崇祯帝像（网络图片）
思宗自杀以后，他的子女散归民间，下落不明，从而引起人们的各种猜测。
长公主、皇太子与朱三太子思宗的子女不幸生在了末代帝王之家，这就注定了他们悲剧的命运。皇太子先后出现过两个；朱三太子先后出现过多次。不过，他们的下场无一例外都很悲惨，都最终被处死。相比较而言，思宗的女儿后来的下落倒还比较清楚。这是因为，思宗在决意自缢之前，为了不让自己的女儿受辱，曾先后对自己的两个女儿下毒手。即使侥幸生还，也决无法遁逸。
武侠小说常伪托的长平公主，实际上死于顺治三年（1646）。思宗总共有六女，其中四女早逝。崇祯十七年（1644），思宗还有两个女儿，即长平公主和昭仁公主。崇祯帝自杀前，入寿宁宫，长平公主牵衣而哭。崇祯帝说：“汝何故生我家？”挥剑砍去，断长平公主左臂，昏死过去。接着，思宗入昭仁宫，砍杀昭仁公主。长平公主昏死后，被人抬到周皇后的父亲周奎家中，五天后竟然苏醒过来。顺治二年（1645），长平公主上书给清世祖，请求准予出家。清世祖不同意，命将长平公主许配给当初思宗为她选定的驸马周显，并赐给土田、府邸 、金钱、车马。但长平公主经历家破国亡之痛，郁郁寡欢，次年逝世。
思宗共有7个儿子。其中，周皇后生子三人，即太子慈 、怀隐王慈 （皇二子）、定王慈 炯（皇三子）；田贵妃生子四人，即永王慈（皇四子）、悼灵王慈焕（皇五子）、悼怀王（皇六子）、皇七子。崇祯十七年（1644），太子16岁，皇三子定王慈炯14岁，皇四子慈应当也有十余岁。除了这三个儿子外，其他的儿子都已早逝。与对待女儿的方式不同，思宗在死前命皇太子、皇三子、皇四子分别藏匿于公卿贵戚家中。太子来不及去成国公府，便隐匿于民间，定王和永王一齐去了周皇后的父亲周奎家。三月十九日，李自成进城，命令搜寻太子与定王、永王。二十日清晨，嘉定侯周奎将定王、永王交出。太子据说亦被李自成的军队搜获。太子与闯王李自成之间还有一段对话。太子挺立不屈，谈吐自如，问李自成说：“何不杀我？”闯王说：“汝无罪，我岂妄杀！”太子说：“既然这样，听我一句话：一，不可惊我祖宗陵寝；二，速葬我父皇母后；三，不可杀我百姓。”四月十三日，李自成东征吴三桂时，定王、永王随军前往。据说，太子当时也在军中。据《明史》记载，李自成曾封太子为宋王。此后，太子、定王、永王的下落都不清楚，或说曾被吴三桂夺去，或说定王曾在城南遇害。崇祯十七年（1644）十一月，北京出现皇太子；顺治二年（1645）南京的南明小朝廷中亦出现皇太子。无疑，两位皇太子中必有一假。
先说北京出现的皇太子。崇祯十七年（1644）十一月的北京城，已经牢固地掌握在清朝的手中。然而，一个貌似太子的男子在一位太监的陪同下出现在嘉定侯周奎府中，自称皇太子。
当时在周奎府中的长平公主见后，两人抱头痛哭。单看这一节，想来太子应该是真的，否则以长平公主之心如死灰，何以会与一个陌生男子抱头痛哭？而且，长平公主与太子都是周皇后所生，乃是一母同胞的姐弟，怎么可能认错呢？周奎举家向太子行君臣之礼，并问太子：“你一直藏在哪里？”太子回答说：“城陷之日，我单独藏匿在东厂门外。一日夜出，潜至东华门，投身于一个豆腐店里。店小二心知我是避难的人，给我穿上旧衣服，让我在灶前烧火，又害怕我暴露，五天之后将我送到崇文门外的尼姑庵中，在那里假装贫困无依的孤儿住了半个月。常侍（太监）来尼姑庵，发现了我，又把我带回家，藏在密室里。听说公主还在，所以就来相见了。”说完，与公主哭别而去。几天之后，太子又来了，公主告诫他说：“慎毋再至矣。”也许公主明白，三月份周奎既然能把皇三子定王和皇四子永王交给李自成，这次也许会再出卖太子给清朝。果然，十一月十九日太子再来，周奎留宿太子。二十二日，他要求太子自称姓刘，是一个假太子。太子说：“悔不从公主之言，今已晚矣。”当晚，周奎令家人将太子逐出门外。太子出门后，被巡逻的清兵以“犯夜”罪逮捕，交给刑部审理，断为假冒太子。主审的刑部主事钱凤览找来原司礼监太监王德化、原锦衣卫10名侍卫太子的锦衣卫来辨认，都说是真太子。侍卫们还下跪说：“此真太子，愿毋伤。”于是钱凤览上书朝廷，指责某些明朝的官员以真太子为假太子。周奎等人竟然还说：“即以真为假，亦为国家除害。”这位昔日的国丈，似乎已完全将自己的角色转换成一个新的“大清国”的臣民了。最后，摄政王多尔衮出面，宣布将太子押于监狱，后来被处决于狱中。凡争言太子为真的臣工都被处罚，钱凤览处以绞刑。这件事情详细地记载于《甲申传信录》，与《明史》中李自成封太子为宋王的情节有所出入。而且，清人所编的《明史》中也未提及这一次在北京出现的太子，而只提及南明小朝廷中出现的皇太子事件。《明史》是不是故意回避这一次事件呢？孟森就认为北京出现的太子是真的，而南明小朝廷出现的太子是假的，但百姓痛恨弘光政权朱由崧，所以宁愿相信是真太子。那么，南京出现的皇太子事件是怎么样的呢？
顺治二年（1645）三月一日，太监李继周奉弘光皇帝朱由崧之御札，将盛传正流落于苏州、杭州的皇太子接到南京。据说，太子本不愿去南京，行前曾问李继周说：“迎我进京，让皇帝与我做否？”李继周说：“此事奴婢不知。”皇太子入南京后，被安排在兴善寺暂住。弘光帝派两名太监去见太子，辩认真伪。两人一见太子，就抱头恸哭，脱下衣服给太子穿。弘光帝得知之后，大怒，说：“真假未辩，何得便尔。”接着便处死了两名太监，并杀了李继周灭口。原总督京营太监卢九德也来探视，正视良久，不敢表态。太子呵斥道：“卢九德，汝何不叩首？”卢九德下意识地跪下便叩首，说：“奴婢无礼。”太子说：“你才隔多长时候，肥胖至此，可见在南京受用！”卢九德只敢叩头：“小爷保重。”卢九德向弘光帝的报告是：“有些相像，却认不真。”皇太子在南京的消息传出去之后，引发了弘光朝的政治危 机。处于长江中游的左良玉，就以护太子的名义进逼南京；在江北的黄得功、刘良佐等总兵也上疏要求善视太子。但是，弘光帝深知，如果太子是真，自己捡来的皇位可能就不保了。因此，在他的布置下，辩认工作慢慢地便朝“假太子”的方向转移。尤其是曾经充任太子讲官的王铎，更是一口咬定太子是假。最后，审讯的结果是：假太子真名叫王之明。接下来的审讯过程颇有意思。三月初八，一审问官指太子为王之明，太子说：“我南来，从不曾说自己是太子，你等不认罢了，何必更名改姓？李继周持皇伯谕帖来召我，非我自来者。”三月十五日，都察院左都御史李沾提审。李沾大喊王之明，太子不应。李沾怒道：“为何不应？”太子说：“何不喊‘明之王’？”李沾大怒，吩咐用刑，太子高呼皇天上帝。当时，南京士民都说弘光朝廷欲绝先帝血脉。因此，到最后弘光政权虽然不承认太子的真实性，却也不敢加害太子。五月十日，清军大举南下，弘光帝逃到了太平府。南京市民冲入监狱，殴打王铎，放出太子，并拥太子登上皇位。只可惜5天之后，清军即进入南京城。当时，清军的统帅多铎问：“太子何在？”投降的弘光朝大臣们说：“太子是假的，真名叫王之明。”多铎笑道：“逃难之人，自然改姓易名，若说姓朱，早就被你们杀了。”一名降臣说：“太子原也不承认自己叫王之明，是马士英安排下的。”多铎笑道：“奸臣！奸臣！”五月二十五日，多铎设宴招待刚擒获的弘光帝，并将他的位置安排在皇太子之下。皇太子对弘光帝说：“皇伯手札召我来，反不认，又改姓名，极刑加我，岂奸臣所为，皇伯或不知？”弘光帝支支吾吾，不敢出声。几个月以后，多铎将太子和弘光帝都带往北京，随后都被清廷处死。
皇太子案刚结束，清初又接连出现了朱三太子案。顺治八年（1651），有冒称崇祯第三子名朱慈焕者；康熙十二年（1673），有名杨起隆者冒称朱三太子；康熙四十六年（1707），又有化名王士元者，自称为朱三太子朱慈焕，后被凌迟处死；康熙六十年（1721），朱一贵之子自称朱三太子，聚众造反。因此，朱三太子案先后出现四次。但是，朱三太子到底是思陵不是指思宗的第三子？思宗的第三子名朱慈炯，即定王。按照皇位继承的顺序来说，皇太子既已被杀，则年龄最大的皇三子朱慈炯是最合法的明朝皇位继承人，这也就是“朱三太子”名字吸引人之处。还有一点，朱三太子案中两次指朱三太子为“朱慈焕”，而不是真正的皇三子“朱慈炯”。原因何在？朱慈焕是思宗的第五子，生5岁即病死。据《明史》记载，朱慈焕死前曾对思宗说：“九莲菩萨说:‘皇上待外戚太薄，将让他的儿子都死掉。’”九莲菩萨即神宗的生母李太后。思宗觉得此事奇怪，便封朱慈焕为“玄机慈应真君”。
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