其实，文革中无论哪一派，包括红卫兵、造反派、保守派，都没有造共产党反的企图。他们对专政构不成威胁。即便怕造反派尾大不掉，也只需缴他们的械，不必置他们于死地。可是执掌大权的各省、市“革命委员会”的首脑们对参加了失败了的那一派的人，以及运动初期斗争过党的干部的人，无例外地利用“清理阶级队伍”（简称“清阶”）予以清算、镇压。
1967年2月，中央军委《八条命令》下达后被捕、《十条命令》下达后获释的人，这时大多又成了“清阶”的对象。这一来，再也没有中央军委《十条命令》来搭救他们了。
比如湖南宁乡县，一千多人被扣以“打砸抢抄抓分子”、“造反派坏头头”罪名关押，“自此造反派组织解体。”云南省“清阶”的主要内容是“划线”。在两派斗争时“站队”站错了线的都是审查对象。“一时间，昆明街头上贴满了‘枪毙’的布告。有的人被活活打死，补上告示了事。”“据1975年的统计数字，受到各种刑讯逼供、审查监禁的达30万人，其中3万7千人死于非命。”
知识份子集中的地方是当然的“清阶”重点。湖南大学自“学校革委会成立后，被乱捕乱关和游斗的就有3百多人，其中，被迫害自杀死亡的18人，长期挨斗折磨致死的6人，被错判刑的16人。”“据兰州大学统计，在清理阶级队伍中被立案审查的达450人，迫害致死的就有23人。”在安徽大学“支左”的军代表在该校“搞法西斯专政，制造了大批冤、假、错案。安大原有教职工809人，受审查的有262人，其中被非法专政的有120人……并有5人被迫自杀。”清华大学六千名教职员工，五分之一被“审查”，178人被定为“敌我矛盾”。12自杀，包括两位一级教授。北京大学在文革初和“清阶”期间，共有24位教授自杀。苏州大学有十几人自杀，基本上是所谓“有历史问题”的老教师。有跳楼的，有跳河的，有跳井的。还有喝农药的，自己用斧子朝脑门上砍死的。华东师范大学的“清队”运动为时半年，“8百多学生定为敌我矛盾”，“60多人自杀”。“自杀犹如一场死亡比赛，有卧轨、跳楼、割脉、服毒各种方式，是全上海最悲惨的单位。”……
一个大学批斗牛鬼蛇神时，一个老教师的脖子上挂着个黑牌，上写“历史反革命”，因为国民党时代他曾参加过“三民主义青年团”。斗争会上，一^15岁的少年跳上台去，对他大喝一声“跪下”，接着对长者左右开弓一顿耳光。台下的群众则报以热烈的掌声，因为这少年就是那老教师的儿子。少年还在台上“向毛主席保证”，回到家里，也还要对其父实行无产阶级专政。
北京农业大学学生郭世英本是北京大学哲学系的学生，1963年因“反革命”案，在周恩来的保护下去农场劳动锻练两年后，他的父亲、中国科学院院长郭沫若安排他进了北农大。1968年春，他的旧案被重新提起，又成了“反革命分子”。4月21日夜里被打死后，又从三楼窗口扔下，年仅26岁。周恩来闻知此事，欲安慰郭老夫妇，却急不择言，说“‘为有牺牲多壮志’，干革命怎么会不死人呢!”
中央戏剧学院图书管理员符冰是女作家谢冰莹的女儿。谢冰莹抗战胜利后应台湾师范大学之聘渡海而去，再也没有回来；生父符号1950年应章伯均之邀到北京交通部任职，1957年反右时与部长章伯钧一道成为右派份子，清理阶级队伍中被遣送回湖北老家仙桃。所以，符冰是戏剧学院当然的“清阶”对象。在一次围斗后，她爬上学院建筑的最高层，纵身而下。于是学校给符号发了一则电报，电文仅一句话：“反革命、右派符号的女儿符冰反对革命群众的斗争，自绝于人民，跳楼自杀。”
在没有大学的县城，“清阶”重点就是中、小学教师。江西崇义县将全县教师集中起来审查，清除了三分之二。河北邢台县，4百多名教师在“清阶”中被“审查”，8人被逼自杀身亡。山西省山阴县，6百多名教师集中到县里“清阶”，一位刚从北京分配去的大学生记述道：“这种穷乡僻壤斗起人来比大城市野蛮得多。有时把县长、县委书记们弄来批斗，用铁丝栓上几十斤的大粪桶挂在脖子上，一边斗还一边往桶里扔石头，粪汁溅得满身满脸。有的人熬不住就自杀，找不到自杀的家伙，便在吃饭时把筷子插进鼻孔，把头用力往桌上一磕，筷子穿进脑子；还有的跳粪坑活活憋死……”
广东和平县，1100百余名中、小学教师，424名被抓起来“审查”。“全县被揪斗12000余人……非正常死亡243人，被迫害致伤致残者750余人。”
国防科委第九研究院所属二二一厂及开采铀燃料的矿区，是重要的核武器研究和生产基地，由科委派出的工作组负责人赵登程与科委副主任赵启明（原海军副司令）指挥“清阶”。他们下达指示：“不杀人打不开局面。”赵登程在该厂宣布：“二二一厂的反革命特务一伙一伙的，像花生一样一串一串的，像白薯一样一窝一窝的。”在他们指挥下，该厂设了40余处监狱，先后关押4千余人，从全国各地经过严格的政治审查调去的一百多名专家、教授、工程师，90%成了“特务”、“反革命”，其中一名爆破专家和一名工程师在逼供时被活活打死。他们声称“九院要杀人，要开杀戒”，先后枪毙了5人，并指使警卫团挖了16个待日后枪毙人时用以埋尸体的坑。全厂被打死、被逼自杀的达59人，打伤、打残的则有3百多，被逼疯的职工和因双亲被抓而吓疯的小孩近百名。
英文里，中国意即“瓷器”。有“磁都”之称的江西景德镇陶瓷研究所集中了中国最优秀的陶瓷研究人员。五月下旬，“清查”的台风刮到该所，157名研究人员被打成“现行反革命”、“中国青年反共救国军”。拷打是题内之事，“所长傅德鑫和一位女翻译含冤致死，不少人受伤致残。”1968年12月，省革委会指示撤销景德镇陶瓷学院和陶瓷研究所。教员、研究人员们或送农村，或去工厂，毛泽东所说的“知识份子成堆的地方”又消灭了两处。
中国科学院上海分院各研究所有六百多人被诬为特务，其中2百多人被“隔离审查”，2人被活活打死，10人打成残废，4人自杀，包括1949年从美国归来的女科学家雷宏淑；另有9人自杀获救。
中国科学院大连化学物理研究所研究员萧光琰1950年自美国归来，1957年成为“内控右派”；如今则加了个“反革命特务”的头衔。1968年10月，该所“工宣队”派出“专政队”，将他家的财物抄没一空后，把他关进了“牛棚”。在挨了数不清的斥骂和鞭打后，他服安眠药结束了痛苦。于是“工宣队”张贴“特大喜讯”，欢呼“无产阶级专政的伟大胜利”，又把正在农场劳动改造的萧的妻子、原美籍华人甄素辉（大连海运学院教师）拉去，要她“继续交待”。甄见到丈夫的遗体后，决心赴黄泉与丈夫同在，便以看望多日不见的女儿为由请假回家，与年仅15岁的女儿一并服药而死。大连化学物理研究所和大连海运学院的“工宣队”联合成立“专案组”，大肆追查“以萧光琰为中心的特务集团”，一下株连了几十个人。毛泽东的侄子毛远新发现这是个“工人阶级占领科研部门”的好样板，将其“经验”登上了《人民日报》。
1968年3月，上海当局宣布拘留名京剧演员周信芳，其子周少麟也被拘捕。其妻对儿媳说：“别哭了，一切都结束了。”遂绝食，3天后死去。4月，一代名优黄梅戏名角严凤英不堪凌辱，自杀身亡，年仅37岁。张海默，北京电影制片厂的剧作家，1968年5月16日被装入麻袋，封住口，乱棍打死在摄影棚内，年45岁。在江青说“上海人艺还是老家伙霸占舞台，最坏了”后，上海人艺一团团长高重实被连续3天拷打逼供，自杀身亡。
四川省级文艺机关团体被集中起来办的学习班里有“专政大军”，几个月间打死逼死4人，包括著名的电影演员冯哲。被打伤的达40余人。“在专县，打死迫死，打残打伤的不胜枚举。川剧名演员张德成、琼莲芳都是这样悲惨死去。”
11月，上海电影制片厂来了两位“外调人员”，指明要提审押在“牛棚”里的女演员上官云珠。来人说上官云珠是国民党潜伏下来的战略特务，毛接见过她7次，她在搞毛主席的情报。他们勒令她逐日“写清楚那段历史”，第二天上午交出。上官云珠回到“牛棚”，女演员王丹凤、黄宗英均发现她表现异常，但没能探问出缘由。当晚，她从家中的窗口跳下，自杀身亡。
革命样板戏之一的京剧《沙家滨》是根据沪剧《芦荡火种》改编而来的。上海钢管厂的青年工人谈元泉不明白《沙家滨》已成江青的专利样板，原来的沪剧不得再登台。他与几位沪剧爱好者组织起来，在里弄里演出了《芦荡火种》。1969年9月，有人将此事报告给徐景贤，徐在市革委会的会议上说“这不是一般的演戏，这是破坏样板戏的现行反革命行为”，4位沪剧爱好者都被逮捕。徐景贤说，应该判处谈死刑，谈元泉就死在了“无产阶级专政”的枪口下。
工人本不是文革的目标，但毛泽东有“文革是国共两党斗争的继续”的指示，国民党时期的老工人变也成了斗争对象。
北京二•七机车车辆厂是毛泽东亲自抓的所谓“六厂二校”之一。毛派出北京卫戍区8341部队于1968年9月进驻该厂实行军管。由军宣队主事，新华社派员帮助总结经验，弄出一份《认真落实毛主席的对敌斗争政策，清理和改造阶级敌人》的报告，印发全国、作为“清阶”运动的学习文件，让全国照此办理。军宣队宣称该厂“反动势力相当庞杂，线多、面广、根子深”，大搞毛泽东的“群众办案”，将1400多名1949年前进厂的老工人“审查”了9百多，2百多定案处理的工人、干部中有32人戴上各类帽子在厂内“群众专政”，4个“反革命分子”逮捕入狱，逼得14名老工人自杀身亡。说了一句“江青也不见得一贯正确”的、无意将谜底为“烂肉好酒”谜语写在周恩来、江青讲话小册子上的，或生产中出了事故的，都被戴上了“现行反革命”帽子。有一个老工人因无端被冤，与军代表吵骂时动了手，被以“行凶闹事，进行阶级报复”的罪名判处15年徒刑。由于该厂是毛泽东亲自搞的“样板”，全国各工厂都将国民党时期的老工人当作主要清理对象。
甘肃玉门油矿曾是国民党执政时期中国主要的石油企业，凡1949年共产党接管油矿时年满18岁的都要“过筛子”。油矿革委会大刮“十二级台风”，揪出了两千多人后还说：“玉门3万多人，现在才刮出两千多，不算多。”革委会大肆追查“玉门油矿潜伏特务组织”，整死了9名干部和八名工人，数百人被毒打致残、精神失常。由于以前国民党执政时期，甘肃玉门油矿曾是全国主要的石油企业，全国各地石油部门都有曾在玉门工作过的职工。“玉门潜伏特务”案还便波及到了全国石油部门，“凡有石油处，就有玉门派出去的特务。”不知制造了多少冤案。柴达木盆地，戈壁滩深处的32109石油钻井队，不足百人，揪出了十几个“反革命分子”，包括当年与王连喜一起打出第一口油井的于连杰。
陕西汉中的飞机制造厂自11月开始大揪“国民党特务”，从在国民党时期就在工厂做过工的老工人入手。先将60多人抓进“学习班”，用刑讯逼供，然后扩大“特务集团”的范围，有5百多人为定为“特务分子”，株连1000多人。在审讯中，捆绑抽打、铁丝勒嘴、假枪毙是土方，烤大灯泡、关干燥箱、全身通电用的则是现代化设备。1969年3月的万人批斗大会还请了中央及外省包括北京、天津等地的2百多名代表到场“观摩学习”。运动中逼死了21人，包括一个听说丈夫被定为“特务”、用煤油浇身自焚的家属。全厂另有15人自杀未亡，74人被打伤打残。
在“大清查”运动中，陕西铜川市焦坪煤矿将一名曾在国民党军队当过兵的老工人熊坤抓起来，要他交待“罪行”。在三天三夜没喝到一口水、还在炉边干烤的情况下，他被迫乱说一通，说在1962年参加过“反共救国军”，还是个“副司令”。矿革委会一见抓出个大鲨鱼，马上往上报告邀功。上级也正需要出战果，于是层层上报，一直报到了省里。省革委会副主任胡炜(二十一军军长)亲自驱车到焦坪煤矿督阵，“进一步掀起对敌斗争新高潮”。严刑逼供成绩巨大，连不识字的、以买豆腐为生的也成了国民党的“少将师长”，瞎了一只眼、断了一只手，以割荆条编织器皿为业的也戴上了“胡宗南部少将旅长”的桂冠。最终结果虽证明那是子虚乌有的事，无端受株连却多达5百多人，含冤自杀的有8人。
1968年夏开始的石家庄铁路局的“清队”，是该局一场空前的浩劫。1000多人被诬为特务组织的成员，关进“牛棚”：凡被揪进“牛棚”的，一律编成号码，所受刑罚，名目繁多：老虎凳、灌凉水、打落牙齿逼迫吞进肚、将窝窝头扔在地上强迫双手被绑的的犯人趴在地上如狗一般吃食；有如摔跤般将“特务”活活摔死；一早起床逼迫“特务”们用小便互相冲脑袋；逼迫他们互相拷打，然后互相舔血喝尿。文革后官方的记载说：“许多下流无耻的非刑，有污纸笔……连日本法西斯的‘宪兵队’和国民党反动派的的‘渣滓洞’、‘白公馆’也望尘莫及！”“仅这一血案，被迫害的干部、工人，就达1645人，其中致死48人，致残128人。”山东枣庄“反党叛乱反革命事件”中，“11720人被关押，10650九人遭到毒打，打伤后留有后遗症者2425人，致残的692人，被打死逼死的94人。”在临沂地区弄出一个“马陵山游击队土匪集团”，“在这一事件中，全地区有4万多人被抓捕、关押和惨遭毒打，有9千多人被打伤致残，有569人被打死和逼死。”
中共中央组织部副部长李楚离曾担任冀东党的领导人，领导过1938年冀东大暴动。李被打成叛徒后，冀东党组织也成了“国民党”组织。这是文革中的又一件大案，8万多人受株连，3千人死于非命。1967年9月，黄永胜给江青写信，建议审查中共“广东地下党”问题。结果7千多人被批斗、关押。死者中包括副省长林锵云夫妇等。1968年2月21日，江青接见天津群众组织的代表时说天津市公安局“专了我们的政”。于是天津市公安局1200余干警被审查。所谓“审查”，实则“滥施酷刑，刑罚名目之繁多，手段之残忍，骇人听闻，令人发指。”该局干警被逼死、整死的多达44人，包括公安局局长江枫。北京公安局近1000名干警被定为“敌我矛盾”，送往劳改农场。由于江青说天津市委书记王亢之的家乡河北深泽县“有一个很大的叛徒集团”，于是天津市有307人被打成“深泽叛徒集团”成员。主管深泽县的石家庄地区革委会拨发一笔经费去抓叛徒。有个中白庄大队，“深挖”中打死了3人。县“抓叛徒办公室”下令将揪出的叛徒弄到县城集市上“亮货”：一排排弯腰挂牌或戴着大号高帽的“黑货”站在临街靠巷的房顶上（当地房子均平顶），任人观赏。先后在集市上亮过“货”的有1500多人，受株连的达3万多，占全县人口总数的五分之一。
四川凉山彝族区的“罗罗王国”，一九五六年“民主改革”后，黑彝阿侯（奴隶主）交出一切财产，仅留一点土地和牲口维持生计。十二年了，阿侯还是被视为奴隶主。副县长批准区革委会主任带领红卫兵将乡里所有的阿侯及其家属全部枪杀。只有一个阿侯家的卧在血泊中的儿媳妇身下吮吸奶头的婴儿，被一位当年的女奴隶救起，躲往另一个部落，扶养成人。而那个区革委会主任杀人有功，升任副县长。云南江城哈尼族、彝族自治县“评审四类分子”，刑讯逼供，“在批斗会上被打死和用刀子捅死的达6人，被迫自杀10人。”
1968年2月4日，康生指示在内蒙古抓“内人党”（内蒙古人民革命党，成立于1924年，以实现内蒙自治为目标。1946年接受中共指示停止活动。）在整个内蒙古地区和内蒙古军区，34万6千余人被审查、揪斗、关押，四分之三是蒙古族。一个被诬为“内人党”的男青年拒绝招供，竟被割下了生殖器。一个才20岁的“内人党”被架在火上烤，直至烤死。一个女青年被疑为“内人党”，审讯时被专案人员用一根木楔从阴道插入子宫，活活折磨死去。汉蒙杂居的巴林左旗八一大队，在汉人党支部副书记宋振廷主持下揪“新内人党”，仅120多户人家，就有14口被整死，还有16人被拷打而终身残废。武川县自十月起挖“新内人党分子”，“至次年五月，全县有80人死于非命，伤残者甚众。”整个内蒙因“内人党”案被刑讯而造成终身残废的多达87190人，整死的则有16222人。蒙古人民从没见过如此残暴的政权，“五十孤儿上访团”、“一百寡妇上访团”、“军队干部家属申冤团”纷纷到内蒙古军区司令滕海清的官衙前呼救。毛泽东承认：“在清理‘内人党’运动中，内蒙古已经扩大化了。”但是毛泽东没有向内蒙古人民道歉，只将犯下滔天罪行的滕海清调往济南军区任副司令员而已。
“清阶”并不仅仅宣布某人是某“分子”，开个批判会，喊喊口号斗争就完了。在“清理”过程中，人类所能想得出的所有酷刑，几乎都同时在全国各地施行。结果大批无辜者死于酷刑或自杀身亡。全国两千余县，一般每个县死于“清阶”的都在100人以上。
辽宁台安县成立了革委会，把持这个“新生的革命政权”的，以原来的县委武装部长为首，都是原来共产党的干部。他们唯一感兴趣的，便是巩固手中的权。所以只热衷于两件事：在全县范围大发“红宝书”和“按全国统一部署……搞清理阶级队伍”。城乡各单位“用法西斯的手段私立公堂，严刑拷打……橡皮鞭、门弓子、木棒子、炉勾子，各种刑具交替使用，喷气式、挂黑板(用细铁丝勒到脖子上)、举砖头、跪碗渣，应有尽有。全县处在恐怖之中。”“新挖出各种‘阶级敌人’1288名”，使“135人死亡，许多人致残。43人被投狱判刑。”全国两千余县，一个县打死一百多人是中等，打死一百多人的是多数。如黑龙江省宾县，揪出各类分子925名，“致死143人，占被揪斗人员的15.45%。致残32人。”上海青浦县1967年下半年开始小规模武斗，断断续续一年，总共死亡20人，伤一百左右。可是从1968年3月县革命委员会成立后，从4月开始成立各级“清理阶级队伍领导小组”，光打死、自杀的“清队对像”就达170人。
云南镇雄县，省革委会派去工作队“指导”运动，“造成107人非正常死亡。”弥勒县“向阶级敌人发起猛烈进攻”，“在批斗中进行非法吊打，全县伤残死亡数百人。”1968年3月，广西宁明县由军队“支左”人员主持成立革委会后，即将一个群众组织“上石农总”定为“反革命组织”，出动军队、民兵围剿，“枪杀、迫害致死110多人。”
人口较少的小县“清阶”中死人数才少于一百。譬如中苏边境上的爱辉县，人口仅数万，关押看管了1500多人，“造成65人非正常死亡”。望奎县“造成1883人的冤、假、错案，55人非正常死亡。”人口3.25万的陕西甘泉县，清出“阶级敌人”1155名，其中8人自杀。
若以区和乡（公社）为单位来看，死人数则大约数以10计。如黑龙江省伊春市带岭区，“挖出”13个“反革命集团”，整死了20人。上海奉贤县新寺人民公社91人被批斗，48人被批判，11人被整死。广西扶绥县昌平公社，“清阶”时“非正常死亡23人。”安徽金寨县古碑、七邻湾两个公社，30多人死于“清阶”。若再将单位缩小至一个村（生产大队），也有数字记录在案：吉林省延吉县军管会和革委会号召“深挖地下国民党特务，深挖朝鲜特务”，“棒子底下出特务”。该县桦田大队110户人家，有44人被揪斗，致死致伤41人。
一般说来，自杀数远大于被打死的。譬如人口仅6万多的辽宁长海县，在“清阶”中109人非正常死亡。其中5人被刑致死，“其余多为被逼无奈而自杀。”四川射洪县，“清队中普遍出现挂黑牌、穿白褂、关牛棚、扣工资、捆打吊骂等现象……以致先后自杀73人。”上海宝山县“清队”中非正常死亡的334人中，死于自杀的为220人。此外还有“12人逃跑未回下落不明。”应当也都自杀身亡了。非正常死亡2百以上的县也不少。
这场运动，有不少县的非正常死亡超过2百人。如上海松江县，“5063人遭揪斗，236人非正常死亡。”金山县“被逼自杀的达291人，六人出逃。”云南武定县，“由于酷刑逼供、诱供，造成121人非正常死亡。”非正常死亡达4百人以上的才算是多的。譬如上海崇明县，“清队中非正常死亡者达465人。”吉林省榆树县，“仅1968年清队扩大化，就使无辜的干部、群众死伤达1800多人。”
1955年至1956年，毛泽东的肃反运动制造了无数的冤、假、错案。1957年至1958年，毛泽东搞反右运动，制造了更多的冤、假、错案。毛泽东死后，当局说搞是应该搞的，但是搞“扩大化”了。10年后“清阶”，3千万人被斗，50万人死亡，又说是“扩大化”了。不同之处是，肃反和反右的“扩大化”是毛泽东死后其继承人下的结论。而“清阶”，毛泽东当时就不得不承认了。不过，他轻描淡写地说：“清理阶级队伍……有的地方搞得好一些，有的地方就差一些。不太准，扩大化。抓了一些人，不应抓的也抓起来了。群众起来了，多抓了一些人。这也是可以理解的。因为清理阶级队伍是中央搞的，规定了要搞的，一搞就扩大化了，在历史上有不少这种事。”
“群众起来了”，是毛泽东的护身符。1950年中共搞土地改革，民主人士章乃器向毛泽东反映“对地主滥用肉刑，乱打乱杀”的情况时，毛泽东说：“这是一场革命，群众发动起来了，即使有些过火的行为，也不能挫伤他们的积极性。”而实际上，那“乱打乱杀”正是毛泽东指挥各级组织杀戮人民的罪行，与“群众”无涉。
