曾国藩留下的部分文字，似乎可以证明他是一个无神论者。他说：“余生平不信鬼神怪异之说。”
在家书中谈及风水时，也说“我平日最不信风水。”但与此同时，却有大量的文字记载，证明曾国藩是一个相当“迷信”的人。
很多时候他相信鬼神的存在，一生进行过大量“迷信活动”，几乎实践过所有迷信种类。之所以如此，与他一生中几次“神秘体验”有关。
最有名的一次发生在咸丰八年初。那一年曾国藩因父丧还居家中，终日无事，听说曾国荃家人请人来扶乩，也步行赶去凑热闹：“闻老九宅中有乩仙降，步往视之。”
扶乩和算卦一样，是旧时人们卜问吉凶的常用方式。其法是扶乩之人自称神灵附体，拿着一支笔，根据人们的提问，在沙盘上画字，据说画出的字句就是神灵的指示。
当时湘军刚刚攻下九江，军机颇顺，曾国藩原以为可以顺流东下，迅速消灭太平天国。不料扶乩的结果却十分不吉利。扶乩得到了一个非常不吉利的“败”字。曾国藩大惊，刚刚取得九江大胜，怎么会出来一个败字？乩又判说，这个败字与九江之胜有关。曾国藩问，九江初克，运气正好，败字何指？乩又判道，这个败字不但关系到天下大局，也关系到曾家自己的家运。
曾家人“又问仙何人何职位今欲何往？”也就是问降下这一预言的是哪路神仙？“仙自称名为彭某人，河南固始人，生时官都司，死于咸丰年固始之难。现为云南大理府城隍神。赴任路过云云。”
当时曾国藩听了之后，虽然“凛然神悚”，然终不解其故。也就只好将神仙的预言置于半信半疑之间。
结果不久曾国藩再度出山，湘军在三河战役中遭遇惨败。悍将李续宾部被全歼，曾国藩的弟弟曾国华也失踪于乱军之中。事后曾国藩极力搜寻，只找回一具无头之尸。
曾国藩认为，这败字指的就是三河之败：“由今观之，三河之挫，六弟之变，正与‘不可喜也’四字相符，岂非数皆前定耶？”
多年之后，和赵烈文谈起此事，曾国藩还认为此事足以证明鬼神确实存在。
类似的神秘体验，曾国藩一生中还发生过几次。
安徽祁门清初中过举人，后来一位江西籍的县令将县城改建在山脚下，从此一百多年没有人中过举。曾国藩驻军祁门时，以县城局促，并无“形胜”，因拆毁城墙。竣工后曾国藩写了四句话：“拆去西北城，岁岁出科名。东南留一节，富贵永不歇。”说来奇怪，此后仅甲子科乡试，祁门县就考中了三个举人，丁卯科又考中了二人。曾国藩由此更加认为，风水之说绝非无稽之谈。
同治元年的一次“神秘体验”，更让他相信某种程度上的天人感应的存在。那是同治元年十一月三十日晚上，他为阵亡的曾国华写铭旌，忽然闻到一股强烈的檀香味，而询问身边人，并无人焚香。过了半个月，他在家书中又一次谈起此事，认为这证明“神异之不虚”。
因此曾国藩晚年经常用鬼神说来解释一些生活现象。他与曾国潢都死了孙子，他认为这是有损阴德的结果：“闻弟近年好帮官司，好罚人出钱，好送人关班房，岂有损于阴德耶？抑闻侄妇有不敬其姑之处，神示之儆耶？”
他仍然参与一些“迷信”活动。同治六年江苏大旱，曾国藩迎神于密室，焚香祈祷，下雨之后复出重金还愿。平日在督署，他晚上经常登上内宅的上房，向天拜祷。
