龙游石窟位于浙江省龙游县，距离杭州180公里，1992年3月由几名当地农民发现。龙游石窟被发现的消息吸引了全世界考古学家、古生物学家、人类学家的关注，随着研究的深入，越来越多的谜团展现在人们的面前，甚至很多科学家称之为“世界第九大奇迹”，龙游石窟之谜位列《200年来的未解之谜一览》。
龙游石窟其实是一个地下建筑群，规模宏大，其施工难度、施工水准在当代都无法达到，它究竟凿于何时、何人开凿、用什么方法开凿，有什么用途？众多疑问吸引着、困惑着世人。
龙游石窟谜团
1.如何采光：洞口狭小，石窟内光线暗淡，石窟四壁及洞顶均未留下任何油烟痕迹，开凿者何以照明？
2.半米壁距：石窟群彼此相邻紧贴但绝不相通，连现代科学仪器也很难做到这点，古人开凿测量何以如此精确？、
3.不见史料：如此宏大的地下工程，在当地的地方志及其它史料上却未有直接记载，何故？
4.石料去处：据估算，石窟群的开采石料量至少在80万平方米以上，而开采出来的红砂岩很难用作建材，究竟哪里去了？
5.洞壁石刻：1号洞石壁上有鸟、马、鱼的石雕图案，2号洞有闪电状石刻线条，究竟代表什么？
6.矩形水池：每个洞窟中心部位均有约20平方米的矩形水池，其两厕开凿而成，另两厕砌石而成，有何用途？
7.鱼去何方：旧时石窟群作为寺院放生池，养有大鱼，村民常在此钓鱼，水抽干后不见鱼影，何故？
8.北斗七星：已发现的七个石窟的平面布局呈北斗七星状，是故意设计还是纯属巧合？
9.石窟数量：已探明石窟36个，有否更多石窟？仍是未解之谜。
龙游石窟功能猜想
采石说
论者认为开凿龙游石窟的主要目的是为了采石。但异议来了：“若要采石，为何不露天开采，而要进行地下开采？”再说从顶部开小口，然后竖式向下开采，增加了无端的麻烦和难度。为什么不把口开大一些？为什么要采用工艺技术要比平洞开挖法和底挖法复杂得多而难度极大的顶挖法呢？
凤凰山24个石窟，左右相邻而不相通，上下相依而不相连，在地下达到如此相对独立又十分近似，绝非偶然。于是，采石说又派生出采石非惟一目的说。论者认为，开凿龙游石窟主要目的是为了采石，但获得的空间另有他用。
穴居说
论者认为，龙游石窟是古人为穴居所需而开凿。论者以史料为依据。因为韩愈的《徐偃王庙碑记》及有关徐偃王的记载中，凡提到徐人便都涉及“凿石为室，以祠偃王”的事。诚然，龙游为徐偃王后裔居住之地，金、衢等市县徐为大姓，但他们的先人为什么要花如此大的代价凿石室群居呢？南方远不如北方干燥，地下生活方便吗？何况他们的财力够吗？
宫殿说
论者认为它应该是绝对权威者出于某种特殊需要而不惜工本所为，可以说非王者莫属，因而推断它很可能是姑蔑国的宫殿。然而作为宫殿，是王室成员久居之地，为什么宫中没有半点王家遗物？既是王宫，理应对如此宽敞的殿堂作适当的分隔，也应有内在的建筑，而石窟中空空如也，全无遮挡和内部建筑的痕迹，只有一个水池能说明什么？还有石窟上下台阶距离很大，运输、进出都有一定的难度，难道王者不考虑水火、地震或其他原因引起的灾害吗？
陵寝说
论者认为龙游石窟或许是古代吴越帝王或其他诸侯生前建造的陵墓。因为根据石窟顶部呈穹形来推测，很符合汉代以前一些地下王陵的特征。但不可解释的是，既是王陵，理应有陵寝、棺椁及陪葬物，诸如金器、银器、铜器、陶器、瓷器、玉器及珠宝、纺织品或者它们的碎片，但石窟内却空空如也。
仓库说
论者认为，从地理角度看，龙游石窟地处衢江、灵山江、塔石溪三水交汇处，在过去以水运为主要交通手段的时代，这儿是交通要津，因而商贾云集、运输繁忙，在江边开凿众多地下石窟用于贮存物资，也在情理之中。
然而仓库说不能解释的是，古代龙游经济再发达，也不需要这么多地下仓库来贮存货物。洞厅这么高大，贮存的利用率极低，与常理实情相悖。
巨石文化说
从广义上说是对的，如埃及的金字塔、蒂瓦纳科神庙的太阳门、英国伦敦的巨石阵、非洲的石雕王宫等，龙游石窟自然也属巨石文化。不过龙游石窟的巨石文化不是在地面上用巨石堆砌而成的，而是藏于地下、从巨石中开凿出来的，与金字塔、太阳门、巨石阵、石雕王宫不同。
外星人造说
龙游石窟是外星人所为，并写了一本书，名为《中国发现外星人疑迹──龙游谜窟》，多方论证龙游石窟为名副其实的巨石文化。但这仅仅是大胆的想像而已，是不现实的。龙游石窟理应是地球上人类创造的奇迹。
道家福地说
这也不符合历史事实，道教产生于东汉，而龙游石窟凿成于东汉前，与历史不符。再说道家福地应选在名山大川、高远幽深之处，如道教圣地湖北的武当山。何况自汉迄今，龙游一直为县治所在地，人烟稠密。
伏龙治水说
论者认为，古时衢江常氾滥成灾，致使两岸民不聊生，开凿这些石窟是为了“给龙王爷安个窝，让他不再兴风作浪”，为害生灵。但要是从科学的角度来说，石窟与治水无关。
藏兵说
也就是战备基地说比上述各说更有说服力，并有一定的史料和文献佐证。然而藏兵说不能解释的是，复国名曰“十年生聚、十年教训”，实际上准备了22年，到鲁哀公二十二年（公元前473年）才灭掉吴国。22年中又要秘密备战藏兵、又要开石窟，显然是不现实的。也就是说，开凿石窟并非一朝一夕所能为，要把这么长的大好时光用于挖洞，又用这么长的时间进行练兵，岂不荒废、消耗本来已经弱小的国力吗？所以这仅仅是根据建筑形制和开凿痕迹等遗构情况及手头的部分文献材料所作的初步推测，在没有找到更为可靠的证据之前，是不能作为定论的。
