查尔斯·达尔文（Charles Darwin）对观察自然充满了热情，对万物的起源也研究很深，他在生物学中掀起了一场革命。卡尔？马克思（Karl Marx）则是一个敏锐的社会观察者，他同样对物种起源有过认真思考，这位伟人革新了经济学和政治学。这两人同为19世纪的巨人，对后世影响深远。同时他们又都对辩证唯物主义深表赞同。唯物论认为物质是唯一的变化主体，所有的变化都是事物固有的内部矛盾作用的结果。在某些特定年代，唯物辩证主义对知识分子和工人阶级有着很大的吸引力，但最近一个世纪末以来，它开始受到质疑。
达尔文主义也开始处于类似的窘境。并不仅仅是因为创造论者为它敲响了丧钟，达尔文自己也很清楚地意识到进化论的缺陷。他曾把开花植物的起源称作“讨厌的谜题”，并且这个谜题至今仍未得到解决。
为了解决这个“讨厌的谜题”，科学家们花费了上百年时间，不辞辛劳地寻找化石遗迹，试图发现从不开花植物到开花植物之间那缺失的一环。不幸的是，在这个过程中大量的疑点如雨后春笋层出不穷。达尔文曾预计到过渡时期化石的空缺造成的问题。他在那时写道：“这是一个最严重的、足以推翻整个理论的问题。”
尽管如此，他还是没有预见到将真正威胁进化论基础的东西。为什么呢？因为生物化学在达尔文所处的时代还处于胚芽状态，所以他不可能想象到，在《物种起源》（Origin of Species）出版后仅仅不到一百年，DNA的结构就被发现了。
随着科学技术的进步，一位生物化学家成为颠覆进化论的先锋之一。他的名字叫迈克尔.巴赫（Michael Bahe），一位生物学教授，写作了《达尔文的黑匣子》（Darwin s Black Box）一书。在书中，巴赫指出试管中出现了一种奇怪的酿造气泡现象。他集中分析了以下五种现象：血液印迹，眼睫毛，人类免疫系统，物质在细胞中的传输，以及合成的核苷酸。他系统地分析了每一种现象，并得到了一个令人震惊的结论：这些系统是如此复杂，进化论声称的那种逐渐的、一步一步来的进化之路根本就不能达到这种程度。
进化论的基础很简单，也许太简单了。它的理论基础就是：地球上的生命进化是通过一系列的生物变化达成的，这些生物变化则是自然选择和随机的基因突变共同起作用的结果。随着时间的过去，一种生物逐渐变成了另一种生物。在适应环境变化的过程中，最适合的种群生存繁衍，而不能适应的种群逐渐消亡。这就形成了进化论最有名的原理：适者生存。
一代又一代，我们都被这样的理论教育着。我们都曾学到，鱼变成了两栖类，两栖类变成了爬行动物，爬行动物进化成鸟类，鸟类变成了哺乳动物。显然，向学龄儿童解释这些过程可比证明这些过程要容易多了。
可以这么说，进化论是唯一一种在还没有被科学严密论证的情况下，就在世界范围内广泛传播教育的理论。尽管如此，进化论学家仍然声称进化论不仅仅是一种理论，更是一种科学事实。问题在于神造万物与进化得万物之间根本没有选择。解决这个问题的关键在于：进化论曾经被科学证据证明过吗？
达尔文知道证明进化论的唯一途径就是努力寻找化石证据。这种努力从他那个时代开始一直延续到今天。有多少古生物学者、地质学家、古迹发掘者、建筑工人、钻井机、钻油机、考古学家、人类学家、学生以及业余化石爱好者在地上锲而不舍地打洞找寻啊。我猜肯定有数百万之众了。
到底有什么化石能够证明过渡种群的存在呢？哈佛大学的生物学家斯蒂芬.杰伊.古尔德（Stephen Jay Gould）是一位进化论的坚决拥护者，但他最近也指出，所有的古生物学家都知道，过渡形态的化石证据微乎其微，主要族类之间的过渡形态更是极其缺乏。
古尔德并没有说化石很少，他只说能用来证明达尔文学说的化石很少。我们得解释一下，古代以及近代族群的化石很多。举个例子，我们发现了早期已经灭绝的灵长类化石，原人化石，穴居人化石，智人化石，但是没有发现任何能把猿和人类联系起来的化石。我们发现了和达尔文开花植物现象类似的尴尬处境，进化论的阿喀琉斯之踵。
在很多地质图书馆存放了数以百万计的化石。为什么我们找到了3亿年前不开花植物的代表，找到了1亿年前至今仍生存的开花植物的代表，但我们找不到能够处于两个物种之间的中间物种的代表？而这些中间物种正是能够支持进化论的铁证。
要知道，今天世界上没有这样的中间植物，化石上也找不到它们的踪迹。这可真是达尔文的灾难。
这是一个严肃的、关键的问题，它需要被深层次地彻底分析。理查德.米尔顿（Richard Milton）是一个科学记者，他写了篇很敏锐的评论；《生命事实：进化论神性祛魅》（Facts of Life： Shattering the Myth of Darwinism）。在这篇文章中，米尔顿说明了他为什么要写这本书：“中间物种化石的缺席促使我第一次怀疑达尔文进化论。我还意识到，鉴定石头年代的程序是个无效循环。石头通常被用来鉴定化石的年代，化石也通常被用来鉴定石头的年代。从这儿我开始考虑以前从未想过的一些东西：达尔文进化论是否有科学上的缺陷？”
米尔顿明白地表示，他并不支持那些攻击达尔文进化论的宗教狂热者。“作为一名一生热爱地质学和古生物学的科学记者和作家，我在观察和报道90年代达尔文进化论的处境时，处于一种很特殊的位置。”他说，“结果是确凿无疑的。进化论已经不起作用了。”
据米尔顿自己说，他曾是一位坚定的进化论者。当他开始审视这个理论时，他定期造访大不列颠享有盛名的博物馆。他收集了最能说明达尔文进化论的例子，满怀热情地仔细查看。但它们一个接一个地打破了他的幻想。他意识到世界上很多科学家已经得到了相同的结论。穿着新装的皇帝显然和猩猩一样是光溜溜的。为什么没有一个专家在公开的出版物中指责这个理论呢？
原因很简单。这些科学家通常在大学或者政府公务员位置上讨生活，他们训练有素、颇有资格。如果他们这么做了，那就是在打破自己的饭碗，而且还将受到众人鄙夷。捣乱可从来不是流行的做法。政府的猎犬们还健在，并且由于达尔文主义者的加入，他们对学术圈的控制更加牢不可破。这些达尔文主义者正在一点点将他们的信仰教条化，就像他们的对头创造论者们所做的那样。
尽管如此，科学家们仍然试图悄悄地暗示进化论的问题。1967年一次大学演讲上，世界知名的人类学家路易斯.李基（Louis B. Leakey）提到了“缺失的一环”，他简洁地表示：“这儿根本没有什么缺失的一环，而是缺失的无数环。”
古尔德最终写了篇论文，建议应该建立一个理论，专门用来解释中间物种的缺席和新物种的突兀出现。他称这种理论为“间断平衡”。
民众通常不会被告知达尔文进化论存在着科学问题。并且当普通人意识到创造论和进化论之间有着一场战争时，那么他们显然会把这当做是一种保卫行为，一种科学与信仰问题之间的古老战争，这场战争早在一代人之前，就在斯科普斯审判1上取得了和解。当然，与此同时，从猴子到人之间“缺失的一环”也确实让人有所不安。
进化论的坚定信徒们对于中间物种化石的缺失有过长时间的困惑。他们相信，之所以会有这种缺失，是因为他们还没找到着中间物种化石的地方。我们怎么知道事实就是这样呢？只不过是因为达尔文进化论需要这种说法罢了。所以寻找仍在继续。但是，在最终承认根本没有什么过渡物种化石之前，我们还得花多少时间，进行多少次远征，需要多久的探索呢？
达尔文知道，如果没有过渡物种化石的话，他的理论将会成为众矢之的。
遗传学家很久之前就了解，大量的基因突变是无益甚至有害的。换句话来说，基因突变通常是一种错误，是DNA在精确地复制信息过程中的失误。这显然说明了突变不是一种进化必需的可靠手段，因为自然选择显然并没有提供这么一种动力，能够导致进化论者所谓的进化。应该这么说，自然选择的运作更像是一种控制机制，一种反馈系统，它清除掉那些不适应的，选择那些成功适应的。
而且，如果把基因突变作为进化的根源，那么问题就更多了。正如巴赫在著作中指出的，细胞的生命太复杂了，以至于根本就不可能是随机性基因突变的产物。达尔文并没有今天生物学家们拥有的实验室技术。他研究的是物种，不是细胞结构、线粒体和DNA。但是突变理论在物种这个领域同样不起作用。
现在我们再回到开花植物这个问题。花儿有着很高的系统性。大多数花朵是特地为蜜蜂和其他授粉昆虫设计的。那么，先有蜜蜂还是先有花朵呢？我们立刻就能发现，首要问题是：世世代代依靠无性繁殖的原始不开花植物，是怎么突然就长出了有性繁殖需要的组织呢？
根据进化论，这一切发生在裸子植物变异时，随着时间的推移，裸子植物变成开花植物。这一切可能吗？让我们来思考以下几个事实：在开花植物中，在种子植物能够有性繁殖之前，花粉必须能够从雄性花药传播到雌性柱头。这种变异得从某时某地的一株植物开始。而这时没有昆虫或者动物适合传播花粉，因为在这之前根本没有花朵。也就是说，一旦花粉无法传播，有性繁殖只是一句空谈。
正是在这里，变异、自然选择和渐进主义之间的联合被打破了。无性繁殖是怎么变成有性繁殖的呢？在解释这个问题时，进化论者说，这是因为进化进行得太慢，所以进化之间的关联非常微小，很难被观察到。但这显然是不合逻辑的推论。如果进化真的很缓慢，那么我们应该会找到非常多的化石，它们能够证明“缺失的一环”确实存在。
自然选择不会选择让一种裸子植物或者羊齿植物突然变异出一种新组织，因为这需要毫无意义地消耗植物很多能量。换句话说，无花植物不会慢慢地一部分一部分地长出花朵组织，这样得花上几千万年才能长成具备完整功能的花朵。这显然和达尔文物竞天择和适者生存的理论相悖。
你越是审视进化论的逻辑推理，你越迷惑。既然旁边都没有同种花，那么一种新进化的花要如何繁衍？为什么我们在化石中找到了大量裸子植物和被子植物的证据，却找不到任何中间物种，用来解释植物是如何变异出花朵的？
如果进化论不能解释物种形成的原因，不能解释地球生命如何进化，那么谁能.弗朗西斯.克里克（Sir Francis Crick），DNA双螺旋结构的发现者之一，提出了“胚种论”的概念。这种理论认为生命是由外星球高等文明带到地球上来的。显然克里克不买达尔文的账。另外，巴赫在《达尔文的黑匣子》里还提出了“智能设计论”。
其他的生物学家门，如林恩？马古利斯（Lynn margulis），则觉得进化论太强调这样一个观点：生存背后主要的动力是竞争。她指出，合作同样易于被观察到，也同样重要也许更重要。自然界就有很多共生的例子：花朵需要蜜蜂，反过来，蜜蜂也需要花朵。另外一个例子是菌根真菌和森林。菌根真菌上的细菌能够为植物产生氮。这样的例子很多。人类的身体不也是不同的细胞组成的吗？病毒也一起合作创造了复杂的组织。
老模式已经开始让路给新的思想和新的模式，如智能设计论和外星介入论。牛顿和弗洛伊德都是19世纪的先行者，他们照亮了知识的小径。他们的新模式创造了新的前景，解决了旧问题。尽管如此，他们仍有局限。他们的理论是以机械论和唯物主义为基础的。随着爱因斯坦相对论的出现，牛顿理论黯然失色。物理学规律的新模式符合现实，回答了更多的问题，发挥了更大的功用。
