然而，近年來，隨著蘇、浙兩省社會經濟高速發展，工農業取水量和污水排放量的增加，大運河水污染問題日漸突出，這條黃金水道正在成為沿岸污染點源的排污管道，造成嚴重的「水質型」缺水，局部河段水體呈現惡化趨勢，水體自淨和生態修復能力降至最低點，斷面水質檢測達標率不容樂觀。
有關專家建議，應盡快編製科學的大運河航道規劃管理制度，並對飲用水源地所處的重點河段實行改道和禁航，減少人類活動對水體的污染，促進水污染防治模式的根本轉變，真正卸去大運河污染的沈重包袱。
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