根据考古发现和史书上的记载，我国早在距今2500年前的战国后期就开始利用犯罪现场遗留下来的罪犯指纹进行破案。
1975年，湖北省云梦睡虎地出土了一批战国时秦国的竹简，这就是著名的“云梦竹简”。“云梦竹简”的著作年代大约在公元前251年至公元前221年之间，也就是在秦始皇灭六国、统一中国前的战国后期。“云梦竹简”中的《封诊式·穴盗》简，详细而生动地记录了一起罪犯挖洞进入一户人家里进行盗窃的犯罪案件。竹简不仅详细地记载了罪犯所挖地洞的位置、形状、大小以及罪犯挖洞所用的工具，而且特别强调了犯罪现场和地洞的洞壁上留下了罪犯的“膝、手迹，膝、手各六处”。这一历史记录表明，至迟在战国晚期，我们的祖先在侦破案件时已经将“手迹”，也就是我们今天所说的指纹作为犯罪现场勘察的重要内容之一，把指纹作为侦破案件、确定罪犯的重要证据之一
秦朝以后，利用指纹破案的案例在我国史书上屡见不鲜。
《宋史·元绛传》里就记载了一起利用指纹破案的典型案例。北宋仁宗天圣年间，江西永新县有个年轻人名叫周整，是个嗜赌如命的赌徒。有一次，周整和豪强子弟龙聿在一起赌博，将身上的银子输光后，输红了眼的周整竟然将属于母亲的15亩肥沃土地作为赌注压了上去，结果又输了。无奈，他只好答应当面向龙聿立下字据。但是，这15亩地的所有权是周整母亲的，所以龙聿要求字据上必须有周整母亲按下的手印才能算数。周整知道这15亩地是母亲的命根子，打死她也不会在上面按手印的。于是，他背着母亲在家里找来了一份按有母亲手印的文书，然后涂掉文书上的字，和龙聿一起伪造了一份卖地的契约。
当龙聿拿着契约向周整的母亲要地时，周整的母亲不同意，并将龙聿告到了永新县衙。县衙在审理这起案件时，根据契约上周整母亲的手印，判15亩田产归龙聿所有。周整的母亲不服判决，又将龙聿告到了州衙门，结果因同样理由而输了官司。时隔不久，元绛被任命为永新县令，周整的母亲再次将龙聿告到县衙。元绛通过了解周整、龙聿的为人后，初步认为周整的母亲很可能是冤枉的。于是，他反复、仔细地察看了龙聿所持有的契约，终于发现了破绽。他告诉龙聿说：“你这份卖地的契约是伪造的。”龙聿不服，反问道：“何以见得?”元绛指着契约上的手印说：“这份契约上书写的年月字迹在手印的上边，说明你必定是先得到了周整母亲文书上的手印而后撰写的契约。”龙聿见阴谋败露，只好承认契约上的手印是假的。元绛以假手印为突破口，终将属于周整母亲的15亩田产物归原主。这个案例非常清楚的表明北宋时期人们已经能够准确地鉴别出指印是谁按的，是怎么按的，所以手印已经成为我国民间民事纠纷的主要证据之一。
元朝人姚燧在其所著的《牧庵集》卷22中记载说，有个名叫潘泽的人在金山北的辽东道任提刑按察使司时，根据“指理”，也就是指纹的疏密程度，详加验证，判断出人的体态和年龄，揭穿了一起长期积压的富豪伪造卖身契的案件，终使蒙冤的穷人得以昭雪。原来，潘泽走马上任清理积案时，发现了一件积压了许久的案件：辖境内有一富豪以一卖身契为证，说有一户贫苦人家，全家大小17口人全都卖给他家为奴，卖身契上的手印个个齐全，但贫苦人家却一直不承认有这件事。以前的几任提刑按察使司都未能断清这个案子。潘泽认为，当时的卖身契上“皆画男女食指横理于券为信，以其疏密判人短长状少”，也就是说当时人们已经可以根据食指上指纹的疏密程度来判断人的个头高低和年龄大小等。于是，他首先认真阅读了案卷中当事人的供词，然后仔细察看了卖身契上的指纹，结果发现穷人家17 口人中有一人的年龄只有13岁，但卖身契上“指理”却是成人的。据此他认为这份卖身契是伪造的。为了让这位富豪输得心服口服，潘泽在重新审理案件时，下令召来郡里5名年龄为13岁的少年，然后让这5位少年当堂按上自己的食指指纹，再与卖身契上的指纹相对照，结果“皆密不合”。在铁的事实面前，富豪理屈词穷，只好承认这份卖身契是伪造的，并当堂毁了假卖身契。这个案件告诉我们，元代以后，指纹破案的水平在我国已经日臻完善，且在民事和刑事诉讼中得到了较为广泛的应用。
欧洲人首次利用指纹破案发生在1892年的阿根廷，比中国人晚了近2000年。
