立法会政府账目委员会(帐委会)调查发现，政府主办09年东亚运时，若把部门承担额计算在内，实际开支比预算超支76.6%，总开支达4.239亿港元；又指当局调拨款项不符合程序，批评当局难辞其咎，更罕有地点名批评民政事务局局长曾德成和康乐文化事务署署长冯程淑仪没有就东亚运作全面检讨，认为不可接受。
立法会议员期望当局日后申办同类活动前，应列明各种预算开支。现有消息指，港府有意申办世界游泳锦标赛。议员不评论是否支持申办拨款，指申办须先获得市民支持。港府早前亦有意申请60亿元举办2023年亚运会，但未获市民支持而被立法会否决拨款，计划胎死腹中。
帐委会报告指出，审计报告指民政事务局在06年向财委会提交的文件预计，筹办及举行东亚运的总开支为2.4亿元，但最终实际开支为2.911亿元，而且没有计算各政策局及部门所承担的1.328亿元额外“直接开支”，帐委会对当局没有将全部直接成本告知财委会，表示极度遗憾。
做成严重超支的原因之一，是东亚运部分开支项目的实际金额与预算差距甚大，例如比赛场地进行临时工程的实际开支高达4800余万元，是预算的六倍；另外，开幕及闭幕礼的6340万，亦比预算增加了81%。帐委会对此感到震惊，认为准确度没有达到可接受水平，有关当局难辞其咎。
帐委会又批评，经民政事务局同意下，东亚运公司在去年挪用运作盈余的1000万元推行传承项目的做法有问题，认为不是当时财委会批准的范围，而根据港府、港协暨奥委会、东亚运公司的三边协议，东亚运公司的运作盈余应交还政府。民政事务局不应未经申请便私下决定拨给东亚运公司作另外的用途。
帐委会更罕有地点名批评民政事务局局长曾德成和康乐文化事务署署长冯程淑仪，指他们没有就东亚运作全面检讨，感到惊讶，认为不可接受。帐委会成员何秀兰指出，指当局难辞其咎是强烈的措辞，因为他们认为当局根本不知道自己犯错，并试图呈交各样文件辩解，故须严正指出。
民政事务局局长曾德成坚称，东亚运的举办受到各方赞扬，亦为局方留下宝贵的经验，但补充，局方会仔细研究帐委会提出的建议，作出适当响应。民政事务局发言人则强调，超出预算的项目全由东亚运公司透过赞助、门票收入及发售纪念品等筹集所需款项，不存在超支的情况，而不把一亿多元的部门支出列入预算，是因为有关开支属部门日常工作一部分。
