四川省叙永县的分校度过的。现在，又让他们从军入伍，难免内心有些抵触，中文系汪曾祺、法律系李模，当时都有这种念头。[61]
当时，为了逃避征调，有的人把辣子粉涂在肛门上，引起痔疮复发，希望不能通过体检。[62]还有人虽然进了译训班，可不几天就跑了出来，后经冯文潜教授再三说服才返了回去。[63]但是，大多数同学还是响应政府号召，勇敢地走上战场。
与此前从军运动相比，西南联大在最后一次动员参加青年远征军时，出现过很大的分歧。从动员机制上讲，这次从军运动由国民政府发动，中央和各地均成立了“全国知识青年志愿从军指导委员会”，蒋介石还发表了《告知识青年从军书》，国民政府控制的所有宣传机器，纷纷为这次从军运动大张声势、极力鼓吹。西南联大当局积极响应这次从军运动，10月末，张伯苓、蒋梦麟、梅贻琦三常委联名致电蒋介石，表示热烈拥护。电文云：“重庆国民政府主席蒋钧鉴：奉读钧座告青年书，不胜感奋，知识青年从军，增加抗战反攻力量，确立现代建军基础，关系抗战建国前途，万□重要，伯苓等当竭诚鼓励，尽力推动，并已集合全校教授，统筹推动办法。教授同人，切望此举发挥最大效果，曾贡献意见，以备采择。除另即奉陈外，谨肃电闻。”[64]
与此同时，西南联大遵照教育部指示，成立了“西南联大志愿从军征集委员会”，并由主持学校全面工作的梅贻琦担任主任委员，杨石先、施嘉炀任副主任委员，委员有查良钊、郑天挺、陈雪屏、姚从吾、郑华炽、袁复礼、陈福田、李继侗、伍启元、阎振兴、马大猷、宁榥等，由郑华炽任总干事。[65]
但是担心这支部队为国民政府所控制，在西南联大影响很大的中共地下党掌握的民主青年同盟，不赞成学生加入青年远征军，甚至不惜与他们尊敬的师长展开激烈辩论。西南联大为发动这次从军运动，接连组织过四次演讲，即10月20日请原西南联大外文系主任，时任国民党中央宣传部国际宣传处驻伦敦办事处处长叶公超讲“战时之英国”；22日请驻缅远征军新一军高级参谋蒋镇澜演讲，28日请指挥收复腾冲的第二十集团军总司令霍揆彰讲“腾冲之役”，11月17日由出生在夏威夷的陈福田教授讲“美国之战时青年”。[66]其间，11月13日西南联大举行建校纪念周活动期间，亦请三青团中央干事刘健群做了题为“太平洋战局”的演讲。[67]经过上述准备，1944年11月29日西南联大罕见地停课两小时，进行全校从军动员。
这次动员的第一个程序是全校大会。会上，梅贻琦首先致辞，劝勉同学多加思忖。钱端升教授继之向同学说：“现代战争是为现代化武器与现代化生产的战争，凡此均需现代化头脑现代化技术，此则非知识青年不为功也，故必须知识青年参加。现今最简要者，即期望知识青年直接参加战争，从军是也。”冯友兰也在会上讲了话，大意同样是从现代的武器，必须由掌握现代知识的青年，才能发挥作用。他还说：“过去以血肉之躯与敌人对拼的时期、艰苦的时期，已经由我们老百姓去担当了，际今最后关头而又有新式武器、新式装备可供应之时，知识青年应避免其应尽责任么？”
周炳琳教授则从青年对国家的责任讲起，说同学们在壁报上经常发表意见，发表呼吁，现在到你们行动的时候了。闻一多也阐发了青年从军的意义，说：“现在抗战已至最艰苦的阶段，知识青年此时实深应自动放弃不当兵的‘特权’，而在抗战最后阶段更应负起责任。许多人谈民主，若自己本身去焉责任，尽义务，那才真正有资格谈民主，而知识青年军也就是真民主的队伍。”[68]同时，他还从另一个角度动员青年从军，说“现在我们在政治上受压众说话也没有人听，这是因为我们手里没有枪。现在有人给我们送枪，这是一个最好的机会。不管怎么样，我们要先把枪接过来，拿在手里，谁要反对我们，我们就先向他下手”。[69]
会后，紧接着进入第二个程序，由各系组织同学谈话会，进行个别动员。为了谈话会有序进行，避免同学找不到地点，学校还印发了各系召集地点的通知。为了配合从军动员，冯友兰、潘光旦、陈友松相继发表《从知识青年从军说起》、《论知识青年从军》、《从军去！》等文，从古今对比、中外对比、形势需要、青年责任等不同角度，强调这次从军运动的意义和青年人应有的态度。11月20日，蒋梦麟还在昆明广播中央台做了面向全省的《知识青年从军意义》播讲。[70]
可贵的是，学校能够理解同学们的心情，因而接受了他们的一些要求。尚在10月下旬，训导长查良钊教授便向记者透露，学校校务委员会常委会议已对这次从军运动加以商讨，并召开教授会议交换意见，均认为“兹事体大，不在表面渲染，重在实际推动”，故“教授会议已推定教授数人从事起草发动知识青年从军意见书，一俟脱稿再经教授会议及学校常委会议通过后，即行建议中央，以供政府之参考”。[71]其后，学校在12月1日校务会议上做出两周内进行全校学生体格检查的决定[72]，在使用这种半强制性手段的同时，12月5日又召开教授会议讨论学生们的要求。
会上做出的四项决议中，前两项一为“此次知识青年军纯粹为国防军，不参加党派活动”，一为“请由美国军事技术人员训练，至训练地点，最好靠近盟军所在地”。[73]可见，教授会也主张联大从军青年能够摆脱党派之争，成为只是对日作战的部队。教授会这一建议的提出以及后来被政府当局接受后，人心才开始安定，从而出现了积极报名从军的热潮。不过，国民政府显然对这些青年保护，所以只让他们当了运输物资的汽车兵，而没有把枪杆子交给他们。这，倒也成全了西南联大参加青年军的同学，他们开着汽车回到昆明后，许多人脱离部队，回校复学。
