然而，近年来，随着苏、浙两省社会经济高速发展，工农业取水量和污水排放量的增加，大运河水污染问题日渐突出，这条黄金水道正在成为沿岸污染点源的排污管道，造成严重的“水质型”缺水，局部河段水体呈现恶化趋势，水体自净和生态修复能力降至最低点，断面水质检测达标率不容乐观。
有关专家建议，应尽快编制科学的大运河航道规划管理制度，并对饮用水源地所处的重点河段实行改道和禁航，减少人类活动对水体的污染，促进水污染防治模式的根本转变，真正卸去大运河污染的沉重包袱。
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